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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-39498 | |||||||||
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タイトル | Structure of PsSIR2 tetradecamer | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | cell growth inhibition / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | SIR2-like domain / SIR2-like domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / SIR2-like domain-containing protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Paenibacillus sp. 453mf (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Yu G / Liao F / Li X / Li Z / Zhang H | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of a bacterial protein 著者: Yu G / Liao F / Li X / Li Z / Zhang H | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_39498.map.gz | 306.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-39498-v30.xml emd-39498.xml | 12.6 KB 12.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_39498_fsc.xml | 14.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_39498.png | 134.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-39498.cif.gz | 5.1 KB | ||
その他 | emd_39498_half_map_1.map.gz emd_39498_half_map_2.map.gz | 302 MB 302 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39498 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39498 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_39498_validation.pdf.gz | 895.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_39498_full_validation.pdf.gz | 895 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_39498_validation.xml.gz | 23.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_39498_validation.cif.gz | 30.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39498 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39498 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8yqfMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_39498.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.98909 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : PsSIR2 tetradecamer
全体 | 名称: PsSIR2 tetradecamer |
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要素 |
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-超分子 #1: PsSIR2 tetradecamer
超分子 | 名称: PsSIR2 tetradecamer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Paenibacillus sp. 453mf (バクテリア) |
-分子 #1: SIR2-like domain-containing protein
分子 | 名称: SIR2-like domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Paenibacillus sp. 453mf (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 43.60948 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDHSITASYY DTTQQLSLLK HVLSEDKRPI AFIIAAGCPV SIRHNDAPLI PDVAGLTRKI SDSFGGNPDS LLMKIIQNLK TTIPNPTIE DILSYIRLLQ QIPMSGKIHD VENSVINALE ESICELIEEE VNVDLPGNAT PYHKIAAWIN SINREHQVEI F TTNYDLLM ...文字列: MDHSITASYY DTTQQLSLLK HVLSEDKRPI AFIIAAGCPV SIRHNDAPLI PDVAGLTRKI SDSFGGNPDS LLMKIIQNLK TTIPNPTIE DILSYIRLLQ QIPMSGKIHD VENSVINALE ESICELIEEE VNVDLPGNAT PYHKIAAWIN SINREHQVEI F TTNYDLLM EQALEELNVP YFDGFVGSKR AFFDIRTIEE NKLPSRWSKL WKLHGSINWQ LDKQTQTIWR GTPSKGCSLI HP SHLKYDQ SRKMPYLVMM DQLKLFLNQP SAILITCGYS YKDQHINEVL SQGLQTNPNA LIYGLQYDVL ENYQEAKDMA LKR SNLILL AKDRAIIGKK EGEWKPDPQS SQDNDPLLFF KLGDFQHLAS FLEEISQYDW SKQND UniProtKB: SIR2-like domain-containing protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |