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- EMDB-39462: Cryo-EM map of 30S ribosomal subunit in complex with MetAP1c of M... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39462
タイトルCryo-EM map of 30S ribosomal subunit in complex with MetAP1c of Mycobacterium smegmatis
マップデータMycobacterium smegmatis MetAP1c-30S subunit complex
試料
  • 複合体: Mycobacterium smegmatis 30S subunit in complex with methionine aminopeptidase type 1c
    • 細胞器官・細胞要素: Methionine aminopeptidase Type1c protein
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • RNA: x 1種
    • タンパク質・ペプチド: x 18種
キーワードMethionine aminopeptidase type1c / anti-association factor / inter-subunit face / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


methionyl aminopeptidase / initiator methionyl aminopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / ribosomal small subunit assembly / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding ...methionyl aminopeptidase / initiator methionyl aminopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / ribosomal small subunit assembly / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methionine aminopeptidase subfamily 1 signature. / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 1 / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S6, conserved site ...Methionine aminopeptidase subfamily 1 signature. / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 1 / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein S5, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / : / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / : / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Ribosomal protein S10p/S20e / S4 RNA-binding domain / Ribosomal S11, conserved site / S4 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS5 ...Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein bS18B / Methionine aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Banerjee A / Srinivasan K / Sengupta J
資金援助 インド, 3件
OrganizationGrant number国
Science and Engineering Research Board (SERB)SPF/2021/000141 インド
Science and Engineering Research Board (SERB)CRG/2019/001788 インド
Council of Scientific & Industrial Research (CSIR)MLP-139 インド
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Mycobacterial Methionine Aminopeptidase Type 1c Moonlights as an Anti-association Factor on the 30S Ribosomal Subunit.
著者: Aneek Banerjee / Krishnamoorthi Srinivasan / Jayati Sengupta /
要旨: Methionine aminopeptidase (MetAP) is a vital metalloprotease that plays a crucial role in protein synthesis by binding to the 70S ribosome at the peptide exit tunnel and removing the N-terminal ...Methionine aminopeptidase (MetAP) is a vital metalloprotease that plays a crucial role in protein synthesis by binding to the 70S ribosome at the peptide exit tunnel and removing the N-terminal methionine from nascent polypeptide chains. In Escherichia coli, a single subclass of type 1 MetAP is present, whereas mycobacteria possess two subclasses, MetAP1a and MetAP1c. The key difference between these two is the presence of an additional 40 amino acid-long N-terminal extension in MetAP1c, which may contribute to distinct functional properties. In this study, we have uncovered a previously unrecognized "moonlighting" function of MetAP1c in mycobacteria. Interestingly, our results show that MetAP1c expression is specifically enhanced during the stationary phase of bacterial growth. Moreover, we identify a unique interaction between MetAP1c and the 30S ribosomal subunit, revealing its distinctive affinity for the small subunit. A 4.7 Å cryo-EM map of the Mycobacterium smegmatis MetAP1c-30S subunit complex demonstrates for the first time that MetAP1c binds at the inter-subunit face of the 30S subunit head region. The binding of MetAP1c induces conformational changes in the 30S subunit, impairing its ability to associate with the 50S subunit, thus imparting an anti-association property to MetAP1c. To further understand the role of the N-terminal extension, we constructed two mutant variants of MetAP1c, which confirmed its critical involvement in this moonlighting function. This anti-association activity of MetAP1c is likely one of the energy conservation mechanisms in mycobacteria where MetAP1c is involved in translation down regulation during stationary phase.
履歴
登録2024年3月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月19日-
マップ公開2025年3月19日-
更新2025年10月1日-
現状2025年10月1日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39462.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39462.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Mycobacterium smegmatis MetAP1c-30S subunit complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 350 pix.
= 374.5 Å		1.07 Å/pix.
x 350 pix.
= 374.5 Å		1.07 Å/pix.
x 350 pix.
= 374.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.005
最小 - 最大-0.00917657 - 0.067586705
平均 (標準偏差)0.00016011044 (±0.0031258774)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 374.50003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Mycobacterium smegmatis MetAP1c-30S subunit complex

ファイルemd_39462_half_map_1.map
注釈Mycobacterium smegmatis MetAP1c-30S subunit complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Mycobacterium smegmatis MetAP1c-30S subunit complex

ファイルemd_39462_half_map_2.map
注釈Mycobacterium smegmatis MetAP1c-30S subunit complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mycobacterium smegmatis 30S subunit in complex with methionine am...

全体名称: Mycobacterium smegmatis 30S subunit in complex with methionine aminopeptidase type 1c
要素
  • 複合体: Mycobacterium smegmatis 30S subunit in complex with methionine aminopeptidase type 1c
    • 細胞器官・細胞要素: Methionine aminopeptidase Type1c protein
      • タンパク質・ペプチド: Methionine aminopeptidase
    • RNA: 16S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS3
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS4
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS5
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS8
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS9
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS10
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS11
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS12
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS14B
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS15
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS16
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS17
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS18B
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS20
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS19
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS13

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超分子 #1: Mycobacterium smegmatis 30S subunit in complex with methionine am...

超分子名称: Mycobacterium smegmatis 30S subunit in complex with methionine aminopeptidase type 1c
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

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超分子 #2: Methionine aminopeptidase Type1c protein

超分子名称: Methionine aminopeptidase Type1c protein / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #19
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

+
分子 #1: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 489.828562 KDa
配列文字列: UGGAGAGUUU GAUCCUGGCU CAGGACGAAC GCUGGCGGCG UGCUUAACAC AUGCAAGUCG AACGGAAAGG CCCUUUCGGG GGUACUCGA GUGGCGAACG GGUGAGUAAC ACGUGGGUGA UCUGCCCUGC ACUUUGGGAU AAGCCUGGGA AACUGGGUCU A AUACCGAA ...文字列:
UGGAGAGUUU GAUCCUGGCU CAGGACGAAC GCUGGCGGCG UGCUUAACAC AUGCAAGUCG AACGGAAAGG CCCUUUCGGG GGUACUCGA GUGGCGAACG GGUGAGUAAC ACGUGGGUGA UCUGCCCUGC ACUUUGGGAU AAGCCUGGGA AACUGGGUCU A AUACCGAA UACACCCUGC UGGUCGCAUG GCCUGGUAGG GGAAAGCUUU UGCGGUGUGG GAUGGGCCCG CGGCCUAUCA GC UUGUUGG UGGGGUGAUG GCCUACCAAG GCGACGACGG GUAGCCGGCC UGAGAGGGUG ACCGGCCACA CUGGGACUGA GAU ACGGCC CAGACUCCUA CGGGAGGCAG CAGUGGGGAA UAUUGCACAA UGGGCGCAAG CCUGAUGCAG CGACGCCGCG UGAG GGAUG ACGGCCUUCG GGUUGUAAAC CUCUUUCAGC ACAGACGAAG CGCAAGUGAC GGUAUGUGCA GAAGAAGGAC CGGCC AACU ACGUGCCAGC AGCCGCGGUA AUACGUAGGG UCCGAGCGUU GUCCGGAAUU ACUGGGCGUA AAGAGCUCGU AGGUGG UUU GUCGCGUUGU UCGUGAAAAC UCACAGCUUA ACUGUGGGCG UGCGGGCGAU ACGGGCAGAC UAGAGUACUG CAGGGGA GA CUGGAAUUCC UGGUGUAGCG GUGGAAUGCG CAGAUAUCAG GAGGAACACC GGUGGCGAAG GCGGGUCUCU GGGCAGUA A CUGACGCUGA GGAGCGAAAG CGUGGGGAGC GAACAGGAUU AGAUACCCUG GUAGUCCACG CCGUAAACGG UGGGUACUA GGUGUGGGUU UCCUUCCUUG GGAUCCGUGC CGUAGCUAAC GCAUUAAGUA CCCCGCCUGG GGAGUACGGC CGCAAGGCUA AAACUCAAA GGAAUUGACG GGGGCCCGCA CAAGCGGCGG AGCAUGUGGA UUAAUUCGAU GCAACGCGAA GAACCUUACC U GGGUUUGA CAUGCACAGG ACGCCGGCAG AGAUGUCGGU UCCCUUGUGG CCUGUGUGCA GGUGGUGCAU GGCUGUCGUC AG CUCGUGU CGUGAGAUGU UGGGUUAAGU CCCGCAACGA GCGCAACCCU UGUCUCAUGU UGCCAGCACG UUAUGGUGGG GAC UCGUGA GAGACUGCCG GGGUCAACUC GGAGGAAGGU GGGGAUGACG UCAAGUCAUC AUGCCCCUUA UGUCCAGGGC UUCA CACAU GCUACAAUGG CCGGUACAAA GGGCUGCGAU GCCGUGAGGU GGAGCGAAUC CUUUCAAAGC CGGUCUCAGU UCGGA UCGG GGUCUGCAAC UCGACCCCGU GAAGUCGGAG UCGCUAGUAA UCGCAGAUCA GCAACGCUGC GGUGAAUACG UUCCCG GGC CUUGUACACA CCGCCCGUCA CGUCAUGAAA GUCGGUAACA CCCGAAGCCG GUGGCCUAAC CCUUGUGGAG GGAGCCG UC GAAGGUGGGA UCGGCGAUUG GGACGAAGUC GUAACAAGGU AGCCGUACCG GAAGGUGCGG CUGGAUCA

GENBANK: GENBANK: CP000480.1

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分子 #2: Small ribosomal subunit protein uS3

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 23.805396 KDa
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UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

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分子 #3: Small ribosomal subunit protein uS4

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 23.28459 KDa
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ARYTGPATRK SRRLGVDLVG GDQSFEKRPY PPGQHGRARI KESEYRQQLQ EKQKARFSYG VMEKQFRRYY EEANRQPGKT GDNLLRILE SRLDNVVYRA GLARTRRMAR QLVSHGHFLV NGVKVDIPSY RVSQYDIIDV KEKSLNTLPF QIARETAGER P IPSWLQVV GERQRILVHQ LPERAQIDVP LTEQLIVELY SK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

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分子 #4: Small ribosomal subunit protein uS5

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 20.443531 KDa
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RGRRDDRGGR GRDGGDKSNY IERVVSINRV SKVVKGGRRF SFTALVIVGD GKGMVGVGYG KAKEVPAAIA KGVEEARKNF FRVPLIGST ITHPVQGEAA AGVVMLRPAS PGTGVIAGGA ARAVLECAGV HDILAKSLGS DNAINVVHAT VAALKLLQRP E EVAARRGL PIEDVAPAGM LKARRESEAL AAAAAREGSA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #5: Small ribosomal subunit protein bS6

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 10.991637 KDa
配列文字列:
MRPYEIMVIL DPTLDERTVA PSLETFLNVI RKDGGTVDKV DIWGRRRLAY EIAKHAEGIY AVIDVKAEPA TVSELDRQLN LNESVLRTK VLRTDKH

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 17.660375 KDa
配列文字列:
MPRKGPAPKR PLVNDPVYGS QLVTQLVNKV LLEGKKSLAE RIVYGALEQA REKTGTDPVV TLKRALDNVK PALEVRSRRV GGATYQVPV EVRPDRSTTL ALRWLVNFSR QRREKTMVER LANEILDASN GLGASVKRRE DTHKMAEANR AFAHYRW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #7: Small ribosomal subunit protein uS8

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 14.26034 KDa
配列文字列:
MTDPIADFLT RLRNANSAYH DEVTLPHSKL KANIAEILKR EGYISDYRTE DARVGKSLVV QLKYGPSRER SIAGLRRVSK PGLRVYAKS TNLPRVLGGL GVAIISTSSG LLTDRQAARQ GVGGEVLAYV W

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #8: Small ribosomal subunit protein uS9

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 14.093392 KDa
配列文字列:
PIQTVGRRKE AVVRVRLVPG TGQFNLDGRT LENYFPNKVH QQLIKAPLVT VDRVDQFDIY AHLDGGGPSG QAGALRLAIA RALILVQPE DRPALKKAGF LTRDPRAIER KKYGLKKARK APQYSKR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #9: Small ribosomal subunit protein uS10

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 11.066859 KDa
配列文字列:
KIRIRLKAYD HEAIDASARK IVETVTRTGA SVVGPVPLPT EKNVYCVIRS PHKYKDSREH FEMRTHKRLI DILDPTPKTV DALMRIDLP ASVDVNIQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #10: Small ribosomal subunit protein uS11

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 12.38004 KDa
配列文字列:
KKNVPHGAAH IKSTFNNTIV SITDPQGNVI AWASSGHVGF KGSRKSTPFA AQLAAENAAR KAQEHGVKKV DVFVKGPGSG RETAIRSLQ AAGLEVGTIS DVTPQPHNGC RPPKRRRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #11: Small ribosomal subunit protein uS12

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 13.678093 KDa
配列文字列:
PTIQQLVRKG RRDKIAKVKT AALKGSPQRR GVCTRVYTTT PKKPNSALRK VARVKLTSQV EVTAYIPGEG HNLQEHSMVL VRGGRVKDL PGVRYKIIRG SLDTQGVKNR KQARSRYGAK KEK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #12: Small ribosomal subunit protein uS14B

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS14B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 6.845213 KDa
配列文字列:
AKKALVHKAN KKPKFAVRAY TRCNKCGRPH SVYRKFGLCR ICLREMAHAG ELPGVQKSSW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14B

+
分子 #13: Small ribosomal subunit protein uS15

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 10.079706 KDa
配列文字列:
ALTAEQKKEI LGQYGLHDTD TGSPEAQVAL LTKRIQDLTE HLKVHKHDHH SRRGLLLLVG RRRRLLKYVA QVDVARYRSL IERLGLR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #14: Small ribosomal subunit protein bS16

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 12.635652 KDa
配列文字列:
AVKIKLTRLG KIRNPQYRII VADARTRRDG RAIEVIGRYH PKEEPSLIQI DSERAQYWLG VGAQPTEPVL ALLKITGDWQ KFKGLPGAE GTLKVKEPKP SKLDLFNAAL AEAE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #15: Small ribosomal subunit protein uS17

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 10.423152 KDa
配列文字列:
GPKYTPAAEK PRGRRKTAIG YVVSDKMQKT IVVELEDRKS HPLYGKIIRT TKKVKAHDEN GEAGIGDRVS LMETRPLSAT KRWRLVEIL EKA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #16: Small ribosomal subunit protein bS18B

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS18B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 7.338635 KDa
配列文字列:
KTRKCVFCSK KGQTIDYKDT ALLRTYISER GKIRARRVTG NCVQHQRDIA VAVKNAREVA LLPF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18B

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分子 #17: Small ribosomal subunit protein bS20

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 9.35383 KDa
配列文字列:
NIKSQIKRIR TNERRRLRNQ SVKSSLRTAI RGFREAVDAG DKDKASELLH ATSRKLDKAA SKGVIHPNQA ANKKSALALA LNKL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

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分子 #18: Small ribosomal subunit protein uS19

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 9.167668 KDa
配列文字列:
KKGPFVDDHL LKKVDVQNEK NTKQVIKTWS RRSTIIPDFI GHTFAVHDGR KHVPVFVTEA MVGHKLGEFA PTRTFKGHIK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

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分子 #19: Methionine aminopeptidase

分子名称: Methionine aminopeptidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: methionyl aminopeptidase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 32.354391 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSVRSALRPG VLSPTLPVPK SIPRPEYAWK PTVQEGSEPW VQTPEVIEKM RVAGRIAAGA LAEAGRAVAP GVTTDELDRI AHEYMIDHG AYPSTLGYKG FPKSCCTSLN EIICHGIPDS TVIEDGDIVN IDVTAYIDGV HGDTNATFLA GDVSEEHRLL V ERTHEATM ...文字列:
MSVRSALRPG VLSPTLPVPK SIPRPEYAWK PTVQEGSEPW VQTPEVIEKM RVAGRIAAGA LAEAGRAVAP GVTTDELDRI AHEYMIDHG AYPSTLGYKG FPKSCCTSLN EIICHGIPDS TVIEDGDIVN IDVTAYIDGV HGDTNATFLA GDVSEEHRLL V ERTHEATM RAIKAVKPGR ALSVVGRVIE AYANRFGYNV VRDFTGHGIG TTFHNGLVVL HYDQPAVETV LEPGMTFTIE PM INLGTLD YEIWDDGWTV ATTDGKWTAQ FEHTLVVTED GAEILTQLAA ALQHHHHHH

UniProtKB: Methionine aminopeptidase

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分子 #20: Small ribosomal subunit protein uS13

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 13.44556 KDa
配列文字列:
ARLVGVDLPR DKRMEIALTY IYGIGRTRSN EILAATGIDK NMRTKDLTDD QVTVLRDYIE GNLKVEGDLR REVQADIRRK IEIGCYQGL RHRRGLPVRG QRTKTNARTR KGPKRTIA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 20.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 3.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5zeu

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 50296
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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