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- EMDB-39432: The structure of EfpA_BRD-8000.3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39432
タイトルThe structure of EfpA_BRD-8000.3 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: EfpA
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized MFS-type transporter EfpA
  • リガンド: (1S,3S)-N-[6-bromo-5-(pyrimidin-2-yl)pyridin-2-yl]-2,2-dimethyl-3-(2-methylprop-1-en-1-yl)cyclopropane-1-carboxamide
キーワードPROTEIN BINDING
機能・相同性Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / transmembrane transporter activity / MFS transporter superfamily / membrane / plasma membrane / Uncharacterized MFS-type transporter EfpA
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) / Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å
データ登録者Li DL / Sun JQ
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82272379 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Structure and function of EfpA as a lipid transporter and its inhibition by BRD-8000.3.
著者: Delin Li / Xiaokang Zhang / Yuanhang Yao / Xue Sun / Junqing Sun / Xiaomin Ma / Kai Yuan / Guijie Bai / Xuefei Pang / Rongmao Hua / Tianling Guo / Yuqian Mi / Lingzhi Wu / Jie Zhang / Yan Wu ...著者: Delin Li / Xiaokang Zhang / Yuanhang Yao / Xue Sun / Junqing Sun / Xiaomin Ma / Kai Yuan / Guijie Bai / Xuefei Pang / Rongmao Hua / Tianling Guo / Yuqian Mi / Lingzhi Wu / Jie Zhang / Yan Wu / Yingxia Liu / Peiyi Wang / Catherine C L Wong / Xiao-Wei Chen / Haixia Xiao / George Fu Gao / Feng Gao /
要旨: EfpA, the first major facilitator superfamily (MFS) protein identified in (Mtb), is an essential efflux pump implicated in resistance to multiple drugs. EfpA-inhibitors have been developed to kill ...EfpA, the first major facilitator superfamily (MFS) protein identified in (Mtb), is an essential efflux pump implicated in resistance to multiple drugs. EfpA-inhibitors have been developed to kill drug-tolerant Mtb. However, the biological function of EfpA has not yet been elucidated. Here, we present the cryo-EM structures of EfpA complexed with lipids or the inhibitor BRD-8000.3 at resolutions of 2.9 Å and 3.4 Å, respectively. Unexpectedly, EfpA forms an antiparallel dimer. Functional studies reveal that EfpA is a lipid transporter and BRD-8000.3 inhibits its lipid transport activity. Intriguingly, the mutation V319F, known to confer resistance to BRD-8000.3, alters the expression level and oligomeric state of EfpA. Based on our results and the observation of other antiparallel dimers in the MFS family, we propose an antiparallel-function model of EfpA. Collectively, our work provides structural and functional insights into EfpA's role in lipid transport and drug resistance, which would accelerate the development of antibiotics against this promising drug target.
履歴
登録2024年3月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月4日-
マップ公開2024年12月4日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39432.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39432.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 255. Å		0.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 255. Å		0.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 255. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.097
最小 - 最大-0.0016906831 - 1.6770781
平均 (標準偏差)0.0009935196 (±0.021489142)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 255.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39432_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39432_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : EfpA

全体名称: EfpA
要素
  • 複合体: EfpA
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized MFS-type transporter EfpA
  • リガンド: (1S,3S)-N-[6-bromo-5-(pyrimidin-2-yl)pyridin-2-yl]-2,2-dimethyl-3-(2-methylprop-1-en-1-yl)cyclopropane-1-carboxamide

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超分子 #1: EfpA

超分子名称: EfpA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)

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分子 #1: Uncharacterized MFS-type transporter EfpA

分子名称: Uncharacterized MFS-type transporter EfpA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
分子量理論値: 59.671445 KDa
組換発現生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
配列文字列: MTALNDTERA VRNWTAGRPH RPAPMRPPRS EETASERPSR YYPTWLPSRS FIAAVIAIGG MQLLATMDST VAIVALPKIQ NELSLSDAG RSWVITAYVL TFGGLMLLGG RLGDTIGRKR TFIVGVALFT ISSVLCAVAW DEATLVIARL SQGVGSAIAS P TGLALVAT ...文字列:
MTALNDTERA VRNWTAGRPH RPAPMRPPRS EETASERPSR YYPTWLPSRS FIAAVIAIGG MQLLATMDST VAIVALPKIQ NELSLSDAG RSWVITAYVL TFGGLMLLGG RLGDTIGRKR TFIVGVALFT ISSVLCAVAW DEATLVIARL SQGVGSAIAS P TGLALVAT TFPKGPARNA ATAVFAAMTA IGSVMGLVVG GALTEVSWRW AFLVNVPIGL VMIYLARTAL RETNKERMKL DA TGAILAT LACTAAVFAF SIGPEKGWMS GITIGSGLVA LAAAVAFVIV ERTAENPVVP FHLFRDRNRL VTFSAILLAG GVM FSLTVC IGLYVQDILG YSALRAGVGF IPFVIAMGIG LGVSSQLVSR FSPRVLTIGG GYLLFGAMLY GSFFMHRGVP YFPN LVMPI VVGGIGIGMA VVPLTLSAIA GVGFDQIGPV SAIALMLQSL GGPLVLAVIQ AVITSRTLYL GGTTGPVKFM NDVQL AALD HAYTYGLLWV AGAAIIVGGM ALFIGYTPQQ VAHAQEVKEA IDAGELAAAE NLYFQGLWSH PQFEKGGGSG GGSGGS AWS HPQFEK

UniProtKB: Uncharacterized MFS-type transporter EfpA

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分子 #2: (1S,3S)-N-[6-bromo-5-(pyrimidin-2-yl)pyridin-2-yl]-2,2-dimethyl-3...

分子名称: (1S,3S)-N-[6-bromo-5-(pyrimidin-2-yl)pyridin-2-yl]-2,2-dimethyl-3-(2-methylprop-1-en-1-yl)cyclopropane-1-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: A1AQR
分子量理論値: 401.3 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.001 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 180121
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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