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- EMDB-39411: Cryo-EM structure of NRG1A(LRR) in complex with EDS1-SAG101-(ADPr-ATP) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39411
タイトルCryo-EM structure of NRG1A(LRR) in complex with EDS1-SAG101-(ADPr-ATP)
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of NRG1A(LRR) with EDS1-SAG101-(ADPr-ATP)
    • タンパク質・ペプチド: Protein EDS1
    • タンパク質・ペプチド: Senescence-associated carboxylesterase 101
    • タンパク質・ペプチド: Probable disease resistance protein At5g66900
  • リガンド: ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードPlant immunity / ETI / NRG1A / EDS1 / SAG101 / ADPr-ATP / PLANT PROTEIN / PLANT PROTEIN-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of defense response to oomycetes / positive regulation of leaf senescence / aerenchyma formation / EDS1 disease-resistance complex / leaf abscission / systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway / systemic acquired resistance / plant-type hypersensitive response / response to singlet oxygen / positive regulation of defense response to bacterium ...positive regulation of defense response to oomycetes / positive regulation of leaf senescence / aerenchyma formation / EDS1 disease-resistance complex / leaf abscission / systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway / systemic acquired resistance / plant-type hypersensitive response / response to singlet oxygen / positive regulation of defense response to bacterium / lipase activity / carboxylesterase / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / carboxylesterase activity / carboxylic ester hydrolase activity / lipid catabolic process / positive regulation of defense response to virus by host / endomembrane system / chloroplast / defense response / ADP binding / lipid metabolic process / defense response to Gram-negative bacterium / response to hypoxia / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Senescence-associated carboxylesterase 101-like / Arabidopsis broad-spectrum mildew resistance protein RPW8 / Powdery mildew resistance protein, RPW8 domain / RPW8 domain profile. / EDS1, EP domain / EDS1-like / Enhanced disease susceptibility 1 protein EP domain / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Apoptotic protease-activating factors, helical domain ...Senescence-associated carboxylesterase 101-like / Arabidopsis broad-spectrum mildew resistance protein RPW8 / Powdery mildew resistance protein, RPW8 domain / RPW8 domain profile. / EDS1, EP domain / EDS1-like / Enhanced disease susceptibility 1 protein EP domain / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Lipases, serine active site. / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Senescence-associated carboxylesterase 101 / Probable disease resistance protein At5g66900 / Protein EDS1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis (植物) / Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Huang S / Xiao Y / Chai J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Balanced plant helper NLR activation by a modified host protein complex.
著者: Shijia Huang / Junli Wang / Ridan Song / Aolin Jia / Yu Xiao / Yue Sun / Lin Wang / Dennis Mahr / Zhongshou Wu / Zhifu Han / Xin Li / Jane E Parker / Jijie Chai /
要旨: Nucleotide-binding leucine-rich repeat (NLR) receptors play crucial roles in plant immunity by sensing pathogen effectors. In Arabidopsis, certain sensor NLRs function as NADases to catalyse the ...Nucleotide-binding leucine-rich repeat (NLR) receptors play crucial roles in plant immunity by sensing pathogen effectors. In Arabidopsis, certain sensor NLRs function as NADases to catalyse the production of second messengers, which can be recognized by enhanced disease susceptibility 1 (EDS1) with its partner senescence-associated gene 101 (SAG101), to activate helper NLR N requirement gene 1 (NRG1). A cryoelectron microscopy structure shows that second-messenger-activated EDS1-SAG101 mainly contacts the leucine-rich repeat domain of NRG1A to mediate the formation of an induced EDS1-SAG101-NRG1A complex. Structural comparisons show that binding of a second messenger induces conformational changes in EDS1-SAG101, which are recognized by NRG1A, leading to its allosteric activation. We further show that an inhibitory NRG1 family member, NRG1C, efficiently outcompetes NRG1A for binding to second-messenger-activated EDS1-SAG101. These findings uncover mechanisms for NRG1A activation through its recognition of a modified host EDS1-SAG101 complex, and NRG1A inhibition by NRG1C through sequestration of the activated EDS1-SAG101, thus shedding light on the activation and constraint of a central plant immune response system.
履歴
登録2024年3月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月11日-
マップ公開2024年12月11日-
更新2025年3月26日-
現状2025年3月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39411.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39411.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 240 pix.
= 204. Å		0.85 Å/pix.
x 240 pix.
= 204. Å		0.85 Å/pix.
x 240 pix.
= 204. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.022
最小 - 最大-0.101961106 - 0.1828354
平均 (標準偏差)0.00030116204 (±0.0042365645)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 204.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39411_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39411_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of NRG1A(LRR) with EDS1-SAG101-(ADPr-ATP)

全体名称: Ternary complex of NRG1A(LRR) with EDS1-SAG101-(ADPr-ATP)
要素
  • 複合体: Ternary complex of NRG1A(LRR) with EDS1-SAG101-(ADPr-ATP)
    • タンパク質・ペプチド: Protein EDS1
    • タンパク質・ペプチド: Senescence-associated carboxylesterase 101
    • タンパク質・ペプチド: Probable disease resistance protein At5g66900
  • リガンド: ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: Ternary complex of NRG1A(LRR) with EDS1-SAG101-(ADPr-ATP)

超分子名称: Ternary complex of NRG1A(LRR) with EDS1-SAG101-(ADPr-ATP)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Arabidopsis (植物)

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分子 #1: Protein EDS1

分子名称: Protein EDS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 70.715953 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: AFEALTGING DLITRSWSAS KQAYLTERYH KEEAGAVVIF AFQPSFSEKD FFDPDNKSSF GEIKLNRVQF PCMRKIGKGD VATVNEAFL KNLEAIIDPR TSFQASVEMA VRSRKQIVFT GHSSGGATAI LATVWYLEKY FIRNPNVYLE PRCVTFGAPL V GDSIFSHA ...文字列:
AFEALTGING DLITRSWSAS KQAYLTERYH KEEAGAVVIF AFQPSFSEKD FFDPDNKSSF GEIKLNRVQF PCMRKIGKGD VATVNEAFL KNLEAIIDPR TSFQASVEMA VRSRKQIVFT GHSSGGATAI LATVWYLEKY FIRNPNVYLE PRCVTFGAPL V GDSIFSHA LGREKWSRFF VNFVSRFDIV PRIMLARKAS VEETLPHVLA QLDPRKSSVQ ESEQRITEFY TRVMRDTSTV AN QAVCELT GSAEAFLETL SSFLELSPYR PAGTFVFSTE KRLVAVNNSD AILQMLFYTS QASDEQEWSL IPFRSIRDHH SYE ELVQSM GKKLFNHLDG ENSIESTLND LGVSTRGRQY VQAALEEEKK RVENQKKIIQ VIEQERFLKK LAWIEDEYKP KCQA HKNGY YDSFKVSNEE NDFKANVKRA ELAGVFDEVL GLMKKCQLPD EFEGDIDWIK LATRYRRLVE PLDIANYHRH LKNED TGPY MKRGRPTRYI YAQRGYEHYI LKPNGMIAED VFWNKVNGLN LGLQLEEIQE TLKNSGSECG SCFWAEVEEL KGKPYE EVE VRVKTLEGML GEWITDGEVD DKEIFLEGST FRKWWITLPK NHKSHSPLRD Y

UniProtKB: Protein EDS1

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分子 #2: Senescence-associated carboxylesterase 101

分子名称: Senescence-associated carboxylesterase 101 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: carboxylesterase
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 61.677875 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: SSSSLKGSAL GKLVVTSGLL HSSWSKILEI HNPPYSNHDP GLQVSKKKKD SGLEFQIHRE EKFTLVVFSA PPICRSSSSD STLLHVKDK ENPFPFLCSE NNPSFSLHTP AFNLFTSAST SLTYLKSELL QTLKSEKPVI ITGAALGGSV ASLYTLWLLE T IEPTLKRP ...文字列:
SSSSLKGSAL GKLVVTSGLL HSSWSKILEI HNPPYSNHDP GLQVSKKKKD SGLEFQIHRE EKFTLVVFSA PPICRSSSSD STLLHVKDK ENPFPFLCSE NNPSFSLHTP AFNLFTSAST SLTYLKSELL QTLKSEKPVI ITGAALGGSV ASLYTLWLLE T IEPTLKRP LCITFGSPLI GDASLQQILE NSVRNSCFLH VVSAQTRIKM DFFKPFGTFL ICFDSGCVCI EDHVAVTELL NG VHDSGLV DYSQVLNRLD QSMLSLADSR LIPEDVIKGI EKRAEMKNLR FDMMFKKLND MKISMAYIEW YKKKCKEVKI GYY DRFKTQ LAFPSKEFDI NIKNHHKSEL NRFWKSVVEE VERRPQSDAS ILKRRFLFSG NNYRRMIEPL DIAEYYLEGR KEYR TTGRS HHYVMLEKWF GMESILIEKE RCKKRDLSDL LTFDSCFWAE VEDSLIVINQ LNTTVGMRDD VREVLTRKLV EFEGY VWEI ITKREVSPEI FLEESSFMKW WKEYKKIKGF NSSYLTEFMN TRKYESYGK

UniProtKB: Senescence-associated carboxylesterase 101

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分子 #3: Probable disease resistance protein At5g66900

分子名称: Probable disease resistance protein At5g66900 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 46.461461 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: SFDALDPNLK ECFLDMGSFL EDQKIRASVI IDMWVELYGK GSSILYMYLE DLASQNLLKL VPLGTNEHED GFYNDFLVTQ HDILRELAI CQSEFKENLE RKRLNLEILE NTFPDWCLNT INASLLSIST DDLFSSKWLE MDCPNVEALV LNLSSSDYAL P SFISGMKK ...文字列:
SFDALDPNLK ECFLDMGSFL EDQKIRASVI IDMWVELYGK GSSILYMYLE DLASQNLLKL VPLGTNEHED GFYNDFLVTQ HDILRELAI CQSEFKENLE RKRLNLEILE NTFPDWCLNT INASLLSIST DDLFSSKWLE MDCPNVEALV LNLSSSDYAL P SFISGMKK LKVLTITNHG FYPARLSNFS CLSSLPNLKR IRLEKVSITL LDIPQLQLSS LKKLSLVMCS FGEVFYDTED IV VSNALSK LQEIDIDYCY DLDELPYWIS EIVSLKTLSI TNCNKLSQLP EAIGNLSRLE VLRLCSSMNL SELPEATEGL SNL RFLDIS HCLGLRKLPQ EIGKLQNLKK ISMRKCSGCE LPESVTNLEN LEVKCDEETG LLWERLKPKM RNLRVQEEEI EHNL NLLQM F

UniProtKB: Probable disease resistance protein At5g66900

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分子 #4: ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE

分子名称: ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: APR
分子量理論値: 559.316 Da
Chemical component information

ChemComp-APR:
ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE

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分子 #5: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7xjp

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 275262
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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