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- EMDB-39338: Cryo-EM structure of the human DSS1-INTAC complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39338
タイトルCryo-EM structure of the human DSS1-INTAC complex
マップデータlocal resolution filtered map using relion
試料
  • 複合体: DSS1-INTAC-PEC
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
  • リガンド: x 2種
キーワードDSS1 / Integrator / INTAC / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


U2 snRNA 3'-end processing / meiotic spindle elongation / Integration of energy metabolism / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / snRNA 3'-end processing / MASTL Facilitates Mitotic Progression / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / mitotic sister chromatid separation / protein phosphatase type 2A complex / protein serine/threonine phosphatase complex ...U2 snRNA 3'-end processing / meiotic spindle elongation / Integration of energy metabolism / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / snRNA 3'-end processing / MASTL Facilitates Mitotic Progression / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / mitotic sister chromatid separation / protein phosphatase type 2A complex / protein serine/threonine phosphatase complex / peptidyl-threonine dephosphorylation / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / snRNA processing / peptidyl-serine dephosphorylation / FAR/SIN/STRIPAK complex / : / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / female meiotic nuclear division / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / Impaired BRCA2 translocation to the nucleus / Impaired BRCA2 binding to SEM1 (DSS1) / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / GABA receptor binding / protein phosphatase regulator activity / protein antigen binding / integrator complex / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ERKs are inactivated / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / Co-stimulation by CD28 / regulation of growth / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Proteasome assembly / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / inner cell mass cell proliferation / Somitogenesis / Co-inhibition by CTLA4 / protein serine/threonine phosphatase activity / Platelet sensitization by LDL / histone H2AXS140 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MAP kinase serine/threonine phosphatase activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / ERK/MAPK targets / T cell homeostasis / mesoderm development / vascular endothelial cell response to oscillatory fluid shear stress / regulation of cell differentiation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / phosphoprotein phosphatase activity / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / chromosome, centromeric region / DARPP-32 events / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / lateral plasma membrane / negative regulation of hippo signaling / proteasome assembly / mRNA export from nucleus / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / spindle assembly / protein dephosphorylation / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / protein tyrosine phosphatase activity / embryo implantation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / RNA endonuclease activity / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF3677 / Integrator complex subunit 2, metazoa / Integrator complex subunit 2 / Integrator complex subunit 7 / Integrator complex subunit 1 / : / : / : / : / : ...Domain of unknown function DUF3677 / Integrator complex subunit 2, metazoa / Integrator complex subunit 2 / Integrator complex subunit 7 / Integrator complex subunit 1 / : / : / : / : / : / : / Integrator complex subunit 1, RP2B-binding domain / Integrator complex subunit 2 / Integrator complex subunit 1, R3 domain / Integrator complex subunit 1, R4 domain / Integrator complex subunit 1, INTS2-binding domain / Integrator complex subunit 7, C-terminal domain / Integrator complex subunit 7, N-terminal / Integrator complex subunit 7 helical bundle / INTS6/SAGE1/DDX26B/CT45, C-terminal / : / INTS6/SAGE1/DDX26B/CT45 C-terminus / Integrator complex subunit 5, C-terminal / Integrator complex subunit 5, N-terminal / Integrator complex subunit 8 / Integrator complex subunit 5 / Integrator complex subunit 5 N-terminus / Integrator complex subunit 5 C-terminus / : / INTS4 8 helical bundle domain / Sister chromatid cohesion protein PDS5 protein / Integrator complex subunit 9 / : / Integrator IntS9, C-terminal domain / Integrator complex subunit 11, MBL-fold / : / Integrator IntS11, C-terminal domain / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / : / : / : / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / HEAT repeat / HEAT repeat / : / PPP2R1A-like HEAT repeat / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / DSS1/SEM1 / DSS1/SEM1 family / DSS1_SEM1 / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / von Willebrand factor type A domain / HEAT repeats / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / VWFA domain profile. / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / von Willebrand factor, type A / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform / 26S proteasome complex subunit SEM1 / Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform / Integrator complex subunit 11 / Integrator complex subunit 5 / Integrator complex subunit 8 / Integrator complex subunit 1 / Integrator complex subunit 4 / Integrator complex subunit 2 / Integrator complex subunit 9 ...Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform / 26S proteasome complex subunit SEM1 / Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform / Integrator complex subunit 11 / Integrator complex subunit 5 / Integrator complex subunit 8 / Integrator complex subunit 1 / Integrator complex subunit 4 / Integrator complex subunit 2 / Integrator complex subunit 9 / Integrator complex subunit 7 / Integrator complex subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Zheng H / Xu Y / Cheng J
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Stabilization of Integrator/INTAC by the small but versatile DSS1 protein.
著者: Xu C / Zhou Q / Zheng H / Song A / Zhao W / Xiong Y / Huang Z / Xu Y / Cheng J / Chen FX
履歴
登録2024年3月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月5日-
マップ公開2025年3月5日-
更新2025年3月5日-
現状2025年3月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39338.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39338.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 420 pix.
= 443.1 Å		1.06 Å/pix.
x 420 pix.
= 443.1 Å		1.06 Å/pix.
x 420 pix.
= 443.1 Å

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.055 Å
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表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.03705979 - 0.09624309
平均 (標準偏差)0.00020462691 (±0.0024921596)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 443.09998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: multibody refined map focusing on INTAC endonuclease module...

ファイルemd_39338_additional_1.map
注釈multibody refined map focusing on INTAC endonuclease module filtered by deepEMhancer
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追加マップ: composite map derived from multibody refinement

ファイルemd_39338_additional_2.map
注釈composite map derived from multibody refinement
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追加マップ: consensus map without postprocess

ファイルemd_39338_additional_3.map
注釈consensus map without postprocess
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追加マップ: multibody refined map focusing on INTAC phophatase module...

ファイルemd_39338_additional_4.map
注釈multibody refined map focusing on INTAC phophatase module filtered by deepEMhancer
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

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追加マップ: multibody refined map focusing on INTAC core module...

ファイルemd_39338_additional_5.map
注釈multibody refined map focusing on INTAC core module filtered by deepEMhancer
投影像・断面図
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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39338_half_map_1.map
投影像・断面図
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密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39338_half_map_2.map
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密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : DSS1-INTAC-PEC

全体名称: DSS1-INTAC-PEC
要素
  • 複合体: DSS1-INTAC-PEC
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome complex subunit DSS1
    • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 11
    • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform
    • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 8
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MANGANESE (II) ION

+
超分子 #1: DSS1-INTAC-PEC

超分子名称: DSS1-INTAC-PEC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: 26S proteasome complex subunit DSS1

分子名称: 26S proteasome complex subunit DSS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.284611 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MSEKKQPVDL GLLEEDDEFE EFPAEDWAGL DEDEDAHVWE DNWDDDNVED DFSNQLRAEL EKHGYKMETS

UniProtKB: 26S proteasome complex subunit SEM1

+
分子 #2: Integrator complex subunit 9

分子名称: Integrator complex subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 73.891219 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKLYCLSGHP TLPCNVLKFK STTIMLDCGL DMTSTLNFLP LPLVQSPRLS NLPGWSLKDG NAFLDKELKE CSGHVFVDSV PEFCLPETE LIDLSTVDVI LISNYHCMMA LPYITEHTGF TGTVYATEPT VQIGRLLMEE LVNFIERVPK AQSASLWKNK D IQRLLPSP ...文字列:
MKLYCLSGHP TLPCNVLKFK STTIMLDCGL DMTSTLNFLP LPLVQSPRLS NLPGWSLKDG NAFLDKELKE CSGHVFVDSV PEFCLPETE LIDLSTVDVI LISNYHCMMA LPYITEHTGF TGTVYATEPT VQIGRLLMEE LVNFIERVPK AQSASLWKNK D IQRLLPSP LKDAVEVSTW RRCYTMQEVN SALSKIQLVG YSQKIELFGA VQVTPLSSGY ALGSSNWIIQ SHYEKVSYVS GS SLLTTHP QPMDQASLKN SDVLVLTGLT QIPTANPDGM VGEFCSNLAL TVRNGGNVLV PCYPSGVIYD LLECLYQYID SAG LSSVPL YFISPVANSS LEFSQIFAEW LCHNKQSKVY LPEPPFPHAE LIQTNKLKHY PSIHGDFSND FRQPCVVFTG HPSL RFGDV VHFMELWGKS SLNTVIFTEP DFSYLEALAP YQPLAMKCIY CPIDTRLNFI QVSKLLKEVQ PLHVVCPEQY TQPPP AQSH RMDLMIDCQP PAMSYRRAEV LALPFKRRYE KIEIMPELAD SLVPMEIKPG ISLATVSAVL HTKDNKHLLQ PPPRPA QPT SGKKRKRVSD DVPDCKVLKP LLSGSIPVEQ FVQTLEKHGF SDIKVEDTAK GHIVLLQEAE TLIQIEEDST HIICDND EM LRVRLRDLVL KFLQKF

UniProtKB: Integrator complex subunit 9

+
分子 #3: Integrator complex subunit 11

分子名称: Integrator complex subunit 11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 67.756562 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPEIRVTPLG AGQDVGRSCI LVSIAGKNVM LDCGMHMGFN DDRRFPDFSY ITQNGRLTDF LDCVIISHFH LDHCGALPYF SEMVGYDGP IYMTHPTQAI CPILLEDYRK IAVDKKGEAN FFTSQMIKDC MKKVVAVHLH QTVQVDDELE IKAYYAGHVL G AAMFQIKV ...文字列:
MPEIRVTPLG AGQDVGRSCI LVSIAGKNVM LDCGMHMGFN DDRRFPDFSY ITQNGRLTDF LDCVIISHFH LDHCGALPYF SEMVGYDGP IYMTHPTQAI CPILLEDYRK IAVDKKGEAN FFTSQMIKDC MKKVVAVHLH QTVQVDDELE IKAYYAGHVL G AAMFQIKV GSESVVYTGD YNMTPDRHLG AAWIDKCRPN LLITESTYAT TIRDSKRCRE RDFLKKVHET VERGGKVLIP VF ALGRAQE LCILLETFWE RMNLKVPIYF STGLTEKANH YYKLFIPWTN QKIRKTFVQR NMFEFKHIKA FDRAFADNPG PMV VFATPG MLHAGQSLQI FRKWAGNEKN MVIMPGYCVQ GTVGHKILSG QRKLEMEGRQ VLEVKMQVEY MSFSAHADAK GIMQ LVGQA EPESVLLVHG EAKKMEFLKQ KIEQELRVNC YMPANGETVT LPTSPSIPVG ISLGLLKREM AQGLLPEAKK PRLLH GTLI MKDSNFRLVS SEQALKELGL AEHQLRFTCR VHLHDTRKEQ ETALRVYSHL KSVLKDHCVQ HLPDGSVTVE SVLLQA AAP SEDPGTKVLL VSWTYQDEEL GSFLTSLLKK GLPQAPS

UniProtKB: Integrator complex subunit 11

+
分子 #4: Integrator complex subunit 2

分子名称: Integrator complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 134.451625 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKDQQTVIMT ECTSLQFVSP FAFEAMQKVD VVCLASLSDP ELRLLLPCLV RMALCAPADQ SQSWAQDKKL ILRLLSGVEA VNSIVALLS VDFHALEQDA SKEQQLRHKL GGGSGESILV SQLQHGLTLE FEHSDSPRRL RLVLSELLAI MNKVSESNGE F FFKSSELF ...文字列:
MKDQQTVIMT ECTSLQFVSP FAFEAMQKVD VVCLASLSDP ELRLLLPCLV RMALCAPADQ SQSWAQDKKL ILRLLSGVEA VNSIVALLS VDFHALEQDA SKEQQLRHKL GGGSGESILV SQLQHGLTLE FEHSDSPRRL RLVLSELLAI MNKVSESNGE F FFKSSELF ESPVYLEEAA DVLCILQAEL PSLLPIVDVA EALLHVRNGA WFLCLLVANV PDSFNEVCRG LIKNGERQDE ES LGGRRRT DALRFLCKMN PSQALKVRGM VVEECHLPGL GVALTLDHTK NEACEDGVSD LVCFVSGLLL GTNAKVRTWF GTF IRNGQQ RKRETSSSVL WQMRRQLLLE LMGILPTVRS TRIVEEADVD MEPNVSVYSG LKEEHVVKAS ALLRLYCALM GIAG LKPTE EEAEQLLQLM TSRPPATPAG VRFVSLSFCM LLAFSTLVST PEQEQLMVVW LSWMIKEEAY FESTSGVSAS FGEML LLVA MYFHSNQLSA IIDLVCSTLG MKIVIKPSSL SRMKTIFTQE IFTEQVVTAH AVRVPVTSNL SANITGFLPI HCIYQL LRS RSFTKHKVSI KDWIYRQLCE TSTPLHPQLL PLIDVYINSI LTPASKSNPE ATNQPVTEQE ILNIFQGVIG GDNIRLN QR FSITAQLLVL YYILSYEEAL LANTKTLAAM QRKPKSYSSS LMDQIPIKFL IRQAQGLQQE LGGLHSALLR LLATNYPH L CIVDDWICEE EITGTDALLR RMLLTNNAKN HSPKQLQEAF SAVPVNNTQV MQIIEHLTLL SASELIPYAE VLTSNMSQL LNSGVPRRIL QTVNKLWMVL NTVMPRRLWV MTVNALQPSI KFVRQQKYTQ NDLMIDPLIV LRCDQRVHRC PPLMDITLHM LNGYLLASK AYLSAHLKET EQDRPSQNNT IGLVGQTDAP EVTREELKNA LLAAQDSAAV QILLEICLPT EEEKANGVNP D SLLRNVQS VITTSAPNKG MEEGEDNLLC NLREVQCLIC CLLHQMYIAD PNIAKLVHFQ GYPCELLPLT VAGIPSMHIC LD FIPELIA QPELEKQIFA IQLLSHLCIQ YALPKSLSVA RLAVNVMGTL LTVLTQAKRY AFFMPTLPSL VSFCRAFPPL YED IMSLLI QIGQVCASDV ATQTRDIDPI ITRLQQIKEK PSGWSQICKD SSYKNGSRDT GSMDPDVQLC HCIERTVIEI INMS VSGI

UniProtKB: Integrator complex subunit 2

+
分子 #5: Integrator complex subunit 4

分子名称: Integrator complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 108.306758 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAHLKKRVY EEFTKVVQPQ EEIATKKLRL TKPSKSAALH IDLCKATSPA DALQYLLQFA RKPVEAESVE GVVRILLEHY YKENDPSVR LKIASLLGLL SKTAGFSPDC IMDDAINILQ NEKSHQVLAQ LLDTLLAIGT KLPENQAIQM RLVDVACKHL T DTSHGVRN ...文字列:
MAAHLKKRVY EEFTKVVQPQ EEIATKKLRL TKPSKSAALH IDLCKATSPA DALQYLLQFA RKPVEAESVE GVVRILLEHY YKENDPSVR LKIASLLGLL SKTAGFSPDC IMDDAINILQ NEKSHQVLAQ LLDTLLAIGT KLPENQAIQM RLVDVACKHL T DTSHGVRN KCLQLLGNLG SLEKSVTKDA EGLAARDVQK IIGDYFSDQD PRVRTAAIKA MLQLHERGLK LHQTIYNQAC KL LSDDYEQ VRSAAVQLIW VVSQLYPESI VPIPSSNEEI RLVDDAFGKI CHMVSDGSWV VRVQAAKLLG SMEQVSSHFL EQT LDKKLM SDLRRKRTAH ERAKELYSSG EFSSGRKWGD DAPKEEVDTG AVNLIESGAC GAFVHGLEDE MYEVRIAAVE ALCM LAQSS PSFAEKCLDF LVDMFNDEIE EVRLQSIHTM RKISNNITLR EDQLDTVLAV LEDSSRDIRE ALHELLCCTN VSTKE GIHL ALVELLKNLT KYPTDRDSIW KCLKFLGSRH PTLVLPLVPE LLSTHPFFDT AEPDMDDPAY IAVLVLIFNA AKTCPT MPA LFSDHTFRHY AYLRDSLSHL VPALRLPGRK LVSSAVSPSI IPQEDPSQQF LQQSLERVYS LQHLDPQGAQ ELLEFTI RD LQRLGELQSE LAGVADFSAT YLRCQLLLIK ALQEKLWNVA APLYLKQSDL ASAAAKQIME ETYKMEFMYS GVENKQVV I IHHMRLQAKA LQLIVTARTT RGLDPLFGMC EKFLQEVDFF QRYFIADLPH LQDSFVDKLL DLMPRLMTSK PAEVVKILQ TMLRQSAFLH LPLPEQIHKA SATIIEPAGE SDNPLRFTSG LVVALDVDAT LEHVQDPQNT VKVQVLYPDG QAQMIHPKPA DFRNPGPGR HRLITQVYLS HTAWTEACQV EVRLLLAYNS SARIPKCPWM EGGEMSPQVE TSIEGTIPFS KPVKVYIMPK P ARR

UniProtKB: Integrator complex subunit 4

+
分子 #6: Integrator complex subunit 7

分子名称: Integrator complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 106.952617 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASNSTKSFL ADAGYGEQEL DANSALMELD KGLRSGKLGE QCEAVVRFPR LFQKYPFPIL INSAFLKLAD VFRVGNNFLR LCVLKVTQQ SEKHLEKILN VDEFVKRIFS VIHSNDPVAR AITLRMLGSL ASIIPERKNA HHSIRQSLDS HDNVEVEAAV F AAANFSAQ ...文字列:
MASNSTKSFL ADAGYGEQEL DANSALMELD KGLRSGKLGE QCEAVVRFPR LFQKYPFPIL INSAFLKLAD VFRVGNNFLR LCVLKVTQQ SEKHLEKILN VDEFVKRIFS VIHSNDPVAR AITLRMLGSL ASIIPERKNA HHSIRQSLDS HDNVEVEAAV F AAANFSAQ SKDFAVGICN KISEMIQGLA TPVDLKLKLI PILQHMHHDA ILASSARQLL QQLVTSYPST KMVIVSLHTF TL LAASSLV DTPKQIQLLL QYLKNDPRKA VKRLAIQDLK LLANKTPHTW SRENIQALCE CALQTPYDSL KLGMLSVLST LSG TIAIKH YFSIVPGNVS SSPRSSDLVK LAQECCYHNN RGIAAHGVRV LTNITVSCQE KDLLALEQDA VFGLESLLVL CSQD DSPGA QATLKIALNC MVKLAKGRPH LSQSVVETLL TQLHSAQDAA RILMCHCLAA IAMQLPVLGD GMLGDLMELY KVIGR SATD KQQELLVSLA TVIFVASQKA LSVESKAVIK QQLESVSNGW TVYRIARQAS RMGNHDMAKE LYQSLLTQVA SEHFYF WLN SLKEFSHAEQ CLTGLQEENY SSALSCIAES LKFYHKGIAS LTAASTPLNP LSFQCEFVKL RIDLLQAFSQ LICTCNS LK TSPPPAIATT IAMTLGNDLQ RCGRISNQMK QSMEEFRSLA SRYGDLYQAS FDADSATLRN VELQQQSCLL ISHAIEAL I LDPESASFQE YGSTGTAHAD SEYERRMMSV YNHVLEEVES LNRKYTPVSY MHTACLCNAI IALLKVPLSF QRYFFQKLQ STSIKLALSP SPRNPAEPIA VQNNQQLALK VEGVVQHGSK PGLFRKIQSV CLNVSSTLQS KSGQDYKIPI DNMTNEMEQR VEPHNDYFS TQFLLNFAIL GTHNITVESS VKDANGIVWK TGPRTTIFVK SLEDPYSQQI RLQQQQAQQP LQQQQQRNAY T RF

UniProtKB: Integrator complex subunit 7

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分子 #7: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit...

分子名称: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 65.378344 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAADGDDSL YPIAVLIDEL RNEDVQLRLN SIKKLSTIAL ALGVERTRSE LLPFLTDTIY DEDEVLLALA EQLGTFTTLV GGPEYVHCL LPPLESLATV EETVVRDKAV ESLRAISHEH SPSDLEAHFV PLVKRLAGGD WFTSRTSACG LFSVCYPRVS S AVKAELRQ ...文字列:
MAAADGDDSL YPIAVLIDEL RNEDVQLRLN SIKKLSTIAL ALGVERTRSE LLPFLTDTIY DEDEVLLALA EQLGTFTTLV GGPEYVHCL LPPLESLATV EETVVRDKAV ESLRAISHEH SPSDLEAHFV PLVKRLAGGD WFTSRTSACG LFSVCYPRVS S AVKAELRQ YFRNLCSDDT PMVRRAAASK LGEFAKVLEL DNVKSEIIPM FSNLASDEQD SVRLLAVEAC VNIAQLLPQE DL EALVMPT LRQAAEDKSW RVRYMVADKF TELQKAVGPE ITKTDLVPAF QNLMKDCEAE VRAAASHKVK EFCENLSADC REN VIMSQI LPCIKELVSD ANQHVKSALA SVIMGLSPIL GKDNTIEHLL PLFLAQLKDE CPEVRLNIIS NLDCVNEVIG IRQL SQSLL PAIVELAEDA KWRVRLAIIE YMPLLAGQLG VEFFDEKLNS LCMAWLVDHV YAIREAATSN LKKLVEKFGK EWAHA TIIP KVLAMSGDPN YLHRMTTLFC INVLSEVCGQ DITTKHMLPT VLRMAGDPVA NVRFNVAKSL QKIGPILDNS TLQSEV KPI LEKLTQDQDV DVKYFAQEAL TVLSLA

UniProtKB: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform

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分子 #8: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha i...

分子名称: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: protein-serine/threonine phosphatase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.636152 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDEKVFTKEL DQWIEQLNEC KQLSESQVKS LCEKAKEILT KESNVQEVRC PVTVCGDVHG QFHDLMELFR IGGKSPDTNY LFMGDYVDR GYYSVETVTL LVALKVRYRE RITILRGNHE SRQITQVYGF YDECLRKYGN ANVWKYFTDL FDYLPLTALV D GQIFCLHG ...文字列:
MDEKVFTKEL DQWIEQLNEC KQLSESQVKS LCEKAKEILT KESNVQEVRC PVTVCGDVHG QFHDLMELFR IGGKSPDTNY LFMGDYVDR GYYSVETVTL LVALKVRYRE RITILRGNHE SRQITQVYGF YDECLRKYGN ANVWKYFTDL FDYLPLTALV D GQIFCLHG GLSPSIDTLD HIRALDRLQE VPHEGPMCDL LWSDPDDRGG WGISPRGAGY TFGQDISETF NHANGLTLVS RA HQLVMEG YNWCHDRNVV TIFSAPNYCY RCGNQAAIME LDDTLKYSFL QFDPAPRRGE PHVTRRTPDY FL

UniProtKB: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform

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分子 #9: Integrator complex subunit 1

分子名称: Integrator complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 244.574922 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MNRAKPTTVR RPSAAAKPSG HPPPGDFIAL GSKGQANESK TASTLLKPAP SGLPSERKRD AAAALSSASA LTGLTKRPKL SSTPPLSAL GRLAEAAVAE KRAISPSIKE PSVVPIEVLP TVLLDEIEAA ELEGNDDRIE GVLCGAVKQL KVTRAKPDST L YLSLMYLA ...文字列:
MNRAKPTTVR RPSAAAKPSG HPPPGDFIAL GSKGQANESK TASTLLKPAP SGLPSERKRD AAAALSSASA LTGLTKRPKL SSTPPLSAL GRLAEAAVAE KRAISPSIKE PSVVPIEVLP TVLLDEIEAA ELEGNDDRIE GVLCGAVKQL KVTRAKPDST L YLSLMYLA KIKPNIFATE GVIEALCSLL RRDASINFKA KGNSLVSVLA CNLLMAAYEE DENWPEIFVK VYIEDSLGER IW VDSPHCK TFVDNIQTAF NTRMPPRSVL LQGEAGRVAG DLGAGSSPHP SLTEEEDSQT ELLIAEEKLS PEQEGQLMPR YEE LAESVE EYVLDMLRDQ LNRRQPIDNV SRNLLRLLTS TCGYKEVRLL AVQKLEMWLQ NPKLTRPAQD LLMSVCMNCN THGS EDMDV ISHLIKIRLK PKVLLNHFML CIRELLSAHK DNLGTTIKLV IFNELSSARN PNNMQVLYTA LQHSSELAPK FLAMV FQDL LTNKDDYLRA SRALLREIIK QTKHEINFQA FCLGLMQERK EPQYLEMEFK ERFVVHITDV LAVSMMLGIT AQVKEA GIA WDKGEKRNLE VLRSFQNQIA AIQRDAVWWL HTVVPSISKL APKDYVHCLH KVLFTEQPET YYKWDNWPPE SDRNFFL RL CSEVPILEDT LMRILVIGLS RELPLGPADA MELADHLVKR AAAVQADDVE VLKVGRTQLI DAVLNLCTYH HPENIQLP P GYQPPNLAIS TLYWKAWPLL LVVAAFNPEN IGLAAWEEYP TLKMLMEMVM TNNYSYPPCT LTDEETRTEM LNRELQTAQ REKQEILAFE GHLAAASTKQ TITESSSLLL SQLTSLDPQG PPRRPPPHIL DQVKSLNQSL RLGHLLCRSR NPDFLLHIIQ RQASSQSMP WLADLVQSSE GSLDVLPVQC LCEFLLHDAV DDAASGEEDD EGESKEQKAK KRQRQQKQRQ LLGRLQDLLL G PKADEQTT CEVLDYFLRR LGSSQVASRV LAMKGLSLVL SEGSLRDGEE KEPPMEEDVG DTDVLQGYQW LLRDLPRLPL FD SVRSTTA LALQQAIHME TDPQTISAYL IYLSQHTPVE EQAQHSDLAL DVARLVVERS TIMSHLFSKL SPSAASDAVL SAL LSIFSR YVRRMRQSKE GEEVYSWSES QDQVFLRWSS GETATMHILV VHAMVILLTL GPPRADDSEF QALLDIWFPE EKPL PTAFL VDTSEEALLL PDWLKLRMIR SEVLRLVDAA LQDLEPQQLL LFVQSFGIPV SSMSKLLQFL DQAVAHDPQT LEQNI MDKN YMAHLVEVQH ERGASGGQTF HSLLTASLPP RRDSTEAPKP KSSPEQPIGQ GRIRVGTQLR VLGPEDDLAG MFLQIF PLS PDPRWQSSSP RPVALALQQA LGQELARVVQ GSPEVPGITV RVLQALATLL SSPHGGALVM SMHRSHFLAC PLLRQLC QY QRCVPQDTGF SSLFLKVLLQ MLQWLDSPGV EGGPLRAQLR MLASQASAGR RLSDVRGGLL RLAEALAFRQ DLEVVSST V RAVIATLRSG EQCSVEPDLI SKVLQGLIEV RSPHLEELLT AFFSATADAA SPFPACKPVV VVSSLLLQEE EPLAGGKPG ADGGSLEAVR LGPSSGLLVD WLEMLDPEVV SSCPDLQLRL LFSRRKGKGQ AQVPSFRPYL LTLFTHQSSW PTLHQCIRVL LGKSREQRF DPSASLDFLW ACIHVPRIWQ GRDQRTPQKR REELVLRVQG PELISLVELI LAEAETRSQD GDTAACSLIQ A RLPLLLSC CCGDDESVRK VTEHLSGCIQ QWGDSVLGRR CRDLLLQLYL QRPELRVPVP EVLLHSEGAA SSSVCKLDGL IH RFITLLA DTSDSRALEN RGADASMACR KLAVAHPLLL LRHLPMIAAL LHGRTHLNFQ EFRQQNHLSC FLHVLGLLEL LQP HVFRSE HQGALWDCLL SFIRLLLNYR KSSRHLAAFI NKFVQFIHKY ITYNAPAAIS FLQKHADPLH DLSFDNSDLV MLKS LLAGL SLPSRDDRTD RGLDEEGEEE SSAGSLPLVS VSLFTPLTAA EMAPYMKRLS RGQTVEDLLE VLSDIDEMSR RRPEI LSFF STNLQRLMSS AEECCRNLAF SLALRSMQNS PSIAAAFLPT FMYCLGSQDF EVVQTALRNL PEYALLCQEH AAVLLH RAF LVGMYGQMDP SAQISEALRI LHMEAVM

UniProtKB: Integrator complex subunit 1

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分子 #10: Integrator complex subunit 5

分子名称: Integrator complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 108.115227 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSALCDPPGA PGPPGPAPAT HGPAPLSAQE LSQEIKAFLT GVDPILGHQL SAREHARCGL LLLRSLPPAR AAVLDHLRGV FDESVRAHL AALDETPVAG PPHLRPPPPS HVPAGGPGLE DVVQEVQQVL SEFIRANPKA WAPVISAWSI DLMGQLSSTY S GQHQRVPH ...文字列:
MSALCDPPGA PGPPGPAPAT HGPAPLSAQE LSQEIKAFLT GVDPILGHQL SAREHARCGL LLLRSLPPAR AAVLDHLRGV FDESVRAHL AALDETPVAG PPHLRPPPPS HVPAGGPGLE DVVQEVQQVL SEFIRANPKA WAPVISAWSI DLMGQLSSTY S GQHQRVPH ATGALNELLQ LWMGCRATRT LMDIYVQCLS ALIGSCPDAC VDALLDTSVQ HSPHFDWVVA HIGSSFPGTI IS RVLSCGL KDFCVHGGAG GGAGSSGGSS SQTPSTDPFP GSPAIPAEKR VPKIASVVGI LGHLASRHGD SIRRELLRMF HDS LAGGSG GRSGDPSLQA TVPFLLQLAV MSPALLGTVS GELVDCLKPP AVLSQLQQHL QGFPREELDN MLNLAVHLVS QASG AGAYR LLQFLVDTAM PASVITTQGL AVPDTVREAC DRLIQLLLLH LQKLVHHRGG SPGEGVLGPP PPPRLVPFLD ALKNH VGEL CGETLRLERK RFLWQHQLLG LLSVYTRPSC GPEALGHLLS RARSPEELSL ATQLYAGLVV SLSGLLPLAF RSCLAR VHA GTLQPPFTAR FLRNLALLVG WEQQGGEGPA ALGAHFGESA SAHLSDLAPL LLHPEEEVAE AAASLLAICP FPSEALS PS QLLGLVRAGV HRFFASLRLH GPPGVASACQ LLTRLSQTSP AGLKAVLQLL VEGALHRGNT ELFGGQVDGD NETLSVVS A SLASASLLDT NRRHTAAVPG PGGIWSVFHA GVIGRGLKPP KFVQSRNQQE VIYNTQSLLS LLVHCCSAPG GTECGECWG APILSPEAAK AVAVTLVESV CPDAAGAELA WPPEEHARAT VERDLRIGRR FREQPLLFEL LKLVAAAPPA LCYCSVLLRG LLAALLGHW EASRHPDTTH SPWHLEASCT LVAVMAEGSL LPPALGNMHE VFSQLAPFEV RLLLLSVWGF LREHGPLPQK F IFQSERGR FIRDFSREGG GEGGPHLAVL HSVLHRNIDR LGLFSGRFQA PSPSTLLRQG T

UniProtKB: Integrator complex subunit 5

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分子 #11: Integrator complex subunit 6

分子名称: Integrator complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 100.527078 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPILLFLIDT SASMNQRSHL GTTYLDTAKG AVETFMKLRA RDPASRGDRY MLVTFEEPPY AIKAGWKENH ATFMNELKNL QAEGLTTLG QSLRTAFDLL NLNRLVTGID NYGQGRNPFF LEPAIIITIT DGSKLTTTSG VQDELHLPLN SPLPGSELTK E PFRWDQRL ...文字列:
MPILLFLIDT SASMNQRSHL GTTYLDTAKG AVETFMKLRA RDPASRGDRY MLVTFEEPPY AIKAGWKENH ATFMNELKNL QAEGLTTLG QSLRTAFDLL NLNRLVTGID NYGQGRNPFF LEPAIIITIT DGSKLTTTSG VQDELHLPLN SPLPGSELTK E PFRWDQRL FALVLRLPGT MSVESEQLTG VPLDDSAITP MCEVTGGRSY SVCSPRMLNQ CLESLVQKVQ SGVVINFEKA GP DPSPVED GQPDISRPFG SQPWHSCHKL IYVRPNPKTG VPIGHWPVPE SFWPDQNSPT LPPRTSHPVV KFSCTDCEPM VID KLPFDK YELEPSPLTQ FILERKSPQT CWQVYVSNSA KYSELGHPFG YLKASTALNC VNLFVMPYNY PVLLPLLDDL FKVH KAKPT LKWRQSFESY LKTMPPYYLG PLKKAVRMMG APNLIADSME YGLSYSVISY LKKLSQQAKI ESDRVIGSVG KKVVQ ETGI KVRSRSHGLS MAYRKDFQQL LQGISEDVPH RLLDLNMKEY TGFQVALLNK DLKPQTFRNA YDIPRRNLLD HLTRMR SNL LKSTRRFLKG QDEDQVHSVP IAQMGNYQEY LKQVPSPLRE LDPDQPRRLH TFGNPFKLDK KGMMIDEADE FVAGPQN KH KRPGEPNMQG IPKRRRCMSP LLRGRQQNPV VNNHIGGKGP PAPTTQAQPD LIKPLPLHKI SETTNDSIIH DVVENHVA D QLSSDITPNA MDTEFSASSP ASLLERPTNH MEALGHDHLG TNDLTVGGFL ENHEEPRDKE QCAEENIPAS SLNKGKKLM HCRSHEEVNT ELKAQIMKEI RKPGRKYERI FTLLKHVQGS LQTRLIFLQN VIKEASRFKK RMLIEQLENF LDEIHRRANQ INHINSN

UniProtKB: Integrator complex subunit 6

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分子 #12: Integrator complex subunit 8

分子名称: Integrator complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 113.219859 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSAEAADREA ATSSRPCTPP QTCWFEFLLE ESLLEKHLRK PCPDPAPVQL IVQFLEQASK PSVNEQNQVQ PPPDNKRNRI LKLLALKVA AHLKWDLDIL EKSLSVPVLN MLLNELLCIS KVPPGTKHVD MDLATLPPTT AMAVLLYNRW AIRTIVQSSF P VKQAKPGP ...文字列:
MSAEAADREA ATSSRPCTPP QTCWFEFLLE ESLLEKHLRK PCPDPAPVQL IVQFLEQASK PSVNEQNQVQ PPPDNKRNRI LKLLALKVA AHLKWDLDIL EKSLSVPVLN MLLNELLCIS KVPPGTKHVD MDLATLPPTT AMAVLLYNRW AIRTIVQSSF P VKQAKPGP PQLSVMNQMQ QEKELTENIL KVLKEQAADS ILVLEAALKL NKDLYVHTMR TLDLLAMEPG MVNGETESST AG LKVKTEE MQCQVCYDLG AAYFQQGSTN SAVYENAREK FFRTKELIAE IGSLSLHCTI DEKRLAGYCQ ACDVLVPSSD STS QQLTPY SQVHICLRSG NYQEVIQIFI EDNLTLSLPV QFRQSVLREL FKKAQQGNEA LDEICFKVCA CNTVRDILEG RTIS VQFNQ LFLRPNKEKI DFLLEVCSRS VNLEKASESL KGNMAAFLKN VCLGLEDLQY VFMISSHELF ITLLKDEERK LLVDQ MRKR SPRVNLCIKP VTSFYDIPAS ASVNIGQLEH QLILSVDPWR IRQILIELHG MTSERQFWTV SNKWEVPSVY SGVILG IKD NLTRDLVYIL MAKGLHCSTV KDFSHAKQLF AACLELVTEF SPKLRQVMLN EMLLLDIHTH EAGTGQAGER PPSDLIS RV RGYLEMRLPD IPLRQVIAEE CVAFMLNWRE NEYLTLQVPA FLLQSNPYVK LGQLLAATCK ELPGPKESRR TAKDLWEV V VQICSVSSQH KRGNDGRVSL IKQRESTLGI MYRSELLSFI KKLREPLVLT IILSLFVKLH NVREDIVNDI TAEHISIWP SSIPNLQSVD FEAVAITVKE LVRYTLSINP NNHSWLIIQA DIYFATNQYS AALHYYLQAG AVCSDFFNKA VPPDVYTDQV IKRMIKCCS LLNCHTQVAI LCQFLREIDY KTAFKSLQEQ NSHDAMDSYY DYIWDVTILE YLTYLHHKRG ETDKRQIAIK A IGQTELNA SNPEEVLQLA AQRRKKKFLQ AMAKLYF

UniProtKB: Integrator complex subunit 8

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分子 #13: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #14: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 587397
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7ycx

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 43790
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 詳細: Relion
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 詳細: relion
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7ycx


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8yjb:
Cryo-EM structure of the human DSS1-INTAC complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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