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万見
- EMDB-39311: The Cryo-EM structure of IL-12, receptor subunit beta-1 and recep... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39311
タイトルThe Cryo-EM structure of IL-12, receptor subunit beta-1 and receptor subunit beta-2 complex, local refinement
マップデータA local refinement map of previous deposition of PDB ID 8XRP.
試料
  • 複合体: the ternary complex of IL-12 with IL-12R beta-1 and IL-12R beta-2
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-12 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-12 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-12 receptor subunit beta-2
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-12 receptor subunit beta-1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードIL-12 / IL-12RB1 / IL-12RB2 / receptor complex / CYTOKINE
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-27 binding / interleukin-12 beta subunit binding / late endosome lumen / interleukin-12 alpha subunit binding / interleukin-12 complex / interleukin-23 complex / natural killer cell activation involved in immune response / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of dendritic cell chemotaxis / positive regulation of natural killer cell activation ...interleukin-27 binding / interleukin-12 beta subunit binding / late endosome lumen / interleukin-12 alpha subunit binding / interleukin-12 complex / interleukin-23 complex / natural killer cell activation involved in immune response / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of dendritic cell chemotaxis / positive regulation of natural killer cell activation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of lymphocyte proliferation / positive regulation of tissue remodeling / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / sexual reproduction / positive regulation of mononuclear cell proliferation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / interleukin-12 receptor binding / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex / T-helper cell differentiation / positive regulation of memory T cell differentiation / interleukin-23-mediated signaling pathway / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / interleukin-12-mediated signaling pathway / positive regulation of NK T cell proliferation / negative regulation of interleukin-17 production / positive regulation of osteoclast differentiation / Interleukin-12 signaling / Interleukin-35 Signalling / cytokine receptor activity / natural killer cell activation / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / response to UV-B / T-helper 1 type immune response / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / negative regulation of interleukin-10 production / defense response to protozoan / cytokine binding / Interleukin-10 signaling / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of protein secretion / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / T cell proliferation / coreceptor activity / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of defense response to virus by host / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of cell adhesion / regulation of cytokine production / cytokine activity / growth factor activity / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to virus / cellular response to type II interferon / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / response to virus / positive regulation of type II interferon production / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell migration / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to virus / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / endoplasmic reticulum lumen / protein heterodimerization activity / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / protein kinase binding / protein-containing complex binding / cell surface / signal transduction / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-12 alpha / Interleukin-12 alpha subunit / : / Interleukin-12 beta / Interleukin-12 beta, central domain / : / Cytokine interleukin-12p40 C-terminus / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding ...Interleukin-12 alpha / Interleukin-12 alpha subunit / : / Interleukin-12 beta / Interleukin-12 beta, central domain / : / Cytokine interleukin-12p40 C-terminus / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / Four-helical cytokine-like, core / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-12 subunit alpha / Interleukin-12 subunit beta / Interleukin-12 receptor subunit beta-1 / Interleukin-12 receptor subunit beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å
データ登録者Chen HQ / Ge XF
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structure and assembly of the human IL-12 signaling complex.
著者: Huiqin Chen / Xiaofei Ge / Chun Li / Jianwei Zeng / Xinquan Wang /
要旨: Interleukin (IL)-12 is a heterodimeric pro-inflammatory cytokine. Our cryoelectron microscopy structure determination of human IL-12 in complex with IL-12Rβ1 and IL-12Rβ2 at a resolution of 3. ...Interleukin (IL)-12 is a heterodimeric pro-inflammatory cytokine. Our cryoelectron microscopy structure determination of human IL-12 in complex with IL-12Rβ1 and IL-12Rβ2 at a resolution of 3.75 Å reveals that IL-12Rβ2 primarily interacts with the IL-12p35 subunit via its N-terminal Ig-like domain, while IL-12Rβ1 binds to the p40 subunit with its N-terminal fibronectin III domain. This binding mode of IL-12 with its receptors is similar to that of IL-23 but shows notable differences with other cytokines. Through structural information and biochemical assays, we identified Y62, Y189, and K192 as key residues in IL-12p35, which bind to IL-12Rβ2 with high affinity and mediate IL-12 signal transduction. Furthermore, structural comparisons reveal two distinctive conformational states and structural plasticity of the heterodimeric interface in IL-12. As a result, our study advances our understanding of IL-12 signal initiation and opens up new opportunities for the engineering and therapeutic targeting of IL-12.
履歴
登録2024年2月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月24日-
マップ公開2024年7月24日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39311.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39311.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈A local refinement map of previous deposition of PDB ID 8XRP.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.87 Å/pix.
x 256 pix.
= 222.643 Å		0.87 Å/pix.
x 256 pix.
= 222.643 Å		0.87 Å/pix.
x 256 pix.
= 222.643 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8697 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.4726372 - 2.2526379
平均 (標準偏差)0.0030632801 (±0.04896737)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 222.6432 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half A map

ファイルemd_39311_half_map_1.map
注釈Half A map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half B map

ファイルemd_39311_half_map_2.map
注釈Half B map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : the ternary complex of IL-12 with IL-12R beta-1 and IL-12R beta-2

全体名称: the ternary complex of IL-12 with IL-12R beta-1 and IL-12R beta-2
要素
  • 複合体: the ternary complex of IL-12 with IL-12R beta-1 and IL-12R beta-2
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-12 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-12 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-12 receptor subunit beta-2
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-12 receptor subunit beta-1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: the ternary complex of IL-12 with IL-12R beta-1 and IL-12R beta-2

超分子名称: the ternary complex of IL-12 with IL-12R beta-1 and IL-12R beta-2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 120 KDa

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分子 #1: Interleukin-12 subunit alpha

分子名称: Interleukin-12 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.781508 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: LSLARNLPVA TPDPGMFPCL HHSQNLLRAV SNMLQKARQT LEFYPCTSEE IDHEDITKDK TSTVEACLPL ELTKNESCLN SRETSFITN GSCLASRKTS FMMALCLSSI YEDLKMYQVE FKTMNAKLLM DPKRQIFLDQ NMLAVIDELM QALNFNSETV P QKSSLEEP ...文字列:
LSLARNLPVA TPDPGMFPCL HHSQNLLRAV SNMLQKARQT LEFYPCTSEE IDHEDITKDK TSTVEACLPL ELTKNESCLN SRETSFITN GSCLASRKTS FMMALCLSSI YEDLKMYQVE FKTMNAKLLM DPKRQIFLDQ NMLAVIDELM QALNFNSETV P QKSSLEEP DFYKTKIKLC ILLHAFRIRA VTIDRVMSYL NASHHHHHH

UniProtKB: Interleukin-12 subunit alpha

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分子 #2: Interleukin-12 subunit beta

分子名称: Interleukin-12 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.811023 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: AIWELKKDVY VVELDWYPDA PGEMVVLTCD TPEEDGITWT LDQSSEVLGS GKTLTIQVKE FGDAGQYTCH KGGEVLSHSL LLLHKKEDG IWSTDILKDQ KEPKNKTFLR CEAKNYSGRF TCWWLTTIST DLTFSVKSSR GSSDPQGVTC GAATLSAERV R GDNKEYEY ...文字列:
AIWELKKDVY VVELDWYPDA PGEMVVLTCD TPEEDGITWT LDQSSEVLGS GKTLTIQVKE FGDAGQYTCH KGGEVLSHSL LLLHKKEDG IWSTDILKDQ KEPKNKTFLR CEAKNYSGRF TCWWLTTIST DLTFSVKSSR GSSDPQGVTC GAATLSAERV R GDNKEYEY SVECQEDSAC PAAEESLPIE VMVDAVHKLK YENYTSSFFI RDIIKPDPPK NLQLKPLKNS RQVEVSWEYP DT WSTPHSY FSLTFCVQVQ GKSKREKKDR VFTDKTSATV ICRKNASISV RAQDRYYSSS WSEWASVPCS

UniProtKB: Interleukin-12 subunit beta

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分子 #3: Interleukin-12 receptor subunit beta-2

分子名称: Interleukin-12 receptor subunit beta-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.627477 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: KIDACKRGDV TVKPSHVILL GSTVNITCSL KPRQGCFHYS RRNKLILYKF DRRINFHHGH SLNSQVTGLP LGTTLFVCKL ACINSDEIQ ICGAEIFVGV APEQPQNLSC IQKGEQGTVA CTWERGRDTH LYTEYTLQLS GPKNLTWQKQ CKDIYCDYLD F GINLTPES ...文字列:
KIDACKRGDV TVKPSHVILL GSTVNITCSL KPRQGCFHYS RRNKLILYKF DRRINFHHGH SLNSQVTGLP LGTTLFVCKL ACINSDEIQ ICGAEIFVGV APEQPQNLSC IQKGEQGTVA CTWERGRDTH LYTEYTLQLS GPKNLTWQKQ CKDIYCDYLD F GINLTPES PESNFTAKVT AVNSLGSSSS LPSTFTFLDI VRPLPPWDIR IKFQKASVSR CTLYWRDEGL VLLNRLRYRP SN SRLWNMV NVTKAKGRHD LLDLKPFTEY EFQISSKLHL YKGSWSDWSE SLRAQTPEEH HHHHH

UniProtKB: Interleukin-12 receptor subunit beta-2

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分子 #4: Interleukin-12 receptor subunit beta-1

分子名称: Interleukin-12 receptor subunit beta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.736449 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: CRTSECCFQD PPYPDADSGS ASGPRDLRCY RISSDRYECS WQYEGPTAGV SHFLRCCLSS GRCCYFAAGS ATRLQFSDQA GVSVLYTVT LWVESWARNQ TEKSPEVTLQ LYNSVKYEPP LGDIKVSKLA GQLRMEWETP DNQVGAEVQF RHRTPSSPWK L GDCGPQDD ...文字列:
CRTSECCFQD PPYPDADSGS ASGPRDLRCY RISSDRYECS WQYEGPTAGV SHFLRCCLSS GRCCYFAAGS ATRLQFSDQA GVSVLYTVT LWVESWARNQ TEKSPEVTLQ LYNSVKYEPP LGDIKVSKLA GQLRMEWETP DNQVGAEVQF RHRTPSSPWK L GDCGPQDD DTESCLCPLE MNVAQEFQLR RRQLGSQGSS WSKWSSPVCV PPENPHHHHH H

UniProtKB: Interleukin-12 receptor subunit beta-1

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
25.0 mMTris-HClTris-HCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 332015
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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