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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-39295 | |||||||||||||||
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タイトル | 3-fold block of DNA-Full medusavirus capsid | |||||||||||||||
マップデータ | 3-fold block of DNA-Full medusavirus capsid | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Giant virus / NCLDV / Icosahedral / VIRUS | |||||||||||||||
生物種 | Acanthamoeba castellanii medusavirus (ウイルス) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.54 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Murata K / Song C / Watanabe R | |||||||||||||||
資金援助 | 日本, 4件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Subnanometer structure of medusavirus capsid during maturation using cryo-electron microscopy 著者: Watanabe R / Song C / Takemura M / Murata K | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_39295.map.gz | 41.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-39295-v30.xml emd-39295.xml | 14.4 KB 14.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_39295_fsc.xml | 14.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_39295.png | 141.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-39295.cif.gz | 4.1 KB | ||
その他 | emd_39295_half_map_1.map.gz emd_39295_half_map_2.map.gz | 209.9 MB 209.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39295 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39295 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_39295_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_39295_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_39295_validation.xml.gz | 21.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_39295_validation.cif.gz | 29 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39295 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39295 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_39295.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | 3-fold block of DNA-Full medusavirus capsid | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.03 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_39295_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_39295_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Acanthamoeba castellanii medusavirus
全体 | 名称: Acanthamoeba castellanii medusavirus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Acanthamoeba castellanii medusavirus
超分子 | 名称: Acanthamoeba castellanii medusavirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 2080449 / 生物種: Acanthamoeba castellanii medusavirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Acanthamoeba castellanii (カステラーニアメーバ) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 260.0 Å / T番号(三角分割数): 277 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 76.0 K / 最高: 77.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 実像数: 2084 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.1 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |