[日本語] English
万見
- EMDB-39238: The early intermediate structure of baculovirus fusion protein GP64 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39238
タイトルThe early intermediate structure of baculovirus fusion protein GP64
マップデータ
試料
  • 複合体: GP64
    • タンパク質・ペプチド: Major envelope glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host process / membrane fusion involved in viral entry into host cell / viral budding from plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Baculovirus Gp64, envelope glycoprotein / Baculovirus gp64 envelope glycoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
Major envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Autographa californica nucleopolyhedrovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Du D / Guo J / Li S
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971133 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural transition of GP64 triggered by a pH-sensitive multi-histidine switch.
著者: Jinliang Guo / Shangrong Li / Lisha Bai / Huimin Zhao / Wenyu Shang / Zhaojun Zhong / Tuerxunjiang Maimaiti / Xueyan Gao / Ning Ji / Yanjie Chao / Zhaofei Li / Dijun Du /
要旨: The fusion of viruses with cellular membranes is a critical step in the life cycle of enveloped viruses. This process is facilitated by viral fusion proteins, many of which are conformationally pH- ...The fusion of viruses with cellular membranes is a critical step in the life cycle of enveloped viruses. This process is facilitated by viral fusion proteins, many of which are conformationally pH-sensitive. The specifics of how changes in pH initiate this fusion have remained largely elusive. This study presents the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of a prototype class III fusion protein, GP64, in its prefusion and early intermediate states, revealing the structural intermediates accompanying the membrane fusion process. The structures identify the involvement of a pH-sensitive switch, comprising H23, H245, and H304, in sensing the low pH that triggers the initial step of membrane fusion. The pH sensing role of this switch is corroborated by assays of cell-cell syncytium formation and dual dye-labeling. The findings demonstrate that coordination between multiple histidine residues acts as a pH sensor and activator. The involvement of a multi-histidine switch in viral fusion is applicable to fusogens of human-infecting thogotoviruses and other viruses, which could lead to strategies for developing anti-viral therapies and vaccines.
履歴
登録2024年2月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_39238.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39238.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 360 pix.
= 345.6 Å		0.96 Å/pix.
x 360 pix.
= 345.6 Å		0.96 Å/pix.
x 360 pix.
= 345.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.96 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.11332385 - 0.4214149
平均 (標準偏差)0.0007568747 (±0.0101990495)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 345.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_39238_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : GP64

全体名称: GP64
要素
  • 複合体: GP64
    • タンパク質・ペプチド: Major envelope glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
超分子 #1: GP64

超分子名称: GP64 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Autographa californica nucleopolyhedrovirus (ウイルス)

-
分子 #1: Major envelope glycoprotein

分子名称: Major envelope glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Autographa californica nucleopolyhedrovirus (ウイルス)
分子量理論値: 53.338871 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: HCNAQMKTGP YKIKNLDITP PKETLQKDVE ITIVETDYNE NVIIGYKGYY QAYAYNGGSL DPNTRVEETM KTLNVGKEDL LMWSIRQQC EVGEELIDRW GSDSDDCFRD NEGRGQWVKG KELVKRQNNN HFAHHTCNKS WRCGISTSKM YSRLECQDDT D ECQVYILD ...文字列:
HCNAQMKTGP YKIKNLDITP PKETLQKDVE ITIVETDYNE NVIIGYKGYY QAYAYNGGSL DPNTRVEETM KTLNVGKEDL LMWSIRQQC EVGEELIDRW GSDSDDCFRD NEGRGQWVKG KELVKRQNNN HFAHHTCNKS WRCGISTSKM YSRLECQDDT D ECQVYILD AEGNPINVTV DTVLHRDGVS MILKQKSTFT TRQIKAACLL IKDDKNNPES VTREHCLIDN DIYDLSKNTW NC KFNRCIK RKVEHRVKKR PPTWRHNVRA KYTEGDTATK GDLMHIQEEL MYENDLLKMN IELMHAHINK LNNMLHDLIV SVA KVDERL IGNLMNNSVS STFLSDDTFL LMPCTNPPAH TSNCYNNSIY KEGRWVANTD SSQCIDFSNY KELAIDDDVE FWIP TIGNT TYHDSWKDAS GWSFIAQQKS NLITTMENTK FGGVGTSLSD ITSMAEGELA AKLTSFMFGH

UniProtKB: Major envelope glycoprotein

-
分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 7 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 60.02 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 70235
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る