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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3923 | |||||||||
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タイトル | Stalled E. coli ribosomes (Fo-c SecM nascent chains) and native E. coli membranes containing recombinant YidC | |||||||||
マップデータ | Average of subvolumes in class 5 | |||||||||
試料 |
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生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 100.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Baker LA / Gruenewald K | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2018 タイトル: Combined H-Detected Solid-State NMR Spectroscopy and Electron Cryotomography to Study Membrane Proteins across Resolutions in Native Environments. 著者: Lindsay A Baker / Tessa Sinnige / Pascale Schellenberger / Jeanine de Keyzer / C Alistair Siebert / Arnold J M Driessen / Marc Baldus / Kay Grünewald / 要旨: Membrane proteins remain challenging targets for structural biology, despite much effort, as their native environment is heterogeneous and complex. Most methods rely on detergents to extract membrane ...Membrane proteins remain challenging targets for structural biology, despite much effort, as their native environment is heterogeneous and complex. Most methods rely on detergents to extract membrane proteins from their native environment, but this removal can significantly alter the structure and function of these proteins. Here, we overcome these challenges with a hybrid method to study membrane proteins in their native membranes, combining high-resolution solid-state nuclear magnetic resonance spectroscopy and electron cryotomography using the same sample. Our method allows the structure and function of membrane proteins to be studied in their native environments, across different spatial and temporal resolutions, and the combination is more powerful than each technique individually. We use the method to demonstrate that the bacterial membrane protein YidC adopts a different conformation in native membranes and that substrate binding to YidC in these native membranes differs from purified and reconstituted systems. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3923.map.gz | 284.6 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3923-v30.xml emd-3923.xml | 13.9 KB 13.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3923.png | 15.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3923 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3923 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3923_validation.pdf.gz | 195.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3923_full_validation.pdf.gz | 194.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3923_validation.xml.gz | 4.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3923 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3923 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3923.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 313.5 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Average of subvolumes in class 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 9.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Ribosome-nascent chains with native E.coli membranes containing YidC
全体 | 名称: Ribosome-nascent chains with native E.coli membranes containing YidC |
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要素 |
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-超分子 #1: Ribosome-nascent chains with native E.coli membranes containing YidC
超分子 | 名称: Ribosome-nascent chains with native E.coli membranes containing YidC タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 細胞中の位置: membrane |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: LEMO/BL21delta Trigger Factor / 組換プラスミド: pHisLIC_YidC/pJK763 |
-超分子 #2: E. coli native membranes containing YidC
超分子 | 名称: E. coli native membranes containing YidC / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 細胞中の位置: membrane |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: LEMO / 組換プラスミド: pHisLIC_YidC |
-超分子 #3: Ribosomes with SecM stalled nascent chains of ATP synthase subunit c
超分子 | 名称: Ribosomes with SecM stalled nascent chains of ATP synthase subunit c タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 delta Trigger Factor / 組換プラスミド: pJK763 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3836 pixel / 平均電子線量: 2.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 8.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 4.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |