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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-39213 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Dragon Grouper nervous necrosis virus-like particle at pH6.5 (2.82A) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | nervous necrosis virus / Dragon Grouper / Cryo-EM structure / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | Nodavirus capsid / nodavirus capsid protein / Viral coat protein subunit / viral capsid / Capsid protein alpha 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Dragon grouper nervous necrosis virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.82 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang CH / Chang WH | |||||||||
資金援助 | 台湾, 2件
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引用 | ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2024 タイトル: Molecular Mechanism of pH-Induced Protrusion Configuration Switching in Piscine Betanodavirus Implies a Novel Antiviral Strategy. 著者: Petra Štěrbová / Chun-Hsiung Wang / Kathleen J D Carillo / Yuan-Chao Lou / Takayuki Kato / Keiichi Namba / Der-Lii M Tzou / Wei-Hau Chang / 要旨: Many viruses contain surface spikes or protrusions that are essential for virus entry. These surface structures can thereby be targeted by antiviral drugs to treat viral infections. Nervous necrosis ...Many viruses contain surface spikes or protrusions that are essential for virus entry. These surface structures can thereby be targeted by antiviral drugs to treat viral infections. Nervous necrosis virus (NNV), a simple nonenveloped virus in the genus of betanodavirus, infects fish and damages aquaculture worldwide. NNV has 60 conspicuous surface protrusions, each comprising three protrusion domains (P-domain) of its capsid protein. NNV uses protrusions to bind to common receptors of sialic acids on the host cell surface to initiate its entry via the endocytic pathway. However, structural alterations of NNV in response to acidic conditions encountered during this pathway remain unknown, while detailed interactions of protrusions with receptors are unclear. Here, we used cryo-EM to discover that Grouper NNV protrusions undergo low-pH-induced compaction and resting. NMR and molecular dynamics (MD) simulations were employed to probe the atomic details. A solution structure of the P-domain at pH 7.0 revealed a long flexible loop (amino acids 311-330) and a pocket outlined by this loop. Molecular docking analysis showed that the N-terminal moiety of sialic acid inserted into this pocket to interact with conserved residues inside. MD simulations demonstrated that part of this loop converted to a β-strand under acidic conditions, allowing for P-domain trimerization and compaction. Additionally, a low-pH-favored conformation is attained for the linker connecting the P-domain to the NNV shell, conferring resting protrusions. Our findings uncover novel pH-dependent conformational switching mechanisms underlying NNV protrusion dynamics potentially utilized for facilitating NNV entry, providing new structural insights into complex NNV-host interactions with the identification of putative druggable hotspots on the protrusion. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | EMDBマップデータ形式 | |||
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ヘッダ (付随情報) | EMDBヘッダ | |||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39213 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39213 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8yf7MC 39212 39214 39215 39217 8yf6C 8yf8C 8yf9C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_39213.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 371.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.24 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Dragon Grouper nervous necrosis virus-like particle at pH6.5 (180...
全体 | 名称: Dragon Grouper nervous necrosis virus-like particle at pH6.5 (180 subunits) |
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要素 |
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-超分子 #1: Dragon Grouper nervous necrosis virus-like particle at pH6.5 (180...
超分子 | 名称: Dragon Grouper nervous necrosis virus-like particle at pH6.5 (180 subunits) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Dragon grouper nervous necrosis virus (ウイルス) |
-分子 #1: Capsid protein alpha
分子 | 名称: Capsid protein alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Dragon grouper nervous necrosis virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 37.128754 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MVRKGEKKLA KPPTTKAANP QPRRRANNRR RSNRTDAPVS KASTVTGFGR GTNDVHLSGM SRISQAVLPA GTGTDGYVVV DATIVPDLL PRLGHAARIF QRYAVETLEF EIQPMCPANT GGGYVAGFLP DPTDNDHTFD ALQATRGAVV AKWWESRTVR P QYTRTLLW ...文字列: MVRKGEKKLA KPPTTKAANP QPRRRANNRR RSNRTDAPVS KASTVTGFGR GTNDVHLSGM SRISQAVLPA GTGTDGYVVV DATIVPDLL PRLGHAARIF QRYAVETLEF EIQPMCPANT GGGYVAGFLP DPTDNDHTFD ALQATRGAVV AKWWESRTVR P QYTRTLLW TSSGKEQRLT SPGRLILLCV GNNTDVVNVS VLCRWSVRLS VPSLETPEET TAPIMTQGSL YNDSLSTNDF KS ILLGSTP LDIAPDGAVF QLDRPLSIDY SLGTGDVDRA VYWHLKKFAG NAGTPAGWFR WGIWDNFNKT FTDGVAYYSD EQP RQILLP VGTVCTRVDS EN UniProtKB: Capsid protein alpha |
-分子 #2: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.91 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.4 µm |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 39884 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |