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- EMDB-39200: Type I-FHNH Cascade-dsDNA R-loop complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39200
タイトルType I-FHNH Cascade-dsDNA R-loop complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Type I-FHNH Cascade-dsDNA R-loop complex
    • タンパク質・ペプチド: Cas5f
    • タンパク質・ペプチド: Cas8f fusion with HNH
    • タンパク質・ペプチド: Cas6f
    • RNA: 60-nt crRNA
    • Other: TS
    • タンパク質・ペプチド: Cas7f
    • Other: NTS
キーワードprotein / RNA / RNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / RNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex
生物種Selenomonas sp. (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.44 Å
データ登録者Li Z
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2024
タイトル: Mechanisms for HNH-mediated target DNA cleavage in type I CRISPR-Cas systems
著者: Li Z
履歴
登録2024年2月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月31日-
マップ公開2024年7月31日-
更新2024年7月31日-
現状2024年7月31日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39200.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39200.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.007
最小 - 最大-0.010596851 - 0.027250687
平均 (標準偏差)0.000049116254 (±0.0013593901)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 272.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39200_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_39200_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Type I-FHNH Cascade-dsDNA R-loop complex

全体名称: Type I-FHNH Cascade-dsDNA R-loop complex
要素
  • 複合体: Type I-FHNH Cascade-dsDNA R-loop complex
    • タンパク質・ペプチド: Cas5f
    • タンパク質・ペプチド: Cas8f fusion with HNH
    • タンパク質・ペプチド: Cas6f
    • RNA: 60-nt crRNA
    • Other: TS
    • タンパク質・ペプチド: Cas7f
    • Other: NTS

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超分子 #1: Type I-FHNH Cascade-dsDNA R-loop complex

超分子名称: Type I-FHNH Cascade-dsDNA R-loop complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3, #5-#6, #4, #7
由来(天然)生物種: Selenomonas sp. (バクテリア)

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分子 #1: Cas5f

分子名称: Cas5f / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Selenomonas sp. (バクテリア)
分子量理論値: 28.703135 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MMKGYILLEK VNIENANAFN NIIVGIPAIT SFLGFARALE RKLNAKEIAI RINGVGLEFH EYELKGYKNK RGQYVTSCPL PGSIPGQNE KKLDAHIMNQ AYIDLNMSFL LEVEGPHVDM STCKSIKSTM ETLRIAGGII RNYKKIRLID TLADIPYGYF L TLRQDNLN ...文字列:
MMKGYILLEK VNIENANAFN NIIVGIPAIT SFLGFARALE RKLNAKEIAI RINGVGLEFH EYELKGYKNK RGQYVTSCPL PGSIPGQNE KKLDAHIMNQ AYIDLNMSFL LEVEGPHVDM STCKSIKSTM ETLRIAGGII RNYKKIRLID TLADIPYGYF L TLRQDNLN DAAGDDMLDK MIHALQQEDT LVPIAVGFKA LSEVGHVEGQ RDPEKDHCFV ESIFSLGGFE CSKILEDINS CL WRYKTEE GLYLCTII

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分子 #2: Cas8f fusion with HNH

分子名称: Cas8f fusion with HNH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Selenomonas sp. (バクテリア)
分子量理論値: 39.339742 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MLRNKILAAI SQKIPEEQKI NKYIEGLFQS IDKNHLATHV AKFTETNSPG NIGAYDILSS DMNCGYLDTA NAGWKEPDIV TNDAKYKRP QGFVAMEMSD GRTVMEHLQE DSAELRHEME ELTDKYDEIR DGILNMPSMQ PYRTNQFIKQ VFFPVGGSYH L LSILPSTV ...文字列:
MLRNKILAAI SQKIPEEQKI NKYIEGLFQS IDKNHLATHV AKFTETNSPG NIGAYDILSS DMNCGYLDTA NAGWKEPDIV TNDAKYKRP QGFVAMEMSD GRTVMEHLQE DSAELRHEME ELTDKYDEIR DGILNMPSMQ PYRTNQFIKQ VFFPVGGSYH L LSILPSTV LNYEVSDRLY RSKIPKIRLR LLSSNAASTT GSRLVSKNKW PLVFQALPPK FLEKNLAKAL DKEYLLPDIN ID ELEGVDN GCLIDEALLP LIIDEGKRKG EGNYRPRHLR DERKEETVQA FLDKYGYCNI PVGYEVHHIV PLSQGGADSI KNM IMLSIE HHERVTEAHA SYFKWRNT

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分子 #3: Cas6f

分子名称: Cas6f / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Selenomonas sp. (バクテリア)
分子量理論値: 20.735873 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MFSQILIIKP GTGISPNIII SEDIFPVLHS LFVEHDKKFG ITFPAYSFDK KGHLGNIIEV LSEDKEALAS LCLEEHLAEV TDYVKVKKE ITFTDDYVLF KRIREENQYE TTARRMRKRG HTELGRPLEM HIKKKNQQIF CHAYIKVKSA STGQSYNIFL A PTDIKHGS FSAYGLLRGD THA

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分子 #4: Cas7f

分子名称: Cas7f / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Selenomonas sp. (バクテリア)
分子量理論値: 38.700172 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAANKKATNV TLKSRPENLS FARCLNTTEA KFWQTDFLKR HTFKLPLLIT DKAVLASKGH EMPPDKLEKE IMDPNPQKSQ SCTLSTECD TLRIDFGIKV LPVKESMYSC SDYNYRTAIY QKIDEYIAED GFLTLAKRYV NNIANARFLW RNRKGAEIIE T IVTIEDKE ...文字列:
MAANKKATNV TLKSRPENLS FARCLNTTEA KFWQTDFLKR HTFKLPLLIT DKAVLASKGH EMPPDKLEKE IMDPNPQKSQ SCTLSTECD TLRIDFGIKV LPVKESMYSC SDYNYRTAIY QKIDEYIAED GFLTLAKRYV NNIANARFLW RNRKGAEIIE T IVTIEDKE YPSFNSKSFN LDTFVEDNAT INEIAQQIAD TFAGKREYLN IYVTCFVKIG CAMEVYPSQE MTFDDDDKGK KL FKFEGSA GMHSQKINNA LRTIDTWYPD YTTYEFPIPV ENYGAARSIG IPFRPDTKSF YKLIDRMILK NEDLPIEDKH YVM AILIRG GMFSKKQEK

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分子 #5: 60-nt crRNA

分子名称: 60-nt crRNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Selenomonas sp. (バクテリア)
分子量理論値: 19.440611 KDa
配列文字列:
UUUAGAAGGA GAAGUCAUUU AAUAAGGCCA CUGUUAAAAA GUGUACCGCC GGAUAGGCGG

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分子 #6: TS

分子名称: TS / タイプ: other / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
由来(天然)生物種: Selenomonas sp. (バクテリア)
分子量理論値: 15.068426 KDa
配列文字列:
(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)AACAG(DT)GG CC(DT)(DT)A(DT)(DT)AA A(DT)GAC(DT)(DT)C(DT)C CGC(DT)AA(DT)AC
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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分子 #7: NTS

分子名称: NTS / タイプ: other / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
由来(天然)生物種: Selenomonas sp. (バクテリア)
分子量理論値: 3.541243 KDa
配列文字列:
G(DT)A(DT)(DT)AGCGG A
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 48756
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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