EMDB-39197: Cryo-EM structure of the channelrhodopsin GtCCR2 focused on the m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-39197

タイトル

Cryo-EM structure of the channelrhodopsin GtCCR2 focused on the monomer

マップデータ

試料

複合体: GtCCR2
- タンパク質・ペプチド: GtCCR2
リガンド: RETINAL
リガンド: water

キーワード

Microbial rhodopsin / MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / photoreceptor activity / phototransduction / membrane / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Guillardia theta (クリプト藻（ヌクレオモルフ）) /

Guillardia theta CCMP2712 (真核生物)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å

データ登録者

Tanaka T / Iida W / Sano FK / Oda K / Shihoya W / Nureki O

資金援助

日本, 8件

Organization	Grant number	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	22KJ0577	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	19H05777	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	22K19371	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	22H02751	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	21H05037	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP233fa627001	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP23ama121002	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP23ama121012	日本

引用

ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: The high-light-sensitivity mechanism and optogenetic properties of the bacteriorhodopsin-like channelrhodopsin GtCCR4.
著者: Tatsuki Tanaka / Shoko Hososhima / Yo Yamashita / Teppei Sugimoto / Toshiki Nakamura / Shunta Shigemura / Wataru Iida / Fumiya K Sano / Kazumasa Oda / Takayuki Uchihashi / Kota Katayama / ...
要旨: Channelrhodopsins are microbial light-gated ion channels that can control the firing of neurons in response to light. Among several cation channelrhodopsins identified in Guillardia theta (GtCCRs), ...

履歴

登録	2024年2月22日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年9月4日	-
マップ公開	2024年9月4日	-
更新	2024年11月20日	-
現状	2024年11月20日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_39197.map.gz	1.9 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-39197-v30.xml emd-39197.xml	19.6 KB 19.6 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_39197.png	127.2 KB
Filedesc metadata	emd-39197.cif.gz	6.1 KB
その他	emd_39197_half_map_1.map.gz emd_39197_half_map_2.map.gz	65.2 MB 65.2 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39197 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39197	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8yejMC 39198C 39199C 8yekC 8yelC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (3) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (3)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_39197.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.95 Å/pix. x 92 pix. = 87.269 Å	0.95 Å/pix. x 68 pix. = 64.503 Å	0.95 Å/pix. x 84 pix. = 79.68 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.94857 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 1.5
最小 - 最大	-6.218112 - 7.0983725
平均 (標準偏差)	-0.02085397 (±0.61436164)

対称性

空間群: 1

詳細

-
全体 : GtCCR2

全体	名称: GtCCR2
要素	複合体: GtCCR2 タンパク質・ペプチド: GtCCR2 リガンド: RETINAL リガンド: water

-
超分子 #1: GtCCR2

超分子	名称: GtCCR2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)	生物種: Guillardia theta (クリプト藻（ヌクレオモルフ）)

-
分子 #1: GtCCR2

分子	名称: GtCCR2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Guillardia theta CCMP2712 (真核生物) / 株: CCMP2712
分子量	理論値: 52.825227 KDa
組換発現	生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列	文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAMGVASS AVITANWISF LAISASFIIL LVISLRYKGP GGTESFYNGF KEQNMLTVFI NLWCALAYF AKVLQSHSND NGFAPLTVIP YVDYCTTCPL LTLDLLWCLD APYKISSAVL VFTCLVIAVA CSLAVAPFSY C WFAMGMVL ...文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAMGVASS AVITANWISF LAISASFIIL LVISLRYKGP GGTESFYNGF KEQNMLTVFI NLWCALAYF AKVLQSHSND NGFAPLTVIP YVDYCTTCPL LTLDLLWCLD APYKISSAVL VFTCLVIAVA CSLAVAPFSY C WFAMGMVL FTFTYVFILS IVRQRLDFFT LCARDSNAKQ SLKHLKTAVF IYFGIWLLFP LLWLLSYRAA NVISNDINHI FH CILDVIA KSVYGFALLY FKMYFDKKLI ESGIDEDDFA KFSKVVTTHR SEEKQKRKPA VSQSPKMYYD EAAYQDGEVE SNL QSKIRK SLSRKDKTPG SPSRSPMTPR TAYSTRKSPG MHLNDHPAWG SLQASAHSWE NEREGPVGDH DDEEFSEFCQ SLPK KAIPP LNSQPHMYNS EDEDDGAYLE RAKMAYQKAK ERHDNANGQR ERRDRSGSRE SDFENLYFQ UniProtKB: Uncharacterized protein

-
分子 #2: RETINAL

分子	名称: RETINAL / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: RET
分子量	理論値: 284.436 Da
Chemical component information	ChemComp-RET: RETINAL / 7-cis-レチナ-ル

-
分子 #3: water

分子	名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: HOH
分子量	理論値: 18.015 Da
Chemical component information	ChemComp-HOH: WATER

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度

5 mg/mL

緩衝液

pH: 8
構成要素:

濃度	式	名称
20.0 mM	C₄H₁₁NO₃	Tris(hydroxymethyl)aminomethane
150.0 mM	NaCl	Sodium chloride
2.0 mM	C₄H₁₀O₂S₂	Dithiothreitol
0.01 %	C₅₆H₉₂O₂₉	Digitonin

グリッド

モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec.

凍結

凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9775 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択	選択した数: 5791254
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 808581
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 3次元分類	クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 407614 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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分子 #1: GtCCR2

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分子 #2: RETINAL

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