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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-39182 | |||||||||
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タイトル | Non-catalytic site depleted and epsilon C-terminal domain deleted FoF1-ATPase from Bacillus PS3,state3,nucleotide depleted condition | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Complex / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
生物種 | Bacillus sp. PS3 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Kobayashi R / Nakano A / Mitsuoka K / Yokoyama K | |||||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: ADP inhibited structure of non-catalytic site depleted FoF1 著者: Kobayashi R / Nakano A / Mitsuoka K / Yokoyama K | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_39182.map.gz | 87.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-39182-v30.xml emd-39182.xml | 15.6 KB 15.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_39182_fsc.xml | 12 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_39182.png | 99.2 KB | ||
マスクデータ | emd_39182_msk_1.map | 178 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-39182.cif.gz | 3.8 KB | ||
その他 | emd_39182_additional_1.map.gz emd_39182_additional_2.map.gz emd_39182_half_map_1.map.gz emd_39182_half_map_2.map.gz | 168 MB 12.4 MB 165.3 MB 165.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39182 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39182 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_39182.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.88 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_39182_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_39182_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #2
ファイル | emd_39182_additional_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_39182_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_39182_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : FoF1 from Bacillus sp. PS3
全体 | 名称: FoF1 from Bacillus sp. PS3 |
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要素 |
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-超分子 #1: FoF1 from Bacillus sp. PS3
超分子 | 名称: FoF1 from Bacillus sp. PS3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus sp. PS3 (バクテリア) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |