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万見
- EMDB-39176: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 6P spike protein complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39176
タイトルNegative stain EM map of SARS-CoV-2 6P spike protein complexed with polyclonal Fabs isolated from sera of DNA(S)-RBD-RBD vaccinated mouse
マップデータNegative stain EM map of SARS-CoV-2 6P spike protein complexed with polyclonal Fabs isolated from sera of DNA(S)-RBD-RBD vaccinated mouse.
試料
  • 複合体: Complex of SARS-CoV-2 6P spike protein with polyclonal Fabs isolated from the sera of DNA(S)-RBD-RBD vaccinated mice
    • 複合体: Severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 6P
    • 複合体: polyclonal Fabs isolated from sera of DNA(S)-RBD-RBD vaccinated mouse
キーワードSARS-CoV-2 / Polyclonal antibodies / Complex / VIRAL PROTEIN / PROTEIN BINDING
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Chen K / Zhu JY
資金援助2件
OrganizationGrant number国
Other government2022YFA1206400
Other governmentgrant nos. 22277017
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: DNA Prime-Protein Boost Targeting Conformational Non-RBD Region for Broad Cross-Neutralization
著者: Ma YF / Chen K / Xie BW / Zhu JY
履歴
登録2024年2月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月26日-
マップ公開2025年2月26日-
更新2025年2月26日-
現状2025年2月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39176.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39176.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain EM map of SARS-CoV-2 6P spike protein complexed with polyclonal Fabs isolated from sera of DNA(S)-RBD-RBD vaccinated mouse.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.21 Å/pix.
x 192 pix.
= 424.32 Å		2.21 Å/pix.
x 192 pix.
= 424.32 Å		2.21 Å/pix.
x 192 pix.
= 424.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.21 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0217
最小 - 最大-0.029111128 - 0.06761106
平均 (標準偏差)0.00010572424 (±0.0049316743)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 424.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Negative stain EM half map of SARS-CoV-2 6P...

ファイルemd_39176_half_map_1.map
注釈Negative stain EM half map of SARS-CoV-2 6P spike protein complexed with polyclonal Fabs isolated from sera of DNA(S)-RBD-RBD vaccinated mouse.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Negative stain EM half map of SARS-CoV-2 6P...

ファイルemd_39176_half_map_2.map
注釈Negative stain EM half map of SARS-CoV-2 6P spike protein complexed with polyclonal Fabs isolated from sera of DNA(S)-RBD-RBD vaccinated mouse.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of SARS-CoV-2 6P spike protein with polyclonal Fabs isola...

全体名称: Complex of SARS-CoV-2 6P spike protein with polyclonal Fabs isolated from the sera of DNA(S)-RBD-RBD vaccinated mice
要素
  • 複合体: Complex of SARS-CoV-2 6P spike protein with polyclonal Fabs isolated from the sera of DNA(S)-RBD-RBD vaccinated mice
    • 複合体: Severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 6P
    • 複合体: polyclonal Fabs isolated from sera of DNA(S)-RBD-RBD vaccinated mouse

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超分子 #1: Complex of SARS-CoV-2 6P spike protein with polyclonal Fabs isola...

超分子名称: Complex of SARS-CoV-2 6P spike protein with polyclonal Fabs isolated from the sera of DNA(S)-RBD-RBD vaccinated mice
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: SARS-CoV-2 6P spike protein complexed with polyclonal Fabs isolated from sera of DNA(S)-RBD-RBD vaccinated mouse
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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超分子 #2: Severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 6P

超分子名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 6P / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 詳細: SARS-CoV-2 6P
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #3: polyclonal Fabs isolated from sera of DNA(S)-RBD-RBD vaccinated mouse

超分子名称: polyclonal Fabs isolated from sera of DNA(S)-RBD-RBD vaccinated mouse
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
詳細: polyclonal Fabs isolated from sera of DNA(S)-RBD-RBD vaccinated mouse

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100F
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6xr8

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 397
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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