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万見
- EMDB-39095: Funes-induced Orb2 amyloid like endogenous Orb2 amyloid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39095
タイトルFunes-induced Orb2 amyloid like endogenous Orb2 amyloid
マップデータ
試料
  • 複合体: Funes-induced Orb2 amyloid filament
    • タンパク質・ペプチド: Translational regulator orb2
キーワードTranslator regulator / chaperone / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性
機能・相同性情報


dendrite terminus / sperm axoneme assembly / asymmetric cell division / sperm individualization / male courtship behavior / translation activator activity / translation factor activity, RNA binding / male meiosis I / long-term memory / negative regulation of cytoplasmic translation ...dendrite terminus / sperm axoneme assembly / asymmetric cell division / sperm individualization / male courtship behavior / translation activator activity / translation factor activity, RNA binding / male meiosis I / long-term memory / negative regulation of cytoplasmic translation / axon terminus / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / synaptic membrane / positive regulation of translation / mRNA 3'-UTR binding / presynapse / ribosome binding / cell body / cell cortex / spermatogenesis / perikaryon / postsynapse / neuron projection / negative regulation of translation / protein stabilization / axon / synapse / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / RNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein, ZZ domain / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein / CEBP, ZZ domain superfamily / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein ZZ domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Translational regulator orb2
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Hervas R / Si K
資金援助 米国, 香港, 2件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
Other government 香港
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: J-domain protein Funes enhances memory by facilitating amyloid formation.
著者: Patton K / Yi Y / Burt R / Ng KKS / Mukhi M / Khaki S / Hervas R / Si K
履歴
登録2024年2月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月3日-
マップ公開2025年9月3日-
更新2025年9月3日-
現状2025年9月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39095.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39095.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 220 pix.
= 238.48 Å		1.08 Å/pix.
x 220 pix.
= 238.48 Å		1.08 Å/pix.
x 220 pix.
= 238.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.084 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0124
最小 - 最大-0.036233496 - 0.052395366
平均 (標準偏差)0.00020234015 (±0.0033360315)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 238.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39095_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39095_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Funes-induced Orb2 amyloid filament

全体名称: Funes-induced Orb2 amyloid filament
要素
  • 複合体: Funes-induced Orb2 amyloid filament
    • タンパク質・ペプチド: Translational regulator orb2

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超分子 #1: Funes-induced Orb2 amyloid filament

超分子名称: Funes-induced Orb2 amyloid filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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分子 #1: Translational regulator orb2

分子名称: Translational regulator orb2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 3.97417 KDa
配列文字列:
QLHQQQHQQQ HQQHQQHQQQ QQLHQHQQQL S

UniProtKB: Translational regulator orb2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 7.15
詳細: 10 mM HEPES pH7.15, 75 mM NaCl, 10 mM KCl, 2mM MgCl2 and 5 mM TCEP
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Orb2 amyloid induced by the JDP Funes from oligomeric Orb2 isolte from fly heads

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 49.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.82 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -1.42 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C3 (3回回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 7807
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

39095

最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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