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- EMDB-39073: De novo design mini-binder in complex with TcdB4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39073
タイトルDe novo design mini-binder in complex with TcdB4
マップデータ
試料
  • 複合体: TcdB4 in complex with De novo design mini-binder
    • タンパク質・ペプチド: Toxin B
    • タンパク質・ペプチド: De novo design Minibinder
  • リガンド: ZINC ION
キーワードDe novo design mini-binder against C.difficle toxin B / DE NOVO PROTEIN / TOXIN-DE NOVO PROTEIN complex
生物種Clostridioides difficile (バクテリア) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Lv XC / Lu PL
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2020YFA0909200 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32301219 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: De novo design of mini-protein binders broadly neutralizing Clostridioides difficile toxin B variants.
著者: Xinchen Lv / Yuanyuan Zhang / Ke Sun / Qi Yang / Jianhua Luo / Liang Tao / Peilong Lu /
要旨: Clostridioides difficile toxin B (TcdB) is the key virulence factor accounting for C. difficile infection-associated symptoms. Effectively neutralizing different TcdB variants with a universal ...Clostridioides difficile toxin B (TcdB) is the key virulence factor accounting for C. difficile infection-associated symptoms. Effectively neutralizing different TcdB variants with a universal solution poses a significant challenge. Here we present the de novo design and characterization of pan-specific mini-protein binders against major TcdB subtypes. Our design successfully binds to the first receptor binding interface (RBI-1) of the varied TcdB subtypes, exhibiting affinities ranging from 20 pM to 10 nM. The cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the mini protein binder in complex with TcdB1 and TcdB4 are consistent with the computational design models. The engineered and evolved variants of the mini-protein binder and chondroitin sulfate proteoglycan 4 (CSPG4), another natural receptor that binds to the second RBI (RBI-2) of TcdB, better neutralize major TcdB variants both in cells and in vivo, as demonstrated by the colon-loop assay using female mice. Our findings provide valuable starting points for the development of therapeutics targeting C. difficile infections (CDI).
履歴
登録2024年2月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月28日-
マップ公開2024年8月28日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39073.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39073.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 344.736 Å		1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 344.736 Å		1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 344.736 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0773 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-3.8220153 - 6.058354
平均 (標準偏差)-0.0006746466 (±0.11663893)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 344.736 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : TcdB4 in complex with De novo design mini-binder

全体名称: TcdB4 in complex with De novo design mini-binder
要素
  • 複合体: TcdB4 in complex with De novo design mini-binder
    • タンパク質・ペプチド: Toxin B
    • タンパク質・ペプチド: De novo design Minibinder
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: TcdB4 in complex with De novo design mini-binder

超分子名称: TcdB4 in complex with De novo design mini-binder / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア)

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分子 #1: Toxin B

分子名称: Toxin B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Genbank Sequence ID MCP3315766.1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア)
分子量理論値: 270.454 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
配列文字列: MSLVNRKQLE KMANVRFRVQ EDEYVAILDA LEEYHNMSEN TVVEKYLKLK DINSLTDTYI DTYKKSGRNK ALKKFKEYLV TEILELKNS NLTPVEKNLH FIWIGGQIND TAINYINQWK DVNSDYNVNV FYDSNAFLIN TLKKTIIESA SNDTLESFRE N LNDPEFNH ...文字列:
MSLVNRKQLE KMANVRFRVQ EDEYVAILDA LEEYHNMSEN TVVEKYLKLK DINSLTDTYI DTYKKSGRNK ALKKFKEYLV TEILELKNS NLTPVEKNLH FIWIGGQIND TAINYINQWK DVNSDYNVNV FYDSNAFLIN TLKKTIIESA SNDTLESFRE N LNDPEFNH TAFFRKRMQI IYDKQQNFIN YYKAQKEENP DLIIDDIVKT YLSNEYSKDI DELNAYIEES LNKVTENSGN DV RNFEEFK TGEVFNLYEQ ELVERWNLAG ASDILRVAIL KNIGGVYLDV DMLPGIHPDL FKDINKPDSV KTAVDWEEMQ LEA IMKYKE YIPEYTSKHF DTLDEEVQSS FESVLASKSD KSEIFLPLGD IEVSPLEVKV AFAKGSIINQ ALISAKDSYC SDLL IKQIQ NRYKILNDTL GPIISQGNDF NTTMNNFGES LGAIANEENI SFIAKIGSYL RVGFYPEANT TITLSGPTIY AGAYK DLLT FKEMSIDTSI LSSELRNFEF PKVNISQATE QEKNSLWQFN EERAKIQFEE YKKNYFEGAL GEDDNLDFSQ NTVTDK EYL LEKISSSTKS SERGYVHYIV QLQGDKISYE AACNLFAKNP YDSILFQKNI EDSEVAYYYN PTDSEIQEID KYRIPDR IS DRPKIKLTLI GHGKAEFNTD IFAGLDVDSL SSEIETIIDL AKADISPKSI EINLLGCNMF SYSVNVEETY PGKLLLRV K DKVSELMPSI SQDSIIVSAN QYEVRINSEG RRELLDHSGE WINKEESIIK DISSKEYISF NPKENKIIVK SKNLPELST LLQEIRNNSN SSDIELEEKV MLAECEINVI SNIETQVVEE RIEEAKSLTS DSINYIKNEF KLIESISDAL YDLKQQNELE ESHFISFED ISKTDEGFSI RFIDKETGES IFVETEKAIF SEYANHITEE ISKLKDTIFD TVNGKLVKKV TLDATHEVNT L NAAFFIQS LIGYNSSKES LSNLSVAMKV QVYAQLFSTG LNTITDAAKV VELVSTALDE TIDLLPTLSE GLPVIATIID GV SLGASIK ELSETSDPLL RQEIEAKIGI MAVNLTAATT AIITSSLGIA SGFSILLVPL AGISAGIPSL VNNELILRAE AKN VVDYFG HISLAESEGA FTLLDDKIMM PQDDLVISEI DFNNNSITLG KCEIWRMEGG SGHTVTDDID HFFSAPSTTY REPY LSIYD VLDVKKEELD LSKDLMVLPN APDRIFGWER GWTPGLRSLE NDGTKLLDRI RDHYEGQFYW RFFAFIADSV ITKLK PRYE DTNIRISLDS NTRSFIVPVI TTEYIREKLS YSFYGSGGTY ALSLSQYNMN INIELNENDT WVIDVDNVVR DVTIES DKI KKGDLIENIL SKLSIEDNKI ILDNHEINFS GTLNGGNGFV SLTFSILEGI NAVIEVDLLS KSYKVLISGE LKTLMAN SN SVQQKIDYIG LNSELQKNIP YSFMDDEGKE NGFINCFTKE GLFVSELSDV VLIIKVYMDN SKPPFGYYSN DLKDVKVI T KDDVIILTGY YLKDDIKISL SFTIQDKNTI KLNGVYLDEN GVAEILKFMN KKGSTNTSDS LMSFLESMNI KSIFIKSLK SNAKLILDTN FIISGTTSIG QFEFICDKDN NIQPYFIKFN TLETKYTLYV GNRQNMIVEP NYNLDDSGDI SSTVINFSQK YLYGIDSCV NKVIISPNIY TDEINITPVH EANNTYPEVI VLDTNYISEK INININDLSI RYVWSNDGSD FILMSTDEEN K VSQVKIRF TNVFKGNTIS DKISFNFSDK QDISINKIIS TFTPSYYVEG LLNYDLGLIS LYNEKFYINN LGMMVSGLVY IN DSLYYFK PPIKNLITGF TTIGDDKYYF NPDNGGAASV GETIIDGKNY YFSQNGVLQT GVFSTEDGFK YFAPADTLDE NLE GEAIDF TGKLIIDENV YYFGDNYRAA IEWQTLDDEV YYFSTDTGRA FKGLNQIGDD KFYFNSDGIM QKGFVNINDK TFYF DDSGV MKSGYTEIDG KYFYFAENGE MQIGVFNTAD GFKYFAHHDE DLGNEEGEAL SYSGILNFNN KIYYFDDSFT AVVGW KDLE DGSKYYFDEN TAEASIGISI INDGKYYFND SGIMQIGFVT INNEVFYFSD SGIVESGMQN IDDNYFYISE NGLVQI GVF DTSDGYKYFA PANTVNDNIY GQAVEYSGLV RVNEDVYSFG ESYTIETGWI YDSENESDKY YFDPETKKAY KGINVID DI KYYFDENGIM RTGLITFEDN HYYFNEDGEM QYGYLNIEDK MFYFSEDGIM QIGVFNTPDG FKYFAHQNTL DENFEGES I NYTGWLDLDE KRYYFTDEYI AATGSVIIDG EEYYFDPDTA QLVISEHHHH HHHH

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分子 #2: De novo design Minibinder

分子名称: De novo design Minibinder / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 7.43746 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
NEEEKFKFFV WFLAIRAGVP EVEVRNDNGK FQVTVKGDTD AARLLTKEVK EVATFLGVDV DLQIR

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7v1n

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 228588
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8y9c:
De novo design mini-binder in complex with TcdB4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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