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- EMDB-39021: Representative tomogram of normal human astrocyte with nanotunnel... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39021
タイトルRepresentative tomogram of normal human astrocyte with nanotunnel-like structure which is an extension of the mitochondrial outer membrane.
マップデータRepresentative tomogram of normal human astrocyte with nanotunnel-like structure which is a simple extension of the mitochondrial outer membrane.
試料
  • 細胞: Normal human astrocyte with nanotunnel-like structure which is an extension of the mitochondrial outer membrane.
キーワードAstrocyte / Nanotunnel / Mitochondrial outer membrane / CELL INVASION
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Wang R / Lei H / Wang HX / Qi L / Liu YE / Liu YH / Shi YF / Chen JX / Shen QT
資金援助 中国, 7件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFF1200400 中国
National Science Foundation (NSF, China)32241028 中国
National Science Foundation (NSF, China)31800617 中国
National Science Foundation (NSF, China)82073274 中国
National Science Foundation (NSF, China)82373095 中国
National Science Foundation (NSF, China)81872072 中国
National Science Foundation (NSF, China)81572501 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Dysregulated inter-mitochondrial crosstalk in glioblastoma cells revealed by in situ cryo-electron tomography.
著者: Rui Wang / Huan Lei / Hongxiang Wang / Lei Qi / Yu'e Liu / Yunhui Liu / Yufeng Shi / Juxiang Chen / Qing-Tao Shen /
要旨: Glioblastomas (GBMs) are the most lethal primary brain tumors with limited survival, even under aggressive treatments. The current therapeutics for GBMs are flawed due to the failure to accurately ...Glioblastomas (GBMs) are the most lethal primary brain tumors with limited survival, even under aggressive treatments. The current therapeutics for GBMs are flawed due to the failure to accurately discriminate between normal proliferating cells and distinctive tumor cells. Mitochondria are essential to GBMs and serve as potential therapeutical targets. Here, we utilize cryo-electron tomography to quantitatively investigate nanoscale details of randomly sampled mitochondria in their native cellular context of GBM cells. Our results show that compared with cancer-free brain cells, GBM cells own more inter-mitochondrial junctions of several types for communications. Furthermore, our tomograms unveil microtubule-dependent mitochondrial nanotunnel-like bridges in the GBM cells as another inter-mitochondrial structure. These quantified inter-mitochondrial features, together with other mitochondria-organelle and intra-mitochondrial ones, are sufficient to distinguish GBM cells from cancer-free brain cells under scrutiny with predictive modeling. Our findings decipher high-resolution inter-mitochondrial structural signatures and provide clues for diagnosis and therapeutic interventions for GBM and other mitochondria-related diseases.
履歴
登録2024年2月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月20日-
マップ公開2024年3月20日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39021.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39021.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 230 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Representative tomogram of normal human astrocyte with nanotunnel-like structure which is a simple extension of the mitochondrial outer membrane.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 25.6823 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)-94.184425000000005 (±79.582520000000002)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin10300
サイズ10241024230
Spacing10241024230
セルA: 26298.676 Å / B: 26298.676 Å / C: 5906.929 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Normal human astrocyte with nanotunnel-like structure which is an...

全体名称: Normal human astrocyte with nanotunnel-like structure which is an extension of the mitochondrial outer membrane.
要素
  • 細胞: Normal human astrocyte with nanotunnel-like structure which is an extension of the mitochondrial outer membrane.

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超分子 #1: Normal human astrocyte with nanotunnel-like structure which is an...

超分子名称: Normal human astrocyte with nanotunnel-like structure which is an extension of the mitochondrial outer membrane.
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Ted Pella / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 2.9 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 15.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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