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- EMDB-38930: Cryo-EM reveals cholesterol binding in the lysosomal GPCR-like pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38930
タイトルCryo-EM reveals cholesterol binding in the lysosomal GPCR-like protein LYCHOS
マップデータ
試料
  • 複合体: Cholesterol-bound LYCHOS
    • タンパク質・ペプチド: Lysosomal cholesterol signaling protein
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: [(2R)-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] octadecanoate
  • リガンド: water
キーワードcholesterol / membrane protein / lysosome
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to cholesterol / cholesterol binding / negative regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to amino acid starvation / transmembrane transport / cognition / intracellular signal transduction / lysosomal membrane / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Integral membrane protein GPR155, DEP domain / Membrane transport protein / Membrane transport protein / : / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysosomal cholesterol signaling protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Zhao J / Shen QY / Zhang Y / Shao ZH
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM reveals cholesterol binding in the lysosomal GPCR-like protein LYCHOS.
著者: Jie Zhao / Qingya Shen / Xihao Yong / Xin Li / Xiaowen Tian / Suyue Sun / Zheng Xu / Xiaoyu Zhang / Lu Zhang / Hao Yang / Zhenhua Shao / Haoxing Xu / Yiyang Jiang / Yan Zhang / Wei Yan /
要旨: Cholesterol plays a pivotal role in modulating the activity of mechanistic target of rapamycin complex 1 (mTOR1), thereby regulating cell growth and metabolic homeostasis. LYCHOS, a lysosome- ...Cholesterol plays a pivotal role in modulating the activity of mechanistic target of rapamycin complex 1 (mTOR1), thereby regulating cell growth and metabolic homeostasis. LYCHOS, a lysosome-localized G-protein-coupled receptor-like protein, emerges as a cholesterol sensor and is capable of transducing the cholesterol signal to affect the mTORC1 function. However, the precise mechanism by which LYCHOS recognizes cholesterol remains unknown. Here, using cryo-electron microscopy, we determined the three-dimensional structural architecture of LYCHOS in complex with cholesterol molecules, revealing a unique arrangement of two sequential structural domains. Through a comprehensive analysis of this structure, we elucidated the specific structural features of these two domains and their collaborative role in the process of cholesterol recognition by LYCHOS.
履歴
登録2024年1月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月29日-
マップ公開2025年1月29日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38930.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38930.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.08 Å		0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.08 Å		0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0109
最小 - 最大-0.07693682 - 0.11524042
平均 (標準偏差)-0.000044671982 (±0.0020475846)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 238.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38930_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38930_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cholesterol-bound LYCHOS

全体名称: Cholesterol-bound LYCHOS
要素
  • 複合体: Cholesterol-bound LYCHOS
    • タンパク質・ペプチド: Lysosomal cholesterol signaling protein
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: [(2R)-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] octadecanoate
  • リガンド: water

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超分子 #1: Cholesterol-bound LYCHOS

超分子名称: Cholesterol-bound LYCHOS / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Lysosomal cholesterol signaling protein

分子名称: Lysosomal cholesterol signaling protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 93.876375 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKPTAVTH GFNSTNDPPS MSITRLFPAL LECFGIVLCG YIAGRANVIT STQAKGLGNF VSRFALPAL LFKNMVVLNF SNVDWSFLYS ILIAKASVFF IVCVLTLLVA SPDSRFSKAG LFPIFATQSN DFALGYPIVE A LYQTTYPE ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKPTAVTH GFNSTNDPPS MSITRLFPAL LECFGIVLCG YIAGRANVIT STQAKGLGNF VSRFALPAL LFKNMVVLNF SNVDWSFLYS ILIAKASVFF IVCVLTLLVA SPDSRFSKAG LFPIFATQSN DFALGYPIVE A LYQTTYPE YLQYIYLVAP ISLMMLNPIG FIFCEIQKWK DTQNASQNKI KIVGLGLLRV LQNPIVFMVF IGIAFNFILD RK VPVYVEN FLDGLGNSFS GSALFYLGLT MVGKIKRLKK SAFVVLILLI TAKLLVLPLL CREMVELLDK GDSVVNHTSL SNY AFLYGV FPVAPGVAIF ATQFNMEVEI ITSGMVISTF VSAPIMYVSA WLLTFPTMDP KPLAYAIQNV SFDISIVSLI SLIW SLAIL LLSKKYKQLP HMLTTNLLIA QSIVCAGMMI WNFVKEKNFV GQILVFVLLY SSLYSTYLWT GLLAISLFLL KKRER VQIP VGIIIISGWG IPALLVGVLL ITGKHNGDSI DSAFFYGKEQ MITTAVTLFC SILIAGISLM CMNQTAQAGS YEGFDQ SQS HKVVEPGNTA FEESPAPVNE PELFTSSIPE TSCCSCSMGN GELHCPSIEP IANTSTSEPV IPSFEKNNHC VSRCNSQ SC ILAQEEEQYL QSGDQQLTRH VLLCLLLIIG LFANLSSCLW WLFNQEPGRL YVELQFFCAV FNFGQGFISF GIFGLDKH L IILPFKRRLE FLWNNKDTAE NRDSPVSEEI KMTCQQFIHY HRDLCIRNIV KERRCGAKTS AGTFCGCDLV SWLIEVGLA SDRGEAVIYG DRLVQGGVIQ HITNEYEFRD EYLFYRFLQK

UniProtKB: Lysosomal cholesterol signaling protein

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分子 #2: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1
分子量理論値: 22.99 Da

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分子 #3: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL

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分子 #4: [(2R)-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy...

分子名称: [(2R)-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] octadecanoate
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: DKB
分子量理論値: 720.012 Da
Chemical component information

ChemComp-DKB:
[(2R)-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] octadecanoate

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 104127
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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