[日本語] English
万見
- EMDB-38925: Sialic acid bound form of Tripartite ATP-independent Periplasmic ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38925
タイトルSialic acid bound form of Tripartite ATP-independent Periplasmic (TRAP) transporter from Fusobacterium nucleatum.
マップデータextracted map around pdb
試料
  • 複合体: Sialic acid bound form of TRAP transporter in 1:1 complex with its nanobody.
    • タンパク質・ペプチド: N-acetylneuraminate transporter small subunit
    • タンパク質・ペプチド: FnTRAP specific nanobody
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: N-acetyl-beta-neuraminic acid
キーワードsialic acid transporter / TRAP transporter / MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN. / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性TRAP transporter large membrane protein DctM / TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit / : / Tripartite ATP-independent periplasmic transporters, DctQ component / Tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctM component / transmembrane transporter activity / plasma membrane / N-acetylneuraminate transporter small subunit
機能・相同性情報
生物種Fusobacterium nucleatum (バクテリア) / Vicugna pacos (アルパカ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Goyal P / Ramaswamy S / Vinothkumar KR
資金援助 インド, 2件
OrganizationGrant number国
Other governmentIA/E/16/1/502999
Department of Biotechnology (DBT, India)DBT/PR12422/MED/31/287/2014 インド
引用ジャーナル: Elife / 年: 2025
タイトル: Molecular determinants of Neu5Ac binding to a tripartite ATP independent periplasmic (TRAP) transporter.
著者: Parveen Goyal / KanagaVijayan Dhanabalan / Mariafrancesca Scalise / Rosmarie Friemann / Cesare Indiveri / Renwick C J Dobson / Kutti R Vinothkumar / Subramanian Ramaswamy /
要旨: -Acetylneuraminic acid (Neu5Ac) is a negatively charged nine-carbon amino sugar that is often the peripheral sugar in human cell-surface glycoconjugates. Some bacteria scavenge, import, and ... -Acetylneuraminic acid (Neu5Ac) is a negatively charged nine-carbon amino sugar that is often the peripheral sugar in human cell-surface glycoconjugates. Some bacteria scavenge, import, and metabolize Neu5Ac or redeploy it on their cell surfaces for immune evasion. The import of Neu5Ac by many bacteria is mediated by tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) transporters. We have previously reported the structures of SiaQM, a membrane-embedded component of the TRAP transport system, (Currie et al., 2024). However, none of the published structures contain Neu5Ac bound to SiaQM. This information is critical for defining the transport mechanism and for further structure-activity relationship studies. Here, we report the structures of SiaQM with and without Neu5Ac. Both structures are in an inward (cytoplasmic side) facing conformation. The Neu5Ac-bound structure reveals the interactions of Neu5Ac with the transporter and its relationship with the Na binding sites. Two of the Na-binding sites are similar to those described previously. We identify a third metal-binding site that is further away and buried in the elevator domain. Ser300 and Ser345 interact with the C1-carboxylate group of Neu5Ac. Proteoliposome-based transport assays showed that Ser300-Neu5Ac interaction is critical for transport, whereas Ser345 is dispensable. Neu5Ac primarily interacts with residues in the elevator domain of the protein, thereby supporting the elevator with an operator mechanism. The residues interacting with Neu5Ac are conserved, providing fundamental information required to design inhibitors against this class of proteins.
履歴
登録2024年1月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月11日-
マップ公開2024年12月11日-
更新2025年3月19日-
現状2025年3月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_38925.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38925.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈extracted map around pdb
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.07 Å/pix.
x 102 pix.
= 109.14 Å		1.07 Å/pix.
x 86 pix.
= 92.02 Å		1.07 Å/pix.
x 110 pix.
= 117.7 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.13
最小 - 最大-6.17642 - 10.029127000000001
平均 (標準偏差)0.083692156 (±0.63137466)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin166158152
サイズ86110102
Spacing10286110
セルA: 109.14001 Å / B: 92.020004 Å / C: 117.700005 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half Map B no mask applied

ファイルemd_38925_half_map_1.map
注釈Half Map B no mask applied
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half Map A no mask applied

ファイルemd_38925_half_map_2.map
注釈Half Map A no mask applied
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Sialic acid bound form of TRAP transporter in 1:1 complex with it...

全体名称: Sialic acid bound form of TRAP transporter in 1:1 complex with its nanobody.
要素
  • 複合体: Sialic acid bound form of TRAP transporter in 1:1 complex with its nanobody.
    • タンパク質・ペプチド: N-acetylneuraminate transporter small subunit
    • タンパク質・ペプチド: FnTRAP specific nanobody
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: N-acetyl-beta-neuraminic acid

-
超分子 #1: Sialic acid bound form of TRAP transporter in 1:1 complex with it...

超分子名称: Sialic acid bound form of TRAP transporter in 1:1 complex with its nanobody.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Fusobacterium nucleatum (バクテリア)

-
分子 #1: N-acetylneuraminate transporter small subunit

分子名称: N-acetylneuraminate transporter small subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fusobacterium nucleatum (バクテリア)
分子量理論値: 74.198938 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGGSHHHHHH GSWSHPQFEK ASMTGGQQMG RDLYDDDDKD RWGSELEMKV FNKLEEWLGG SLFIGMFVIL VMQIFSRQIF NSPLIWSEE LSRLIFVYVG LLGVSMGIRS QQHIMIDFLY AKFPKSMQKI IFTIIQILIL ACLIFFLYFG YDLFIKKEEI E IVSLGISM ...文字列:
MGGSHHHHHH GSWSHPQFEK ASMTGGQQMG RDLYDDDDKD RWGSELEMKV FNKLEEWLGG SLFIGMFVIL VMQIFSRQIF NSPLIWSEE LSRLIFVYVG LLGVSMGIRS QQHIMIDFLY AKFPKSMQKI IFTIIQILIL ACLIFFLYFG YDLFIKKEEI E IVSLGISM KWMYLALPLI TLLMLVRFYQ AYSENYAQNK VYIKPIFILA LMIILVLIAF IKPELFKILK LSNYFDLGEM TI YYVLIAW LVMIFFGVPV GWSLLVACIL YFALTRWKVV YFAADKLVYS LDSFSLLSVP FFILTGILMN GAGITERIFN FAK AMLGHY TGGMGHVNVA ASLIFSGMSG SAIADAGGLG QLEIKAMRDE GYDDDICGGL TAASCIIGPL VPPSISMIIY GVIA NQSIA KLFLAGFVPG FLTTIALMIM NYFVCKKRGY KKTAKASPKE RWIAFKKSFW ALLTPILIIG GIFSGIFTPT EAAVI ATFY SIILGGFIYK ELTVKSFFKH CVEAVAISGV TVLMIMTVTF FGDIIAREQV AMRVAEIFIK YATSPMMVLV MINLLL LFL GMFIDALALQ FLVLPMLIPI AEQVGIDLVF FGVMTTLNMM IGILTPPMGM ALFVVAQVGK MSVSTVAKGV LPFLLPI FI TLVIITIFPQ IILFLPNLIV GG

UniProtKB: N-acetylneuraminate transporter small subunit

-
分子 #2: FnTRAP specific nanobody

分子名称: FnTRAP specific nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vicugna pacos (アルパカ)
分子量理論値: 14.408753 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQAGGSLRL SCTTSGFNFD DYAIGWFRQA PGKEREGVSC IHCTAYTPYY ARSVRDRFTI SSDNATNTVF LQMNNLRPE DTAVYYCVAD ATRYPYPEFY DYVGQGTQVT VSSHHHHHH

-
分子 #3: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3
分子量理論値: 22.99 Da

-
分子 #4: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

-
分子 #5: N-acetyl-beta-neuraminic acid

分子名称: N-acetyl-beta-neuraminic acid / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: SLB
分子量理論値: 309.27 Da
Chemical component information

ChemComp-SLB:
N-acetyl-beta-neuraminic acid / N-アセチル-β-ノイラミン酸

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度2.9 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2341 / 平均露光時間: 60.0 sec. / 平均電子線量: 24.67 e/Å2 / 詳細: Of the 2341 images 1752 were used.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 130841 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 653554
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Using ab initio model within cryosparc
最終 再構成使用したクラス数: 4 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 225006
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 53127
詳細: Each class was independently refined in cryosparc. the resulting maps suggested 4 are very similar.
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4572


Chain - Source name: Other / Chain - Initial model type: experimental model / 詳細: from the apo strcuture of the same protein
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 43.2
得られたモデル

PDB-8y4w:
Sialic acid bound form of Tripartite ATP-independent Periplasmic (TRAP) transporter from Fusobacterium nucleatum.

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る