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- EMDB-38909: Cryo-EM structure of opioid receptor with biased agonist -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38909
タイトルCryo-EM structure of opioid receptor with biased agonist
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of opioid receptor with biased agonist
    • タンパク質・ペプチド: Delta-type opioid receptor
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2
    • タンパク質・ペプチド: scFv16
  • リガンド: ~{N},~{N}-diethyl-4-(5-oxidanylspiro[chromene-2,4'-piperidine]-4-yl)benzamide
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


G protein-coupled enkephalin receptor activity / spine apparatus / positive regulation of CREB transcription factor activity / G protein-coupled opioid receptor activity / negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / cellular response to toxic substance / negative regulation of adenylate cyclase activity ...G protein-coupled enkephalin receptor activity / spine apparatus / positive regulation of CREB transcription factor activity / G protein-coupled opioid receptor activity / negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / cellular response to toxic substance / negative regulation of adenylate cyclase activity / positive regulation of urine volume / receptor serine/threonine kinase binding / positive regulation of neural precursor cell proliferation / negative regulation of synaptic transmission / neuropeptide binding / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / eating behavior / neuronal dense core vesicle / negative regulation of apoptotic signaling pathway / regulation of calcium ion transport / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / neuropeptide signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / axon terminus / dendrite membrane / response to nutrient / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / Peptide ligand-binding receptors / regulation of mitochondrial membrane potential / adult locomotory behavior / positive regulation of superoxide anion generation / Regulation of insulin secretion / response to nicotine / G protein-coupled receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / postsynaptic density membrane / cellular response to growth factor stimulus / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / synaptic vesicle membrane / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / presynaptic membrane / cell body / GTPase binding / retina development in camera-type eye / Ca2+ pathway / midbody / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / fibroblast proliferation / G alpha (i) signalling events / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to hypoxia / G alpha (q) signalling events / response to ethanol / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade
類似検索 - 分子機能
Delta opioid receptor / Opioid receptor / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit ...Delta opioid receptor / Opioid receptor / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2 / Delta-type opioid receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Lin C / Chang Z
資金援助1件
OrganizationGrant number
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2024
タイトル: Cryo-EM structure of small-molecule agonist bound delta opioid receptor-G complex enables discovery of biased compound.
著者: Lin Cheng / Zhuang Miao / Sicen Liu / Zhe Li / Hong Fu / Chanjuan Xu / Shilong Hu / Chang Zhao / Yuxuan Liu / Tiantian Zhao / Wencheng Liu / Heli Wang / Runduo Liu / Wei Yan / Xiangdong Tang ...著者: Lin Cheng / Zhuang Miao / Sicen Liu / Zhe Li / Hong Fu / Chanjuan Xu / Shilong Hu / Chang Zhao / Yuxuan Liu / Tiantian Zhao / Wencheng Liu / Heli Wang / Runduo Liu / Wei Yan / Xiangdong Tang / Jianfeng Liu / Zhenhua Shao / Bowen Ke /
要旨: Delta opioid receptor (δOR) plays a pivotal role in modulating human sensation and emotion. It is an attractive target for drug discovery since, unlike Mu opioid receptor, it is associated with low ...Delta opioid receptor (δOR) plays a pivotal role in modulating human sensation and emotion. It is an attractive target for drug discovery since, unlike Mu opioid receptor, it is associated with low risk of drug dependence. Despite its potential applications, the pharmacological properties of δOR, including the mechanisms of activation by small-molecule agonists and the complex signaling pathways it engages, as well as their relation to the potential side effects, remain poorly understood. In this study, we use cryo-electron microscopy (cryo-EM) to determine the structure of the δOR-G complex when bound to a small-molecule agonist (ADL5859). Moreover, we design a series of probes to examine the key receptor-ligand interaction site and identify a region involved in signaling bias. Using ADL06 as a chemical tool, we elucidate the relationship between the β-arrestin pathway of the δOR and its biological functions, such as analgesic tolerance and convulsion activities. Notably, we discover that the β-arrestin recruitment of δOR might be linked to reduced gastrointestinal motility. These insights enhance our understanding of δOR's structure, signaling pathways, and biological functions, paving the way for the structure-based drug discovery.
履歴
登録2024年1月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月27日-
マップ公開2024年11月27日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38909.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å
0.85 Å/pix.
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= 217.6 Å
0.85 Å/pix.
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= 217.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.013
最小 - 最大-3.0555081 - 3.707449
平均 (標準偏差)-0.0015676084 (±0.0796425)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 217.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38909_half_map_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38909_half_map_2.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of opioid receptor with biased agonist

全体名称: Cryo-EM structure of opioid receptor with biased agonist
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of opioid receptor with biased agonist
    • タンパク質・ペプチド: Delta-type opioid receptor
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2
    • タンパク質・ペプチド: scFv16
  • リガンド: ~{N},~{N}-diethyl-4-(5-oxidanylspiro[chromene-2,4'-piperidine]-4-yl)benzamide

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超分子 #1: Cryo-EM structure of opioid receptor with biased agonist

超分子名称: Cryo-EM structure of opioid receptor with biased agonist
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2, #5, #3-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Delta-type opioid receptor

分子名称: Delta-type opioid receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.17398 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DYKDDDDAGP PGARSASSLA LAIAITALYS AVCAVGLLGN VLVMFGIVRY TKMKTATNIY IFNLALADAL ATSTLPFQSA KYLMETWPF GELLCKAVLS IDYYNMFTSI FTLTMMSVDR YIAVCHPVKA LDFRTPAKAK LINICIWVLA SGVGVPIMVM A VTRPRDGA ...文字列:
DYKDDDDAGP PGARSASSLA LAIAITALYS AVCAVGLLGN VLVMFGIVRY TKMKTATNIY IFNLALADAL ATSTLPFQSA KYLMETWPF GELLCKAVLS IDYYNMFTSI FTLTMMSVDR YIAVCHPVKA LDFRTPAKAK LINICIWVLA SGVGVPIMVM A VTRPRDGA VVCMLQFPSP SWYWDTVTKI CVFLFAFVVP ILIITVCYGL MLLRLRSVRL LSGSKEKDRS LRRITRMVLV VV GAFVVCW APIHIFVIVW TLVDIDRRDP LVVAALHLCI ALGYANSSLN PVLYAFLDEN FKRCFRQLCR KPCGRPDPSS FSR AREAT

UniProtKB: Delta-type opioid receptor

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.33602 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MPPHHHHLEV LFQGPGSSGS ELDQLRQEAE QLKNQIRDAR KACADATLSQ ITNNIDPVGR IQMRTRRTLR GHLAKIYAMH WGTDSRLLV SASQDGKLII WDSYTTNKVH AIPLRSSWVM TCAYAPSGNY VACGGLDNIC SIYNLKTREG NVRVSRELAG H TGYLSCCR ...文字列:
MPPHHHHLEV LFQGPGSSGS ELDQLRQEAE QLKNQIRDAR KACADATLSQ ITNNIDPVGR IQMRTRRTLR GHLAKIYAMH WGTDSRLLV SASQDGKLII WDSYTTNKVH AIPLRSSWVM TCAYAPSGNY VACGGLDNIC SIYNLKTREG NVRVSRELAG H TGYLSCCR FLDDNQIVTS SGDTTCALWD IETGQQTTTF TGHTGDVMSL SLAPDTRLFV SGACDASAKL WDVREGMCRQ TF TGHESDI NAICFFPNGN AFATGSDDAT CRLFDLRADQ ELMTYSHDNI ICGITSVSFS KSGRLLLAGY DDFNCNVWDA LKA DRAGVL AGHDNRVSCL GVTDDGMAVA TGSWDSFLKI WN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.516891 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAAERSKMID KNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKNTIV KQMKIIHEDG YSEEECRQYR AVVYSNTIQS IMAIVKAMG NLQIDFADPS RADDARQLFA LSCTAEEQGV LPDDLSGVIR RLWADHGVQA CFGRSREYQL NDSAAYYLND L ERIAQSDY ...文字列:
MGCTLSAEDK AAAERSKMID KNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKNTIV KQMKIIHEDG YSEEECRQYR AVVYSNTIQS IMAIVKAMG NLQIDFADPS RADDARQLFA LSCTAEEQGV LPDDLSGVIR RLWADHGVQA CFGRSREYQL NDSAAYYLND L ERIAQSDY IPTQQDVLRT RVKTTGIVET HFTFKDLHFK MFDVGAQRSE RKKWIHCFEG VTAIIFCVAL SAYDLVLAED EE MNRMHAS MKLFDSICNN KWFTDTSIIL FLNKKDLFEE KITHSPLTIC FPEYTGANKY DEAASYIQSK FEDLNKRKDT KEI YTHFTC STDTKNVQFV FDAVTDVIIK NNLKDCGLF

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2

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分子 #4: scFv16

分子名称: scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 28.636793 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列:
DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL KAAAENLYFQ GHHHHHHHH

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分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #6: ~{N},~{N}-diethyl-4-(5-oxidanylspiro[chromene-2,4'-piperidine]-4-...

分子名称: ~{N},~{N}-diethyl-4-(5-oxidanylspiro[chromene-2,4'-piperidine]-4-yl)benzamide
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / : A1LXY
分子量理論値: 392.491 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 676428
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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