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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Ebola virus glycoprotein in complex with a broadly neutralizing antibody 2G1 | |||||||||
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![]() | ANTIVIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / extracellular region / membrane / SGP / Virion spike glycoprotein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å | |||||||||
![]() | Fan PF / Yu CM / Chen W | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Ebola virus glycoprotein in complex with a broadly neutralizing antibody 2G1 著者: Fan PF / Yu CM / Chen W | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 108.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.2 KB 17.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() ![]() | 12.6 KB 12.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 160.3 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 200.1 MB 200.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 852.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 851.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8y3uMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38899_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38899_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Ebola virus glycoprotein in complex with a broadly neutralizing a...
全体 | 名称: Ebola virus glycoprotein in complex with a broadly neutralizing antibody 2G1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Ebola virus glycoprotein in complex with a broadly neutralizing a...
超分子 | 名称: Ebola virus glycoprotein in complex with a broadly neutralizing antibody 2G1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #2: Ebola virus glycoprotein
超分子 | 名称: Ebola virus glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: 2G1 Fab
超分子 | 名称: 2G1 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: 2G1 VH
分子 | 名称: 2G1 VH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 13.535075 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG LVKRGGSLRL SCVVSGYTFG GYSMHWVRQA PGKGLEWVSG ISSSSYYKYY ADSVKGRFTI SRDNAKNSLY LQMNSLRAE DTAVYYCARD MGYCSGGSCP NFDFWGQGTT VTVSS |
-分子 #2: 2G1 VL
分子 | 名称: 2G1 VL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 11.342541 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: IQMTQSPSSL SASVGDRVTI TCRTSQSISN YLNWYQQIPG KAPKLLISTA SNLHSGVSSR FSGSGSGTHF TLTISSLQPE DFATYYCQQ SYSTPSFGQG TKVEIK |
-分子 #3: Virion spike glycoprotein
分子 | 名称: Virion spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 10.883393 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: VIVNAQPKCN PNLHYWTTQD EGAAIGLAWI PYFGPAAEGI YTEGLMHNQD GLICGLRQLA NETTQALQLF LRATTELRTF SILNRKAID FLLQRWAA UniProtKB: Virion spike glycoprotein |
-分子 #4: SGP
分子 | 名称: SGP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 16.984287 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: SIPLGVIHNS TLQVSDVDKL VCRDKLSSTN QLRSVGLNLE GNGVATDVPS VTKRWGFRSG VPPKVVNYEA GEWAENCYNL EIKKPDGSE CLPAAPDGIR GFPRCRYVHK VSGTGPCAGD FAFHKEGAFF LYDRLASTVI YRGTTFAEGV VAFLILAA UniProtKB: SGP |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 137 mM NaCl, 2.7mM KCl, 10 mM Na2HPO4, 2 mM KH2PO4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 8926 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |