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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | structure of a proteinACryo-EM structure of human dopamine transporter in complex with GBR12909 | |||||||||
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![]() | human dopamine transporter human dopamine transporter / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Defective SLC6A3 causes Parkinsonism-dystonia infantile (PKDYS) / Defective SLC6A3 causes Parkinsonism-dystonia infantile (PKDYS) / Dopamine clearance from the synaptic cleft / amine binding / adenohypophysis development / dopamine uptake / hyaloid vascular plexus regression / dopamine binding / norepinephrine:sodium symporter activity / dopamine:sodium symporter activity ...Defective SLC6A3 causes Parkinsonism-dystonia infantile (PKDYS) / Defective SLC6A3 causes Parkinsonism-dystonia infantile (PKDYS) / Dopamine clearance from the synaptic cleft / amine binding / adenohypophysis development / dopamine uptake / hyaloid vascular plexus regression / dopamine binding / norepinephrine:sodium symporter activity / dopamine:sodium symporter activity / norepinephrine transport / regulation of dopamine metabolic process / dopaminergic synapse / neurotransmitter transmembrane transporter activity / dopamine transport / flotillin complex / monoamine transmembrane transporter activity / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / monoamine transport / dopamine catabolic process / positive regulation of multicellular organism growth / neurotransmitter transport / response to iron ion / dopamine biosynthetic process / dopamine uptake involved in synaptic transmission / amino acid transport / heterocyclic compound binding / neuronal cell body membrane / sodium ion transmembrane transport / prepulse inhibition / axon terminus / response to cAMP / lactation / protein phosphatase 2A binding / response to cocaine / locomotory behavior / response to nicotine / cognition / sensory perception of smell / presynaptic membrane / protease binding / postsynaptic membrane / response to ethanol / neuron projection / response to xenobiotic stimulus / membrane raft / axon / signaling receptor binding / neuronal cell body / protein-containing complex binding / cell surface / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å | |||||||||
![]() | Zhao Y / Li Y | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Dopamine reuptake and inhibitory mechanisms in human dopamine transporter 著者: Zhao Y / Li Y | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | |||
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ヘッダ (付随情報) | ![]() | |||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8y2fMC ![]() 38850 ![]() 38851 ![]() 38852 ![]() 38854 ![]() 8y2cC ![]() 8y2dC ![]() 8y2eC ![]() 8y2gC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : human dopamine transporter in complex with GBR12909
全体 | 名称: human dopamine transporter in complex with GBR12909 |
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要素 |
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-超分子 #1: human dopamine transporter in complex with GBR12909
超分子 | 名称: human dopamine transporter in complex with GBR12909 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Sodium-dependent dopamine transporter
分子 | 名称: Sodium-dependent dopamine transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 61.590508 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: KIDFLLSVIG FAVDLANVWR FPYLCYKNGG GAFLVPYLLF MVIAGMPLFY MELALGQFNR EGAAGVWKIC PILKGVGFTV ILISLYVGF FYNVIIAWAL HYLFSSFTTE LPWIHCNNSW NSPNCSDAHP GDSSGDSSGL NDTFGTTPAA EYFERGVLHL H QSHGIDDL ...文字列: KIDFLLSVIG FAVDLANVWR FPYLCYKNGG GAFLVPYLLF MVIAGMPLFY MELALGQFNR EGAAGVWKIC PILKGVGFTV ILISLYVGF FYNVIIAWAL HYLFSSFTTE LPWIHCNNSW NSPNCSDAHP GDSSGDSSGL NDTFGTTPAA EYFERGVLHL H QSHGIDDL GPPRWQLTAC LVLVIVLLYF SLWKGVKTSG KVVWITATMP YVVLTALLLR GVTLPGAIDG IRAYLSVDFY RL CEASVWI DAATQVCFSL GVGFGVLIAF SSYNKFTNNC YRDAIVTTSI NSLTSFSSGF VVFSFLGYMA QKHSVPIGDV AKD GPGLIF IIYPEAIATL PLSSAWAVVF FIMLLTLGID SAMGGMESVI TGLIDEFQLL HRHRELFTLF IVLATFLLSL FCVT NGGIY VFTLLDHFAA GTSILFGVLI EAIGVAWFYG VGQFSDDIQQ MTGQRPSLYW RLCWKLVSPC FLLFVVVVSI VTFRP PHYG AYIFPDWANA LGWVIATSSM AMVPIYAAYK FCSLPGSFRE KLAYAIAPEK DRELVDRGEV RQFTLRHWLK V UniProtKB: Sodium-dependent dopamine transporter |
-分子 #2: 1-[2-[bis(4-fluorophenyl)methoxy]ethyl]-4-(3-phenylpropyl)piperazine
分子 | 名称: 1-[2-[bis(4-fluorophenyl)methoxy]ethyl]-4-(3-phenylpropyl)piperazine タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: A1D5S |
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分子量 | 理論値: 450.563 Da |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 182906 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |