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- EMDB-3885: YaxAB pore complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3885
タイトルYaxAB pore complex
マップデータ
試料
  • 複合体: YaxAB complex (10x YaxA + 10x YaxB)
    • タンパク質・ペプチド: YaxA
    • タンパク質・ペプチド: YaxB
キーワードPore-forming toxin / Pathogens / Two-component toxin / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性: / membrane => GO:0016020 / membrane / Uncharacterized protein / Membrane protein / Alpha-xenorhabdolysin family binary toxin subunit B
機能・相同性情報
生物種Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.1 Å
データ登録者Braeuning B / Bertosin E / Dietz H / Groll M
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structure and mechanism of the two-component α-helical pore-forming toxin YaxAB.
著者: Bastian Bräuning / Eva Bertosin / Florian Praetorius / Christian Ihling / Alexandra Schatt / Agnes Adler / Klaus Richter / Andrea Sinz / Hendrik Dietz / Michael Groll /
要旨: Pore-forming toxins (PFT) are virulence factors that transform from soluble to membrane-bound states. The Yersinia YaxAB system represents a family of binary α-PFTs with orthologues in human, ...Pore-forming toxins (PFT) are virulence factors that transform from soluble to membrane-bound states. The Yersinia YaxAB system represents a family of binary α-PFTs with orthologues in human, insect, and plant pathogens, with unknown structures. YaxAB was shown to be cytotoxic and likely involved in pathogenesis, though the molecular basis for its two-component lytic mechanism remains elusive. Here, we present crystal structures of YaxA and YaxB, together with a cryo-electron microscopy map of the YaxAB complex. Our structures reveal a pore predominantly composed of decamers of YaxA-YaxB heterodimers. Both subunits bear membrane-active moieties, but only YaxA is capable of binding to membranes by itself. YaxB can subsequently be recruited to membrane-associated YaxA and induced to present its lytic transmembrane helices. Pore formation can progress by further oligomerization of YaxA-YaxB dimers. Our results allow for a comparison between pore assemblies belonging to the wider ClyA-like family of α-PFTs, highlighting diverse pore architectures.
履歴
登録2017年9月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年10月4日-
マップ公開2018年5月16日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6el1
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3885.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3885.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 400 pix.
= 442.4 Å		1.11 Å/pix.
x 400 pix.
= 442.4 Å		1.11 Å/pix.
x 400 pix.
= 442.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.106 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.045 / ムービー #1: 0.045
最小 - 最大-0.02732106 - 0.14460759
平均 (標準偏差)0.00082460826 (±0.0069432124)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 442.39996 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1061.1061.106
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z442.400442.400442.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0270.1450.001

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_3885_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_3885_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : YaxAB complex (10x YaxA + 10x YaxB)

全体名称: YaxAB complex (10x YaxA + 10x YaxB)
要素
  • 複合体: YaxAB complex (10x YaxA + 10x YaxB)
    • タンパク質・ペプチド: YaxA
    • タンパク質・ペプチド: YaxB

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超分子 #1: YaxAB complex (10x YaxA + 10x YaxB)

超分子名称: YaxAB complex (10x YaxA + 10x YaxB) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Purified with Cymal-6 detergent and reconstituted in amphipol prior to Cryo-EM.
由来(天然)生物種: Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
分子量理論値: 850 KDa

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分子 #1: YaxA

分子名称: YaxA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
分子量理論値: 45.877156 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: TQTQLAIDNV LASAESTIQL NELPKVVLDF ITGEQTSVAR SGGIFTKEDL INLKLYVRKG LSLPTRQDEV EAYLGYKKID VAGLEPKDI KLLFDEIHNH ALNWNDVEQA VLQQSLDLDI AAKNIISTGN EIINLINQMP ITLRVKTLLG DITDKQLENI T YESADHEV ...文字列:
TQTQLAIDNV LASAESTIQL NELPKVVLDF ITGEQTSVAR SGGIFTKEDL INLKLYVRKG LSLPTRQDEV EAYLGYKKID VAGLEPKDI KLLFDEIHNH ALNWNDVEQA VLQQSLDLDI AAKNIISTGN EIINLINQMP ITLRVKTLLG DITDKQLENI T YESADHEV ASALKDILDD MKGDINRHQT TTENVRKKVS DYRITLTGGE LSSGDKVNGL EPQVKTKYDL MEKSNMRKSI KE LDEKIKE KRQRIEQLKK DYDKFVGLSF TGAIGGIIAM AITGGIFGAK AENARKEKNA LISEVAELES KVSSQRALQT ALE ALSLSF SDIGIRMVDA ESALNHLDFM WLSVLNQITE SQIQFAMINN ALRLTSFVNK FQQVITPWQS VGDSARQLVD IFDE AIKEY KKVYG

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #2: YaxB

分子名称: YaxB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
分子量理論値: 39.248836 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GAEISTFPHS GLSYPDINFK IFSQGVKNIS HLAQFKTTGV EVLQEKALRV SLYSQRLDVI VRESLSSLQV KLENTLALTY FTTLEEIDE ALISQDIDEE SKSEMRKERI NIIKNLSNDI TQLKQLFIEK TELLDKSSSD LHNVVIIEGT DKVLQAEQLR Q KQLTEDIA ...文字列:
GAEISTFPHS GLSYPDINFK IFSQGVKNIS HLAQFKTTGV EVLQEKALRV SLYSQRLDVI VRESLSSLQV KLENTLALTY FTTLEEIDE ALISQDIDEE SKSEMRKERI NIIKNLSNDI TQLKQLFIEK TELLDKSSSD LHNVVIIEGT DKVLQAEQLR Q KQLTEDIA TKELERKEIE KKRDKIIEAL DVIREHNLVD AFKDLIPTGE NLSELDLAKP EIELLKQSLE ITKKLLGQFS EG LKYIDLT DARKKLDNQI DTASTRLTEL NRQLEQSEKL IAGVNAVIKI DQEKSAVVVE AEKLSRAWHI FIHEITALQG TSL NEVELS KPLIKQQIYL ESLIKQLI

UniProtKB: Alpha-xenorhabdolysin family binary toxin subunit B

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPESHEPES
100.0 mMNaClsodium chloride
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.004 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 20 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3 mM F-FOS Choline 8 just before vitrification blot for 3 to 4 s blot distance -2 to -1 mm.
詳細Sample exchanged to amphibole A8-35 and run in final round of gel filtration (buffer: 20 mM HEPES pH 7.0, 100 mM NaCl) prior to Cryo-EM.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 178000
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: negative-stain reconstruction of the same sample
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C10 (10回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 25000
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 7 / 平均メンバー数/クラス: 16000 / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6ek7


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-6el1:
YaxAB pore complex

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

6ek8


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-6el1:
YaxAB pore complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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