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- EMDB-38790: BA.2.86 Spike in complex with bovine ACE2 (bound 2 ACE2) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38790
タイトルBA.2.86 Spike in complex with bovine ACE2 (bound 2 ACE2)
マップデータ
試料
  • 複合体: BA.2.86 Spike in complex with 2 bovine ACE2
    • タンパク質・ペプチド: Processed angiotensin-converting enzyme 2
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
キーワードSARS-CoV-2 / complex / Spike / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


angiotensin-converting enzyme 2 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / virus receptor activity / symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release ...angiotensin-converting enzyme 2 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / virus receptor activity / symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / viral translation / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / cilium / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / apical plasma membrane / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / proteolysis / extracellular space / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal ...Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Angiotensin-converting enzyme 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Yue C / Liu P
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: BA.2.86 Spike in complex with bovine ACE2
著者: Yue C / Liu P
履歴
登録2024年1月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月13日-
マップ公開2024年11月13日-
更新2024年11月27日-
現状2024年11月27日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38790.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.0981346 - 2.3978226
平均 (標準偏差)-0.0012722054 (±0.0662651)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 360.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : BA.2.86 Spike in complex with 2 bovine ACE2

全体名称: BA.2.86 Spike in complex with 2 bovine ACE2
要素
  • 複合体: BA.2.86 Spike in complex with 2 bovine ACE2
    • タンパク質・ペプチド: Processed angiotensin-converting enzyme 2
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein

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超分子 #1: BA.2.86 Spike in complex with 2 bovine ACE2

超分子名称: BA.2.86 Spike in complex with 2 bovine ACE2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

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分子 #1: Processed angiotensin-converting enzyme 2

分子名称: Processed angiotensin-converting enzyme 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 69.701477 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: STTEEQAKTF LEKFNHEAED LSYQSSLASW NYNTNITDEN VQKMNEARAK WSAFYEEQSR MAKTYSLEEI QNLTLKRQLK ALQHSGTSA LSAEKSKRLN TILNKMSTIY STGKVLDPNT QECLALEPGL DDIMENSRDY NRRLWAWEGW RAEVGKQLRP L YEEYVVLE ...文字列:
STTEEQAKTF LEKFNHEAED LSYQSSLASW NYNTNITDEN VQKMNEARAK WSAFYEEQSR MAKTYSLEEI QNLTLKRQLK ALQHSGTSA LSAEKSKRLN TILNKMSTIY STGKVLDPNT QECLALEPGL DDIMENSRDY NRRLWAWEGW RAEVGKQLRP L YEEYVVLE NEMARANNYE DYGDYWRGDY EVTGAGDYDY SRDQLMKDVE RTFAEIKPLY EQLHAYVRAK LMHTYPSYIS PT GCLPAHL LGDMWGRFWT NLYSLTVPFE HKPSIDVTEK MENQSWDAER IFKEAEKFFV SISLPYMTQG FWDNSMLTEP GDG RKVVCH PTAWDLGKGD FRIKMCTKVT MDDFLTAHHE MGHIQYDMAY AAQPYLLRNG ANEGFHEAVG EIMSLSAATP HYLK ALGLL APDFHEDNET EINFLLKQAL TIVGTLPFTY MLEKWRWMVF KGEIPKQQWM EKWWEMKREI VGVVEPLPHD ETYCD PACL FHVAEDYSFI RYYTRTIYQF QFHEALCKTA KHEGALFKCD ISNSTEAGQR LLQMLRLGKS EPWTLALENI VGIKTM DVK PLLNYFEPLF TWLKEQNRNS FVGWSTEWTP YSD

UniProtKB: Angiotensin-converting enzyme 2

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分子 #2: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
株: Omicron/BA.2.86
分子量理論値: 124.478305 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TTTQSYTNSF TRGVYYPDKV FRSSVLHLTQ DLFLPFFSNV TWFHAIHVSG TNGTKRFDNP VLPFNDGVYF ASTEKSNIIR GWIFGTTLD SKTQSLLIVN NATNVFIKVC EFQFCNDPFL GVYYHKNNKS WMESEFGVYS SANNCTFEYV SQPFLMDLEG K QGNFKNLR ...文字列:
TTTQSYTNSF TRGVYYPDKV FRSSVLHLTQ DLFLPFFSNV TWFHAIHVSG TNGTKRFDNP VLPFNDGVYF ASTEKSNIIR GWIFGTTLD SKTQSLLIVN NATNVFIKVC EFQFCNDPFL GVYYHKNNKS WMESEFGVYS SANNCTFEYV SQPFLMDLEG K QGNFKNLR EFVFKNIDGY FKIYSKHTPI IGRDFPQGFS ALEPLVDLPI GINITRFQTL LALNRSYLTP GDSSSGWTAG AA DYYVGYL QPRTFLLKYN ENGTITDAVD CALDPLSETK CTLKSFTVEK GIYQTSNFRV QPTESIVRFP NVTNLCPFHE VFN ATRFAS VYAWNRTRIS NCVADYSVLY NFAPFFAFKC YGVSPTKLND LCFTNVYADS FVIKGNEVSQ IAPGQTGNIA DYNY KLPDD FTGCVIAWNS NKLDSKHSGN YDYWYRLFRK SKLKPFERDI STEIYQAGNK PCKGKGPNCY FPLQSYGFRP TYGVG HQPY RVVVLSFELL HAPATVCGPK KSTNLVKNKC VNFNFNGLTG TGVLTKSNKK FLPFQQFGRD IVDTTDAVRD PQTLEI LDI TPCSFGGVSV ITPGTNTSNQ VAVLYQGVNC TEVSVAIHAD QLTPTWRVYS TGSNVFQTRA GCLIGAEYVN NSYECDI PI GAGICASYQT QTNSPRRARS VASQSIIAYT MSLGAENSVA YSNNSIAIPT NFTISVTTEI LPVSMTKTSV DCTMYICG D STECSNLLLQ YGSFCTQLKR ALTGIAVEQD KNTQEVFAQV KQIYKTPPIK YFGGFNFSQI LPDPSKPSKR SPIEDLLFN KVTLADAGFI KQYGDCLGDI AARDLICAQK FNGLTVLPPL LTDEMIAQYT SALLAGTITS GWTFGAGPAL QIPFPMQMAY RFNGIGVTQ NVLYENQKLI ANQFNSAIGK IQDSLFSTPS ALGKLQDVVN HNAQALNTLV KQLSSKFGAI SSVLNDILSR L DPPEAEVQ IDRLITGRLQ SLQTYVTQQL IRAAEIRASA NLAATKMSEC VLGQSKRVDF CGKGYHLMSF PQSAPHGVVF LH VTYVPAQ EKNFTTAPAI CHDGKAHFPR EGVFVSNGTH WFVTQRNFYE PQIITTDNTF VSGNCDVVIG IVNNTVYDPL QLE

UniProtKB: Spike glycoprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 5828
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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