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万見
- EMDB-38652: structure of a protein -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38652
タイトルstructure of a protein
マップデータ
試料
  • 複合体: transporter
    • タンパク質・ペプチド: Green fluorescent protein,Vesicular acetylcholine transporter,antibody
キーワードTransporter / Membrane protein / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine:proton antiporter activity / acetylcholine uptake / clathrin-sculpted acetylcholine transport vesicle membrane / acetylcholine transmembrane transporter activity / positive regulation of neuromuscular junction development / AP-1 adaptor complex / monoamine:proton antiporter activity / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / AP-2 adaptor complex / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission ...acetylcholine:proton antiporter activity / acetylcholine uptake / clathrin-sculpted acetylcholine transport vesicle membrane / acetylcholine transmembrane transporter activity / positive regulation of neuromuscular junction development / AP-1 adaptor complex / monoamine:proton antiporter activity / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / AP-2 adaptor complex / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / serotonin uptake / neurotransmitter transport / bioluminescence / positive regulation of long-term synaptic potentiation / generation of precursor metabolites and energy / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / terminal bouton / synaptic vesicle membrane / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / chemical synaptic transmission / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein / Vesicular acetylcholine transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Zhao Y / Ma Q / Dong Y / Meng Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Binding mechanism and antagonism of the vesicular acetylcholine transporter VAChT.
著者: Qiao Ma / Kunpeng Ma / Yanli Dong / Yufei Meng / Jun Zhao / Renjie Li / Qinru Bai / Di Wu / Daohua Jiang / Jianyuan Sun / Yan Zhao /
要旨: The vesicular acetylcholine transporter (VAChT) has a pivotal role in packaging and transporting acetylcholine for exocytotic release, serving as a vital component of cholinergic neurotransmission. ...The vesicular acetylcholine transporter (VAChT) has a pivotal role in packaging and transporting acetylcholine for exocytotic release, serving as a vital component of cholinergic neurotransmission. Dysregulation of its function can result in neurological disorders. It also serves as a target for developing radiotracers to quantify cholinergic neuron deficits in neurodegenerative conditions. Here we unveil the cryo-electron microscopy structures of human VAChT in its apo state, the substrate acetylcholine-bound state and the inhibitor vesamicol-bound state. These structures assume a lumen-facing conformation, offering a clear depiction of architecture of VAChT. The acetylcholine-bound structure provides a detailed understanding of how VAChT recognizes its substrate, shedding light on the coupling mechanism of protonation and substrate binding. Meanwhile, the vesamicol-bound structure reveals the binding mode of vesamicol to VAChT, laying the structural foundation for the design of the next generation of radioligands targeting VAChT.
履歴
登録2024年1月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月25日-
マップ公開2024年12月25日-
更新2025年6月11日-
現状2025年6月11日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38652.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38652.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.59
最小 - 最大-6.11814 - 6.5477524
平均 (標準偏差)0.0022807147 (±0.16078193)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 217.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38652_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38652_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : transporter

全体名称: transporter
要素
  • 複合体: transporter
    • タンパク質・ペプチド: Green fluorescent protein,Vesicular acetylcholine transporter,antibody

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超分子 #1: transporter

超分子名称: transporter / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Green fluorescent protein,Vesicular acetylcholine transporter,antibody

分子名称: Green fluorescent protein,Vesicular acetylcholine transporter,antibody
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 89.562812 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSKGEELFTG VVPILVELDG DVNGHKFSVR GEGEGDATNG KLTLKFICTT GKLPVPWPTL VTTLTYGVQC FSRYPDHMKR HDFFKSAMP EGYVQERTIS FKDDGTYKTR AEVKFEGDTL VNRIELKGID FKEDGNILGH KLEYNFNSHN VYITADKQKN G IKANFKIR ...文字列:
MSKGEELFTG VVPILVELDG DVNGHKFSVR GEGEGDATNG KLTLKFICTT GKLPVPWPTL VTTLTYGVQC FSRYPDHMKR HDFFKSAMP EGYVQERTIS FKDDGTYKTR AEVKFEGDTL VNRIELKGID FKEDGNILGH KLEYNFNSHN VYITADKQKN G IKANFKIR HNVEDGSVQL ADHYQQNTPI GDGPVLLPDN HYLSTQSVLS KDPNEKRDHM VLLEFVTAAG IEPRRQRRLV LV IVCVALL LDNMLYMVIV PIVPDYIAHM RGGGEGPTRT PEVWEPTLPL PTPANASAYT ANTSASPTAA WPAGSALRPR YPT ESEDVK IGVLFASKAI LQLLVNPLSG PFIDRMSYDV PLLIGLGVMF ASTVLFAFAE DYATLFAARS LQGLGSAFAD TSGI AMIAD KYPEEPERSR ALGVALAFIS FGSLVAPPFG GILYEFAGKR VPFLVLAAVS LFDALLLLAV AKPFSAAARA RANLP VGTP IHRLMLDPYI AVVAGALTTC NIPLAFLEPT IATWMKHTMA ASEWEMGMAW LPAFVPHVLG VYLTVRLAAR YPHLQW LYG ALGLAVIGAS SCIVPACRSF APLVVSLCGL CFGIALVDTA LLPTLAFLVD VRHVSVYGSV YAIADISYSV AYALGPI VA GHIVHSLGFE QLSLGMGLAN LLYAPVLLLL RNVGLLTGSG QVQLVESGGA LVQPGGSLRL SCAASGFPVN RYSMRWYR Q APGKEREWVA GMSSAGDRSS YEDSVKGRFT ISRDDARNTV YLQMNSLKPE DTAVYYCNVN VGFEYWGQGT QVTVSMGWS HPQFEKGGGS GGGSGGSAWS HPQFEK

UniProtKB: Green fluorescent protein, Vesicular acetylcholine transporter

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 115468
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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