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- EMDB-38648: Comamonas testosteroni KF-1 circularly permuted group II intron 2... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38648
タイトルComamonas testosteroni KF-1 circularly permuted group II intron 2S state
マップデータ
試料
  • 複合体: Comamonas testosteroni KF-1 circularly permuted group II intron 2S state
    • RNA: RNA (219-MER)
    • RNA: RNA (595-MER)
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードCryoEM / Ribozyme / RNA
生物種Comamonas testosteroni KF-1 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Wang L / Xie JH / Zhang C / Zou J / Huang Z / Shang S / Chen X / Yang Y / Liu J / Dong H ...Wang L / Xie JH / Zhang C / Zou J / Huang Z / Shang S / Chen X / Yang Y / Liu J / Dong H / Huang D / Su Z
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC2303700 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Structural basis of circularly permuted group II intron self-splicing.
著者: Liu Wang / Jiahao Xie / Chong Zhang / Jian Zou / Zirui Huang / Sitong Shang / Xingyu Chen / Yang Yang / Jianquan Liu / Haohao Dong / Dingming Huang / Zhaoming Su /
要旨: Circularly permuted group II introns (CP introns) consist of rearranged structural domains separated by two tethered exons, generating branched introns and circular exons via back-splicing. ...Circularly permuted group II introns (CP introns) consist of rearranged structural domains separated by two tethered exons, generating branched introns and circular exons via back-splicing. Structural and mechanistic understanding of circular RNA (circRNA) generation by CP introns remains elusive. We resolve cryo-electron microscopy structures of a natural CP intron in different states during back-splicing at a resolution of 2.5-2.9 Å. Domain 6 (D6) undergoes a conformational change of 65° after branching, to facilitate 3'-exon recognition and circularization. Previously unseen tertiary interactions compact the catalytic triad and D6 for splicing without protein, whereas a metal ion, M, is observed to stabilize the 5'-exon during splicing. While these unique features were not observed in canonical group II introns and spliceosomes, they are common in CP introns, as demonstrated by the cryo-EM structure of another CP intron discovered by comparative genomics analysis. Our results elucidate the mechanism of CP intron back-splicing dynamics, with potential applications in circRNA research and therapeutics.
履歴
登録2024年1月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月12日-
マップ公開2025年2月12日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38648.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38648.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0268
最小 - 最大-0.7807648 - 1.1609511
平均 (標準偏差)0.0007558417 (±0.01901131)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 272.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38648_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38648_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Comamonas testosteroni KF-1 circularly permuted group II intron 2...

全体名称: Comamonas testosteroni KF-1 circularly permuted group II intron 2S state
要素
  • 複合体: Comamonas testosteroni KF-1 circularly permuted group II intron 2S state
    • RNA: RNA (219-MER)
    • RNA: RNA (595-MER)
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Comamonas testosteroni KF-1 circularly permuted group II intron 2...

超分子名称: Comamonas testosteroni KF-1 circularly permuted group II intron 2S state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Comamonas testosteroni KF-1 (バクテリア)
分子量理論値: 251 KDa

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分子 #1: RNA (219-MER)

分子名称: RNA (219-MER) / タイプ: rna / ID: 1
詳細: In chain A, resid 140 - resid 210 is missed in our model.
コピー数: 1
由来(天然)生物種: Comamonas testosteroni KF-1 (バクテリア)
分子量理論値: 70.555961 KDa
配列文字列: CCGGGGCGCC ACCCCGGAAG UGAUGCGAGU CGCCAACUCG CAUCACAAGC AAACGCUGUA GCCGCGUGCC UCUAAUAGGG CUGGCGCGG UUGCGAAGGG CGCUGGUGAG UGCAACUCUC ACCUUCGACC CAAUCCAUCU UGCGGCUCAA CCCCGCAAGA U CAUCGCCA ...文字列:
CCGGGGCGCC ACCCCGGAAG UGAUGCGAGU CGCCAACUCG CAUCACAAGC AAACGCUGUA GCCGCGUGCC UCUAAUAGGG CUGGCGCGG UUGCGAAGGG CGCUGGUGAG UGCAACUCUC ACCUUCGACC CAAUCCAUCU UGCGGCUCAA CCCCGCAAGA U CAUCGCCA GACCGCUGGC GGCGUACUGA GUGACAAACG AGGCAAAACC AAAUUGAAGU U

GENBANK: GENBANK: CP140157.1

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分子 #2: RNA (595-MER)

分子名称: RNA (595-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Comamonas testosteroni KF-1 (バクテリア)
分子量理論値: 193.64025 KDa
配列文字列: GGGCGACCGU GAAACGGCGC UGGGCAGGAA AUGGCCCAGU GACCUGGUCA AUGGUGAAAG UCGGUGAAAG ACCGACCGGU GGGGCGUAU CGAAAGAGCG CAACACCUGC CGCACAGGAU GGCUUCUGAG GUACCGGUGA CGGUACAGAA CGCGGAGGGG A AACCUGGA ...文字列:
GGGCGACCGU GAAACGGCGC UGGGCAGGAA AUGGCCCAGU GACCUGGUCA AUGGUGAAAG UCGGUGAAAG ACCGACCGGU GGGGCGUAU CGAAAGAGCG CAACACCUGC CGCACAGGAU GGCUUCUGAG GUACCGGUGA CGGUACAGAA CGCGGAGGGG A AACCUGGA AGCGAGGGCA CCUCGGGAAA CCGGGGGUCG AUGCAUAGCU CAAACCUGUA ACGGCACCAG UGGAGGGUGC UG UGCGGAG CAACGUGGAG CCACAGGCAU GAAGCCGUGG UUCGUAGUCG AUGAGACAAG CGGUGAGUAA GGGAAGGGCU GCG AACAUC GCCUCCCCGA AAUCCAAGGA AAGCCGAAAG GCUAGCCGCU UUGUUGAGAC AGUGGCGCCA CGUUGCGCAU UAGC CGUGA CCUAAACGGG GAACCUCUUG GCCGUACCGA CUCGGGUGGC ACCGGUCGGG CUCGAUGGCU CAAGAGGGGG AGAUG UGAU GAUUAGGGUU UGACCCGUGA UGCGAUACGA CCGAAGCAUC CGGGGAGCUG UCUGACGAAG AGUCGGCAGC AGUGGG UUU GGCGACCCGC UCCGAAAGUC GCAAGCGUUU GC

GENBANK: GENBANK: CP140157.1

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分子 #3: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 30 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 59.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 65386
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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