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万見
- EMDB-38613: Structure of MPXV B6 and D68 fab complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38613
タイトルStructure of MPXV B6 and D68 fab complex
マップデータ
試料
  • 複合体: structure of MPXV B6 complexed with D68 Fab
    • タンパク質・ペプチド: D68_heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: D68_light chain
    • タンパク質・ペプチド: Protein OPG190
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードmpxv antibody / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of complement activation / complement binding / host cell Golgi apparatus / virion membrane / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Complement control protein C3/B5 / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト) / Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者wu LL / Sun JQ
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82225021 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Two noncompeting human neutralizing antibodies targeting MPXV B6 show potent efficacies against orthopoxvirus infections
著者: wu LL / Sun JQ
履歴
登録2024年1月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月12日-
マップ公開2024年6月12日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38613.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38613.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.69 Å/pix.
x 360 pix.
= 248.4 Å		0.69 Å/pix.
x 360 pix.
= 248.4 Å		0.69 Å/pix.
x 360 pix.
= 248.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.69 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.168
最小 - 最大-0.30916226 - 0.57097924
平均 (標準偏差)-0.0013717071 (±0.016090976)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 248.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38613_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38613_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : structure of MPXV B6 complexed with D68 Fab

全体名称: structure of MPXV B6 complexed with D68 Fab
要素
  • 複合体: structure of MPXV B6 complexed with D68 Fab
    • タンパク質・ペプチド: D68_heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: D68_light chain
    • タンパク質・ペプチド: Protein OPG190
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: structure of MPXV B6 complexed with D68 Fab

超分子名称: structure of MPXV B6 complexed with D68 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: D68_heavy chain

分子名称: D68_heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.892848 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKSSGGTFS DYAINWVRQA PGQGLEWMGR ILPIVGVPNY AQKFQGRVTI TADKSSSTAY KEVSGLRSE DTAVYYCARR SGINGHGLDV WGQGTTVIVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKSSGGTFS DYAINWVRQA PGQGLEWMGR ILPIVGVPNY AQKFQGRVTI TADKSSSTAY KEVSGLRSE DTAVYYCARR SGINGHGLDV WGQGTTVIVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKRV EPKSCDKTH

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分子 #2: D68_light chain

分子名称: D68_light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.221926 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMTQSPLS LPVTPGEPAS ISCRSSQSLL NTNGYNYLEW YLHKPGQSPQ LLIYLGSHRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRAEPEDVG VYYCMQTLQT QGYTFGQGTK LEIKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE AKVQWKVDNA L QSGNSQES ...文字列:
DIVMTQSPLS LPVTPGEPAS ISCRSSQSLL NTNGYNYLEW YLHKPGQSPQ LLIYLGSHRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRAEPEDVG VYYCMQTLQT QGYTFGQGTK LEIKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE AKVQWKVDNA L QSGNSQES VTEQDSKDST YSLSSTLTLS KADYEKHKVY ACEVTHQGLS SPVTKSFNRG ECS

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分子 #3: Protein OPG190

分子名称: Protein OPG190 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
分子量理論値: 28.795867 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: STCTVPTMNN AKLTSTETSF NDKQKVTFTC DSGYHSLDPN AVCETDKWKY ENPCKKMCTV SDYVSELYDK PLYEVNSTMT LSCNGETKY FRCEEKNGNT SWNDTVTCPN AECQPLQLEH GSCQPVKEKY SFGEYMTINC DVGYEVIGVS YISCTANSWN V IPSCQQKC ...文字列:
STCTVPTMNN AKLTSTETSF NDKQKVTFTC DSGYHSLDPN AVCETDKWKY ENPCKKMCTV SDYVSELYDK PLYEVNSTMT LSCNGETKY FRCEEKNGNT SWNDTVTCPN AECQPLQLEH GSCQPVKEKY SFGEYMTINC DVGYEVIGVS YISCTANSWN V IPSCQQKC DIPSLSNGLI SGSTFSIGGV IHLSCKSGFT LTGSPSSTCI DGKWNPILPT CVRSNEEFDP VDDGPDDETD LS KLSKDVV QYEQEIESLE ATY

UniProtKB: Protein OPG190

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 208637
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る