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- EMDB-38571: Structure of the sea urchin spSLC9C1 in state-3 w/ cAMP dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38571
タイトルStructure of the sea urchin spSLC9C1 in state-3 w/ cAMP dimer
マップデータ
試料
  • 複合体: solute carrier 9C1 homodimer
    • タンパク質・ペプチド: Sperm-specific sodium proton exchanger
キーワードSodium-hydrogen exchanger / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm head / potassium:proton antiporter activity / sodium:proton antiporter activity / sodium ion import across plasma membrane / cGMP binding / single fertilization / sperm flagellum / cAMP binding / potassium ion transmembrane transport / cAMP-mediated signaling ...sperm head / potassium:proton antiporter activity / sodium:proton antiporter activity / sodium ion import across plasma membrane / cGMP binding / single fertilization / sperm flagellum / cAMP binding / potassium ion transmembrane transport / cAMP-mediated signaling / regulation of intracellular pH / protein homodimerization activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cation/H+ exchanger, CPA1 family / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger family / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Voltage-dependent channel domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Sperm-specific sodium:proton exchanger
類似検索 - 構成要素
生物種Strongylocentrotus purpuratus (ムラサキウニ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å
データ登録者Qu H / Zheng X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32371292 中国
引用ジャーナル: Cell Insight / 年: 2024
タイトル: Structures of a sperm-specific sodium-hydrogen exchanger.
著者: Hongyuan Qu / Yi Zhen / Mohan Xu / Yan Huang / Yashu Wang / Gaoyuan Ji / Yuyu Zhang / Haitao Li / Zigang Dong / Xiangdong Zheng /
履歴
登録2024年1月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月17日-
マップ公開2024年7月17日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38571.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38571.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.16
最小 - 最大-0.0019400108 - 2.0031862
平均 (標準偏差)0.0015830667 (±0.029054936)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 276.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38571_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38571_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : solute carrier 9C1 homodimer

全体名称: solute carrier 9C1 homodimer
要素
  • 複合体: solute carrier 9C1 homodimer
    • タンパク質・ペプチド: Sperm-specific sodium proton exchanger

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超分子 #1: solute carrier 9C1 homodimer

超分子名称: solute carrier 9C1 homodimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Strongylocentrotus purpuratus (ムラサキウニ)

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分子 #1: Sperm-specific sodium proton exchanger

分子名称: Sperm-specific sodium proton exchanger / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Strongylocentrotus purpuratus (ムラサキウニ)
分子量理論値: 144.950125 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GSSSGGSGHT PTTQATHADD HDLTTHNGTE EHDDGHDDGH DDLHAHAPKV IVFISGSCLF GAISRSLFKK LPIPYTVVLL ILGAILGVV ASNVPLVEEH TRDVAHMDPH VLLQIFLPVL IFESAFAMDV HTFMRSFSQV CILALFGLVV ASVLTAVLAM N LFNYNWNF ...文字列:
GSSSGGSGHT PTTQATHADD HDLTTHNGTE EHDDGHDDGH DDLHAHAPKV IVFISGSCLF GAISRSLFKK LPIPYTVVLL ILGAILGVV ASNVPLVEEH TRDVAHMDPH VLLQIFLPVL IFESAFAMDV HTFMRSFSQV CILALFGLVV ASVLTAVLAM N LFNYNWNF SEAMMFGAIM SATDPVAVVA LLKDLGASKQ LGTIIEGESL LNDGCAIVIF NVFMKMVFFP QLTSTVGQNV LY FLQVAVA GPLWGYAVAK VTVFFLSHIF NDALVEITIT LAATYLTYYI GDIWLEVSGV LAVVVLGLIV NAEKTSISPE VEV FLHRFW EMLAYLANTL IFMMVGVVVT QKALVAVDKM DWFYLIILYL AITIIRGMVI SLFSPILSRI GYGLTWRNAV IMTW GGLRG AVGLALALVV ENLAGNDVIG SKFLFHTAGI VVLTLVINAT TIQTLLRILG MSDISIPKRL AMAGAVRRIH EGQNR TLNM LKSDRFLADA DWDIATAACE ISDPYSALSD DENAPADELT LGERKSVCPG CKAMVPNEPS PREFADMMEE ARLRML KAE KISYWKQFEH GMLAREALRL LVQHAEVAAD EKDQFILVDD LKKSWQIKGI YPWLKRKLED LISEKKIAAI PMPKYKL GK LMYKICHHMA FEVTINIAIV LNIVPIIMEF VVQDKMASVS TMAAPGSTVS SEPSSLQKIE DALRISNYVF FVIYAIEA I VKILGLGRHY IVSHWNKFDA FILVVALVDI IIAETLLKGS ITINLSSIKV VKLFRLLRGL RMLRLTKALI PKLILVVNG KINNQLSLGY DVGKGYIIGE EEVGKIIDRM VDNKKILREL KHISETGRLQ VVKELGLLQR EHPGIAVSVK TRQAIRTILN HSRETIHEL QGAGLLDEME AHKLELTVEI KMKRLMNAPS SIPPPPPENL LKNVSWLAGD MKLIDFIKAR ASLLHFDYGE V IVREGDES DGLFLIVSGL VKLYGKSAFL DHDNPPVTAG SEENEVFEDY LTVGNVIGEM GVLTKKPRNA TVTCETTVQV YF ITAEDMN IAIDTFTLYP SLEYRLWRVV AIRIATPLIM EQMAFQGWTQ EKVKLHLERG YLVDLAESHF QFNIDATLED VIL INGTAY NAHTREEIRS PCLISRTVHK LTFQYTATEE PRLFVVRNAE YNGPILDGRL DVDSKRSLIS ITEISSNMCL KHAA ELRQK NSKVMLSRKS SGAAAKEEED CIPNTSDVEQ AAGVSPSVPT KTTPKPKSFL PSLGLSMSKE RVNGEAVEES PVKTK QGEE TPETEEGAAP RVNVASNSLE VLFQ

UniProtKB: Sperm-specific sodium:proton exchanger

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 94173
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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