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万見
- EMDB-38558: The structure determination of prokaryotic Glycerol-3-phosphate A... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38558
タイトルThe structure determination of prokaryotic Glycerol-3-phosphate Acyltransferase
マップデータ
試料
  • 複合体: PlsB, Palmitoyl CoA, 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphate
    • タンパク質・ペプチド: PlsB from Themomonas haemolytica (ThPlsB)
キーワードenzyme on the membrane / de newo synthetase of phospholipid / complex of enzyme ang ligands / LIPID TRANSPORT
生物種Thermomonas haemolytica (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Li YM / Liu ZF
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The phospholipid biosynthesis enzyme PlsB contains three distinct domains for membrane association, lysophosphatidic acid synthesis and dimerization
著者: Li YM / Liu ZF
履歴
登録2024年1月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月18日-
マップ公開2024年12月18日-
更新2024年12月18日-
現状2024年12月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38558.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38558.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 300 pix.
= 312. Å		1.04 Å/pix.
x 300 pix.
= 312. Å		1.04 Å/pix.
x 300 pix.
= 312. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0314
最小 - 最大-0.12162754 - 0.2349384
平均 (標準偏差)0.00012973692 (±0.003644256)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 312.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_38558_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38558_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38558_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PlsB, Palmitoyl CoA, 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphate

全体名称: PlsB, Palmitoyl CoA, 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphate
要素
  • 複合体: PlsB, Palmitoyl CoA, 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphate
    • タンパク質・ペプチド: PlsB from Themomonas haemolytica (ThPlsB)

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超分子 #1: PlsB, Palmitoyl CoA, 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphate

超分子名称: PlsB, Palmitoyl CoA, 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphate
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: PlsB is a crucial enzyme catalyzing the first step of phospholipid synthesis by converting glycerol-3-phosphate and fatty acyl-coenzyme A (CoA)/acyl-carrier protein (ACP) to lysophosphatidic ...詳細: PlsB is a crucial enzyme catalyzing the first step of phospholipid synthesis by converting glycerol-3-phosphate and fatty acyl-coenzyme A (CoA)/acyl-carrier protein (ACP) to lysophosphatidic acid and free CoA (CoASH)/ACP.
由来(天然)生物種: Thermomonas haemolytica (バクテリア)

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分子 #1: PlsB from Themomonas haemolytica (ThPlsB)

分子名称: PlsB from Themomonas haemolytica (ThPlsB) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: glycerol-3-phosphate 1-O-acyltransferase
由来(天然)生物種: Thermomonas haemolytica (バクテリア) / 株: Thermomonas haemolytica
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAAMPDRHSP DQPGLFDPPA AADDAATGPA GPAPLPLPGF LAADAATPPG PPSPPPAGKA RNPLWARLLG RLLAPWLRLE IEVDPAIAAD PRPICYVLED YGLSNALILQ RACREAALPP PLQPIAGDPL GRRRAYVALS RRHVNALGLL PGAEHKTHSG SLARLLQAHQ ...文字列:
MAAMPDRHSP DQPGLFDPPA AADDAATGPA GPAPLPLPGF LAADAATPPG PPSPPPAGKA RNPLWARLLG RLLAPWLRLE IEVDPAIAAD PRPICYVLED YGLSNALILQ RACREAALPP PLQPIAGDPL GRRRAYVALS RRHVNALGLL PGAEHKTHSG SLARLLQAHQ QQPELDVHLV PVSIFVGQAP KRSSGWFSVL FSENWTLVGR FRRLLAILLN GRDTLVKFAA PVPVREIVAE GLEPERTVRK LSRILRTHFR RVREVVIGPD LSTRRMLADQ VLSSPLVKEA IADQARRDGS KPEAAWEKAN AYFWEIAADY SNTVVRSASF ALTFVWNRIY RGVLVHHLDQ FKQEAPGHEV VYVPSHRSHM DYLLVSYLLY THGVVPPHIF AGINLNLPVV GTLLRKGGAF FARRSFKGNA LYSAVFREYM AQLVAGGYSI EYFIEGGRSR TGRLLQPKGG SLAMTVRAYL RQPTRPVLFQ PVYIGYEKLM EGRSYLDELS GKPKEKESIW QLLAGIPKVL RSNYGQVVVN FGERIQLSQV LAELAPEWDG QPIGDDEKPA WFARTVDALA QRIQTNVNRA ADVNPINLLA LALLSTPKHA MGEADLRAQI ALSKTLLAEV PYSDWVTVTP HTPEQIIAHG EEIGLITRTA HPLGDVLGVE GDNAVLLSYF RNNVLHLFTA SSWIAVCFQN NRRMGRRQLQ QIGRTLYPFL QAELFLPWDE ETFAARIDRT IEVFVREGLL EQVSDEDGGI LQRNAGQSDE VFRLRALGHT LQQAFERYYI AIAILVKNGS GTLQAGELES LCQLTAQRLS LLYAPAAPEF FDKTLFRGFI QKLRELKLVW PDDTGRLAFD ERLKAWAKDA RVVLGRELRH TIEKISPAGS GRSSGEQPAL PPDPAATNGA S

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
500.0 mMNaClsodium chloride
2.0 mMDTTDithiothreitol
5.0 mMEDTAEthylenediaminetetraacetic acid
0.1 %GDNGlyco-diosgenin

詳細: 500 mM KCl, 2 mM DTT, 5 mM EDTA and 0.1% GDN
糖包埋材質: GDN
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細The specimen was purified through Ni-TNA, and incubated overnight with the substrate. The secondary purification was performed by size-exclusion chromatography.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 91865
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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