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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | VMAT2 complex with noradrenaline in cytosol-facing state | |||||||||
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![]() | transporterA / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() serotonin secretion by mast cell / somato-dendritic dopamine secretion / histamine uptake / aminergic neurotransmitter loading into synaptic vesicle / neurotransmitter loading into synaptic vesicle / monoamine:proton antiporter activity / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / serotonin:sodium:chloride symporter activity / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle ...serotonin secretion by mast cell / somato-dendritic dopamine secretion / histamine uptake / aminergic neurotransmitter loading into synaptic vesicle / neurotransmitter loading into synaptic vesicle / monoamine:proton antiporter activity / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / serotonin:sodium:chloride symporter activity / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / serotonin uptake / dopamine transport / monoamine transmembrane transporter activity / histamine secretion by mast cell / dopaminergic synapse / monoamine transport / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / neurotransmitter transport / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / secretory granule membrane / response to amphetamine / post-embryonic development / locomotory behavior / response to toxic substance / terminal bouton / synaptic vesicle / synaptic vesicle membrane / chemical synaptic transmission / axon / intracellular membrane-bounded organelle / dendrite / centrosome / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
![]() | Jiang DH / Wu D | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural snapshots of human VMAT2 reveal insights into substrate recognition and proton coupling mechanism. 著者: Di Wu / Zhuoya Yu / Qihao Chen / Jun Zhao / Bo Huang / Yuhang Wang / Jiawei Su / Na Li / Daohua Jiang / Yan Zhao / ![]() | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 117.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19 KB 19 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 31.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 116.1 MB 116.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 851 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 850.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38523_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38523_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : complex with NE
全体 | 名称: complex with NE |
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要素 |
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-超分子 #1: complex with NE
超分子 | 名称: complex with NE / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Synaptic vesicular amine transporter,Synaptic vesicular amine tra...
分子 | 名称: Synaptic vesicular amine transporter,Synaptic vesicular amine transporter,transporter A タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 61.953148 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: RSRKLILFIV FLALLLDNML LTVVVPIIPS YLYSIKHEKN ATEIQTARPV HTASISDSFQ SIFSYYDNST MVTGNATRDL TLHQTATQH MVTNASAVPS DCPSEDKDLL NENVQVGLLF ASKATVQLIT NPFIGLLTNR IGYPIPIFAG FCIMFVSTIM F AFSSSYAF ...文字列: RSRKLILFIV FLALLLDNML LTVVVPIIPS YLYSIKHEKN ATEIQTARPV HTASISDSFQ SIFSYYDNST MVTGNATRDL TLHQTATQH MVTNASAVPS DCPSEDKDLL NENVQVGLLF ASKATVQLIT NPFIGLLTNR IGYPIPIFAG FCIMFVSTIM F AFSSSYAF LLIARSLQGI GSSCSSVAGM GMLASVYTDA EEAGNVMGIA LGGLAMGVLV GPPFGSVLYE FVGKTAPFLV LA ALVLLDG AIQLFVLQPS RVQPESQKGT PLTTLLKDPY ILIAAGSICF ANMGIAMLEP ALPIWMMETM CSRKWQLGVA FLP ASISYL IGTNIFGILA HKMGRWLCAL LGMIIVGVSI LCIPFAKNIY GLIAPNFGVG FAIGMVDSSM MPIMGYLVDL RHVS VYGSV YAIADVAFCM GYAIGPSAGG AIAKAIGFPW LMTIIGIIDI LFAPLCFFLR SPPQVQLVES GGALVQPGGS LRLSC AASG FPVNRYSMRW YRQAPGKERE WVAGMSSAGD RSSYEDSVKG RFTISRDDAR NTVYLQMNSL KPEDTAVYYC NVNVGF EYW GQGTQVTVSS K UniProtKB: Synaptic vesicular amine transporter |
-分子 #2: Noradrenaline
分子 | 名称: Noradrenaline / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: E5E |
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分子量 | 理論値: 170.186 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-E5E: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 6.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |