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- EMDB-38523: VMAT2 complex with noradrenaline in cytosol-facing state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38523
タイトルVMAT2 complex with noradrenaline in cytosol-facing state
マップデータ
試料
  • 複合体: complex with NE
    • タンパク質・ペプチド: Synaptic vesicular amine transporter,transporter A
  • リガンド: Noradrenaline
キーワードtransporterA / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


serotonin secretion by mast cell / sequestering of neurotransmitter / somato-dendritic dopamine secretion / histamine uptake / neurotransmitter loading into synaptic vesicle / monoamine:proton antiporter activity / aminergic neurotransmitter loading into synaptic vesicle / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / serotonin:sodium:chloride symporter activity ...serotonin secretion by mast cell / sequestering of neurotransmitter / somato-dendritic dopamine secretion / histamine uptake / neurotransmitter loading into synaptic vesicle / monoamine:proton antiporter activity / aminergic neurotransmitter loading into synaptic vesicle / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / serotonin:sodium:chloride symporter activity / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / serotonin uptake / dopaminergic synapse / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / monoamine transmembrane transporter activity / dopamine transport / monoamine transport / histamine secretion by mast cell / 神経伝達物質輸送体 / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / response to amphetamine / post-embryonic development / secretory granule membrane / locomotory behavior / terminal bouton / synaptic vesicle membrane / response to toxic substance / シナプス小胞 / chemical synaptic transmission / 神経繊維 / intracellular membrane-bounded organelle / 中心体 / 樹状突起 / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Synaptic vesicular amine transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Jiang DH / Wu D
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971134 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: VMAT2 complex with noradrenaline in cytosol-facing state
著者: Jiang DH / Wu D
履歴
登録2023年12月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月8日-
マップ公開2024年5月8日-
更新2024年5月8日-
現状2024年5月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38523.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38523.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.58
最小 - 最大-3.600985 - 5.273455
平均 (標準偏差)0.001390555 (±0.057099245)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 272.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38523_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_38523_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : complex with NE

全体名称: complex with NE
要素
  • 複合体: complex with NE
    • タンパク質・ペプチド: Synaptic vesicular amine transporter,transporter A
  • リガンド: Noradrenaline

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超分子 #1: complex with NE

超分子名称: complex with NE / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Synaptic vesicular amine transporter,transporter A

分子名称: Synaptic vesicular amine transporter,transporter A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 61.953148 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: RSRKLILFIV FLALLLDNML LTVVVPIIPS YLYSIKHEKN ATEIQTARPV HTASISDSFQ SIFSYYDNST MVTGNATRDL TLHQTATQH MVTNASAVPS DCPSEDKDLL NENVQVGLLF ASKATVQLIT NPFIGLLTNR IGYPIPIFAG FCIMFVSTIM F AFSSSYAF ...文字列:
RSRKLILFIV FLALLLDNML LTVVVPIIPS YLYSIKHEKN ATEIQTARPV HTASISDSFQ SIFSYYDNST MVTGNATRDL TLHQTATQH MVTNASAVPS DCPSEDKDLL NENVQVGLLF ASKATVQLIT NPFIGLLTNR IGYPIPIFAG FCIMFVSTIM F AFSSSYAF LLIARSLQGI GSSCSSVAGM GMLASVYTDA EEAGNVMGIA LGGLAMGVLV GPPFGSVLYE FVGKTAPFLV LA ALVLLDG AIQLFVLQPS RVQPESQKGT PLTTLLKDPY ILIAAGSICF ANMGIAMLEP ALPIWMMETM CSRKWQLGVA FLP ASISYL IGTNIFGILA HKMGRWLCAL LGMIIVGVSI LCIPFAKNIY GLIAPNFGVG FAIGMVDSSM MPIMGYLVDL RHVS VYGSV YAIADVAFCM GYAIGPSAGG AIAKAIGFPW LMTIIGIIDI LFAPLCFFLR SPPQVQLVES GGALVQPGGS LRLSC AASG FPVNRYSMRW YRQAPGKERE WVAGMSSAGD RSSYEDSVKG RFTISRDDAR NTVYLQMNSL KPEDTAVYYC NVNVGF EYW GQGTQVTVSS K

UniProtKB: Synaptic vesicular amine transporter

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分子 #2: Noradrenaline

分子名称: Noradrenaline / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: E5E
分子量理論値: 170.186 Da
Chemical component information

ChemComp-E5E:
Noradrenaline / (R)-2-(3,4-ジヒドロキシフェニル)-2-ヒドロキシエタンアミニウム / 神経伝達物質, ホルモン*YM / ノルアドレナリン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 176326

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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