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- EMDB-38504: Nipah virus fusion glycoprotein in complex with a broadly neutral... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38504
タイトルNipah virus fusion glycoprotein in complex with a broadly neutralizing antibody 5C8
マップデータ
試料
  • 複合体: Nipah virus fusion glycoprotein in complex with a broadly neutralizing antibody 5C8
    • 複合体: Nipah virus fusion glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • 複合体: 5C8 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 5C8-VL
    • タンパク質・ペプチド: 5C8-VH
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHenipavirus / Fusion glycoprotein / Antibody / ANTIVIRAL PROTEIN / ANTIVIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Henipavirus nipahense (ウイルス) / Macaca (オナガザル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Fan PF / Ren Y / Yu CM / Chen W
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other governmentJCKY2020802B001 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Nipah virus fusion glycoprotein in complex with a broadly neutralizing antibody 1D6
著者: Fan PF / Yu CM / Chen W / Ren Y
履歴
登録2023年12月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月10日-
マップ公開2024年7月10日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38504.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.032
最小 - 最大-0.7906655 - 1.4821433
平均 (標準偏差)-0.00015041539 (±0.025731362)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 398.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Nipah virus fusion glycoprotein in complex with a broadly neutral...

全体名称: Nipah virus fusion glycoprotein in complex with a broadly neutralizing antibody 5C8
要素
  • 複合体: Nipah virus fusion glycoprotein in complex with a broadly neutralizing antibody 5C8
    • 複合体: Nipah virus fusion glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • 複合体: 5C8 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 5C8-VL
    • タンパク質・ペプチド: 5C8-VH
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Nipah virus fusion glycoprotein in complex with a broadly neutral...

超分子名称: Nipah virus fusion glycoprotein in complex with a broadly neutralizing antibody 5C8
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

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超分子 #2: Nipah virus fusion glycoprotein

超分子名称: Nipah virus fusion glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Henipavirus nipahense (ウイルス)

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超分子 #3: 5C8 Fab

超分子名称: 5C8 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Macaca (オナガザル)

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分子 #1: Fusion glycoprotein F0

分子名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Henipavirus nipahense (ウイルス)
分子量理論値: 55.073988 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ILHYEKLSKI GLVKGVTRKY KIKSNPLTKD IVIKMIPNVS NMSQCTGSVM ENYKTRLNGI LTPIKGALEI YKNNTHDLVG DVRLAGVIM AGVAIGIATA AQITAGVALY EAMKNADNIN KLKSSIESTN EAVVKLQETA EKTVYVLTAL QDYINTNLVP T IDKISCKQ ...文字列:
ILHYEKLSKI GLVKGVTRKY KIKSNPLTKD IVIKMIPNVS NMSQCTGSVM ENYKTRLNGI LTPIKGALEI YKNNTHDLVG DVRLAGVIM AGVAIGIATA AQITAGVALY EAMKNADNIN KLKSSIESTN EAVVKLQETA EKTVYVLTAL QDYINTNLVP T IDKISCKQ TELSLDLALS KYLSDLLFVF GPNLQDPVSN SMTIQAISQA FGGNYETLLR TLGYATEDFD DLLESDSITG QI IYVDLSS YYIIVRVYFP ILTEIQQAYI QELLPVSFNN DNSEWISIVP NFILVRNTLI SNIEIGFCLI TKRSVICNQD YAT PMTNNM RECLTGSTEK CPRELVVSSH VPRFALSNGV LFANCISVTC QCQTTGRAIS QSGEQTLLMI DNTTCPTAVL GNVI ISLGK YLGSVNYNSE GIAIGPPVFT DKVDISSQIS SMNQSLQQSK DYIKEAQRLL DGTMKQIEDK IEEILSKIYH IENEI ARIK KLIGEGGSHH HHHH

UniProtKB: Fusion glycoprotein F0

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分子 #2: 5C8-VL

分子名称: 5C8-VL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca (オナガザル)
分子量理論値: 14.00351 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIQLTQSPSS LSASVGDTVT ITCQASQGIG NNLHWYQQKP GKAPKLLIYR ASSLQSGIPS RFSGSGSGTD YTLTISSLQP EDFAYYCQQ GYSYPFTFGP GTKVDIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SV

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分子 #3: 5C8-VH

分子名称: 5C8-VH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca (オナガザル)
分子量理論値: 14.331 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLQESGPG VVKPSETLSL TCAVSGGSIS DSYRWSWIRQ PPGKGLEWIG YIYGSSTSTN YNPSLKSRVT ISKDTSKNQF SLNLSSLTA ADTAVYYCVR VVQYLEWFVD LIEVNWFDVW GPGVLVTVSS A

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.015 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 137 mM NaCl, 2.7mM KCl, 10 mM Na2HPO4, 2 mM KH2PO4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 51.91 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 462582
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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