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万見
- EMDB-38500: Cryo-EM structure of Deinococcus radiodurans BamA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38500
タイトルCryo-EM structure of Deinococcus radiodurans BamA
マップデータ
試料
  • 複合体: dimer of Deinococcus radioduransr BamA
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Outer membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Polypeptide-transport-associated, ShlB-type / POTRA domain, ShlB-type / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / Surface antigen D15-like / POTRA domain / POTRA domain profile. / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans R1 = ATCC 13939 = DSM 20539 (放射線耐性)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Qian HW / Wang ZZ
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other privateKY9100000034 中国
引用ジャーナル: Justc / 年: 2024
タイトル: Structural insights into Deinococcus radiodurans BamA: extracellular loop diversity and its evolutionary implications
著者: Wang ZZ / Xue JC / Wang JJ / Yu JG / Qian HW / Yang XX
履歴
登録2023年12月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月15日-
マップ公開2025年1月15日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38500.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38500.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 180 pix.
= 192.6 Å		1.07 Å/pix.
x 180 pix.
= 192.6 Å		1.07 Å/pix.
x 180 pix.
= 192.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.357
最小 - 最大-3.7887247 - 4.602451
平均 (標準偏差)0.009438028 (±0.12310285)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 192.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38500_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38500_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : dimer of Deinococcus radioduransr BamA

全体名称: dimer of Deinococcus radioduransr BamA
要素
  • 複合体: dimer of Deinococcus radioduransr BamA
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamA

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超分子 #1: dimer of Deinococcus radioduransr BamA

超分子名称: dimer of Deinococcus radioduransr BamA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Deinococcus radiodurans R1 = ATCC 13939 = DSM 20539 (放射線耐性)

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分子 #1: Outer membrane protein assembly factor BamA

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Deinococcus radiodurans R1 = ATCC 13939 = DSM 20539 (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / R1 / DSM 20539
分子量理論値: 93.809844 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKYLLPTAAA GLLLLAAQPA MAGSDYKDDD DKSGHHHHHH HHHHGSDEVD AGSQQAGTVQ DISVVGTTDL LSEFLKTTLT VQPGAALSS VNLRQVEQEV LASGYFKTAT AELRTTGGRD TLVVTVTANP VIKDVQATGL TFLPADAFKQ SVAELLNIAP G AVLNTQRL ...文字列:
MKYLLPTAAA GLLLLAAQPA MAGSDYKDDD DKSGHHHHHH HHHHGSDEVD AGSQQAGTVQ DISVVGTTDL LSEFLKTTLT VQPGAALSS VNLRQVEQEV LASGYFKTAT AELRTTGGRD TLVVTVTANP VIKDVQATGL TFLPADAFKQ SVAELLNIAP G AVLNTQRL EQAKEALAQN YRQEGFPFVP SISADTKTNK DGTATVTFVV DESAPLSRIE VTGATLLPQA TVQNIFRPLQ TS KRFTTQA FFAASDALQA AYEAAGYFQA GIDPRSVTLE NGVLKLSVIE SRVASVDLSP LGTLAQTPAL QTKAGQPLRL AQL QADVRA LANQTGQPVG FALQADPQNP SQVTVLFGAA DVESGPVKSI AFVGNTKVPT AQLQAAIKTK PGDVYSPQLA QDDF MALRN VYRQAGYEIS TRDAITFQNG VLTYNLREVR LAGYELAWQG QHRTKDRVIL RELPAAGQTF NSKDVQAALG RVSAL GYVT INDVRVKSDP QNPENVTYVI ALSEGRTGIP VNLSLGYDSL QGGWSGDVAY TNSNAFGLGH SFGVRLGAVQ NQAGQN WVG SLNYTIPWLD LDFADFRKNR TSLSFGVGSD VGGNIALLDA NKEDTGRDYT TRTNGFSLGL GRNITPNLTA SANVAFN NR TSYLEPKQEG ETSNLDDAAA TALLPATSLT TRLSGNLNYD NTDNVNFPGR GVRAYGALGY NVGRAGDAPL SWTDGEIG V SGYYGFGGRI KRSFGLETYR QVLAARANTG TTTGTFPDGT GYFIGGSNPL ASRELRGLED GQLFGTNYFS SSLEYRYDF GLSGGVAQGL YGVLFADYGG VWNSGEAFRS AYGVGAGVQL NLGFGGAQLP SLRFDYGYSG QNAQKPNGRF HFRIGNFW

UniProtKB: Outer membrane protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 607784
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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