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- EMDB-3848: Single particle cryo-STEM of ferritin with 48 Zn atoms -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3848
タイトルSingle particle cryo-STEM of ferritin with 48 Zn atoms
マップデータFerritin with 48 Zn atoms from single particle cryo-STEM data
試料
  • 複合体: Human heavy chain ferritin with Zn
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者Elad N / Bellapadrona G / Houben L / Sagi I / Elbaum M
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017
タイトル: Detection of isolated protein-bound metal ions by single-particle cryo-STEM.
著者: Nadav Elad / Giuliano Bellapadrona / Lothar Houben / Irit Sagi / Michael Elbaum /
要旨: Metal ions play essential roles in many aspects of biological chemistry. Detecting their presence and location in proteins and cells is important for understanding biological function. Conventional ...Metal ions play essential roles in many aspects of biological chemistry. Detecting their presence and location in proteins and cells is important for understanding biological function. Conventional structural methods such as X-ray crystallography and cryo-transmission electron microscopy can identify metal atoms on protein only if the protein structure is solved to atomic resolution. We demonstrate here the detection of isolated atoms of Zn and Fe on ferritin, using cryogenic annular dark-field scanning transmission electron microscopy (cryo-STEM) coupled with single-particle 3D reconstructions. Zn atoms are found in a pattern that matches precisely their location at the ferroxidase sites determined earlier by X-ray crystallography. By contrast, the Fe distribution is smeared along an arc corresponding to the proposed path from the ferroxidase sites to the mineral nucleation sites along the twofold axes. In this case the single-particle reconstruction is interpreted as a probability distribution function based on the average of individual locations. These results establish conditions for detection of isolated metal atoms in the broader context of electron cryo-microscopy and tomography.
履歴
登録2017年8月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年10月18日-
マップ公開2017年10月18日-
更新2017年11月8日-
現状2017年11月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.043
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.043
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3848.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3848.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Ferritin with 48 Zn atoms from single particle cryo-STEM data
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.3 Å/pix.
x 80 pix.
= 264. Å		3.3 Å/pix.
x 80 pix.
= 264. Å		3.3 Å/pix.
x 80 pix.
= 264. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.043 / ムービー #1: 0.043
最小 - 最大-0.015605306 - 0.04583275
平均 (標準偏差)0.00081661536 (±0.0044908705)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 264.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.33.33.3
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z264.000264.000264.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-0.0160.0460.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human heavy chain ferritin with Zn

全体名称: Human heavy chain ferritin with Zn
要素
  • 複合体: Human heavy chain ferritin with Zn

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超分子 #1: Human heavy chain ferritin with Zn

超分子名称: Human heavy chain ferritin with Zn / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Bacterially expressed and purified human heavy chain ferritin mixed with a 48 fold molar excess of Zn(II)SO4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 504 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.13 mg/mL
緩衝液pH: 7.2 / 構成要素:
濃度式
50.0 mMHEPES-NaOH
0.2 MNaCl
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: LEICA EM GP
詳細For metal loading, stock protein (2.9 mg/ml) was diluted to 0.25 mg/ml and mixed with a 48 fold molar excess of Zn(II)SO4.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
詳細STEM mode imaging using Fischione model 3000 HAADF detector. Camera length: 520 mm.
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15 / 平均電子線量: 127.0 e/Å2
詳細: ADF images collected with a Fischione Model 3000 high-angle annular DF detector
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.0 mm / 倍率（公称値）: 450000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

詳細Fischione 3000 HAADF
粒子像選択選択した数: 647 / 詳細: Manually selected
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2cei


詳細: The initial model was prepared from the human ferritin heavy chain crystal structure from which all heavy atoms were removed. The protein PDB coordinates were converted to structure factors ...詳細: The initial model was prepared from the human ferritin heavy chain crystal structure from which all heavy atoms were removed. The protein PDB coordinates were converted to structure factors and low pass filtered to 4 nm.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 647
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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