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- EMDB-38457: PSI-FCPI of the diatom Thalassiosira pseudonana CCMP1335 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38457
タイトルPSI-FCPI of the diatom Thalassiosira pseudonana CCMP1335
マップデータ
試料
  • 複合体: PSI-FCPI
    • タンパク質・ペプチド: x 17種
  • リガンド: x 15種
キーワードPhotosystem I / ELECTRON TRANSPORT / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


light-harvesting complex / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus ...light-harvesting complex / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily ...Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center ...Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein, major type / Uncharacterized protein / Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein / Uncharacterized protein / Pt17531-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kato K / Nakajima Y / Shen JR / Nagao R
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Structural basis for molecular assembly of fucoxanthin chlorophyll /-binding proteins in a diatom photosystem I supercomplex.
著者: Koji Kato / Yoshiki Nakajima / Jian Xing / Minoru Kumazawa / Haruya Ogawa / Jian-Ren Shen / Kentaro Ifuku / Ryo Nagao /
要旨: Photosynthetic organisms exhibit remarkable diversity in their light-harvesting complexes (LHCs). LHCs are associated with photosystem I (PSI), forming a PSI-LHCI supercomplex. The number of LHCI ...Photosynthetic organisms exhibit remarkable diversity in their light-harvesting complexes (LHCs). LHCs are associated with photosystem I (PSI), forming a PSI-LHCI supercomplex. The number of LHCI subunits, along with their protein sequences and pigment compositions, has been found to differ greatly among the PSI-LHCI structures. However, the mechanisms by which LHCIs recognize their specific binding sites within the PSI core remain unclear. In this study, we determined the cryo-electron microscopy structure of a PSI supercomplex incorporating fucoxanthin chlorophyll /-binding proteins (FCPs), designated as PSI-FCPI, isolated from the diatom CCMP1335. Structural analysis of PSI-FCPI revealed five FCPI subunits associated with a PSI monomer; these subunits were identified as RedCAP, Lhcr3, Lhcq10, Lhcf10, and Lhcq8. Through structural and sequence analyses, we identified specific protein-protein interactions at the interfaces between FCPI and PSI subunits, as well as among FCPI subunits themselves. Comparative structural analyses of PSI-FCPI supercomplexes, combined with phylogenetic analysis of FCPs from and the diatom , underscore the evolutionary conservation of protein motifs crucial for the selective binding of individual FCPI subunits. These findings provide significant insights into the molecular mechanisms underlying the assembly and selective binding of FCPIs in diatoms.
履歴
登録2023年12月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月30日-
マップ公開2024年10月30日-
更新2024年11月27日-
現状2024年11月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38457.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38457.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.75 Å/pix.
x 254 pix.
= 191.008 Å		0.75 Å/pix.
x 254 pix.
= 191.008 Å		0.75 Å/pix.
x 254 pix.
= 191.008 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.752 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.012
最小 - 最大-0.040055446 - 0.097367026
平均 (標準偏差)0.0005549062 (±0.004254923)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ254254254
Spacing254254254
セルA=B=C: 191.008 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_38457_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38457_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_38457_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PSI-FCPI

全体名称: PSI-FCPI
要素
  • 複合体: PSI-FCPI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit Psa29
    • タンパク質・ペプチド: Unknown protein
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein RedCAP
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein
    • タンパク質・ペプチド: Pt17531-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein, major type
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq8
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: UNKNOWN LIGAND
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: Zeaxanthin
  • リガンド: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: Chlorophyll c1
  • リガンド: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
  • リガンド: water

+
超分子 #1: PSI-FCPI

超分子名称: PSI-FCPI / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#17
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 550 KDa

+
分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 83.725828 KDa
配列文字列: MAISSTERRS KNVQVFVEKD AVETSFAKWA QPGHFSRTLA KGPKTTTWIW NLHADAHDFD SQTSSLEEVS RKIFSAHFGQ LAIIFLWIS GMHFHGAYFS NYSAWLTDPI SIKQSSQVVW PIVGQEILNA DVGGNFQGIQ TTSGWFQMWR AEGITSEVEL Y WTAIGGLA ...文字列:
MAISSTERRS KNVQVFVEKD AVETSFAKWA QPGHFSRTLA KGPKTTTWIW NLHADAHDFD SQTSSLEEVS RKIFSAHFGQ LAIIFLWIS GMHFHGAYFS NYSAWLTDPI SIKQSSQVVW PIVGQEILNA DVGGNFQGIQ TTSGWFQMWR AEGITSEVEL Y WTAIGGLA MSAIMLFAGW FHYHKAAPKL EWFQNAESMM NHHLAGLLGL GCLSWSGHQI HIALPINKLL DAGVSPQEIP LP HEFLINR DLMAQLYPSF SKGLAPFFGG NWGEYSDFLT FKGGLNPVTG GLWLSDIAHH HLALSVLFII AGHMYRTNWG IGH NMKEIL EAHKGPFTGE GHKGLYEILT TSWHAQLAIN LAMMGSLSII VAHHMYAMPP YPYLATDYAT QLSLFTHHMW IGGF CVVGG AAHGAIFMVR DYTPANNYNN LLDRVLRHRD AIISHLNWVC IFLGCHAFGF YIHNDTMRAL GRPQDMFSDK AIQLQ PIFA QWIQNIHLLA PGTTAPNALA TTSYAFGGDV IEVGGKIAMM PIKLGTADFM VHHIHAFTIH VTVLILLKGV LYARSS KLI PDKANLGFRF PCDGPGRGGT CQSSSWDHVF LGLFWMYNSI SVVIFHFSWK MQSDVWGTIT PDGAISHITG GNFAQSS IT INGWLRDFLW SQASQVIQSY GSASSAYGLI FLGAHFIWAF SLMFLFSGRG YWQELIESIV WAHNKLNFAP TIQPRALS I TQGRAVGLAH YLLGGIGTTW AFFLARAISI T

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 82.173875 KDa
配列文字列: MATKFPKFSQ ALAQDPATRR IWYGIATAHD LEAHDGMTEE NLYQKIFASH FGHLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFEKWVSN PLKTRPIAH SIWDPHFGES ALKAFSKGNT YPVNITFSGL YQWWYTIGFR TNQELYKGSI GLLLLASVLL IAGWLHLQPK F RPSLSWFK ...文字列:
MATKFPKFSQ ALAQDPATRR IWYGIATAHD LEAHDGMTEE NLYQKIFASH FGHLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFEKWVSN PLKTRPIAH SIWDPHFGES ALKAFSKGNT YPVNITFSGL YQWWYTIGFR TNQELYKGSI GLLLLASVLL IAGWLHLQPK F RPSLSWFK NNESRLNHHL SGLLGFSSLA WTGHLVHVAI PASRGVHVGW DNFLTTPPHP AGLTPFFTGN WTVYAENPDS AT HVFNTSE GSGTAILTFL GGFHPQTQSL WLSDMAHHHL AIAVVFIVAG HMYRTNFGIG HNMKEILDAH RPPGGRLGAG HVG LFETIT NSLHMQLGLA LACLGVATSL TAQHMYALTP YAYLSKDFTT EAALYTHHQY IAGFLMVGAF AHGAIFFVRD YDPE LNKNN VLARMLEHKE AIISHLSWAS LFLGFHTLGL YIHNDTVVAF GQPEKQILFE PLFAEYIQAA SGKAVYQFNV LLASS TSPA TAAGNQVWLP GWLEAINNPK TDLFLKIGPG DFLVHHAIAL GLHVTALILV KGALDARGSK LMPDKKDFGY SFPCDG PGR GGTCDISAWD AFYLAMFWML NTIGWVTFYW HWKHMTIWGG NPGQFDESSN YIMGWLRDYL WLNSSPLING YNPFGMN NL SVWSWMFLFG HLIWATGFMF LISWRGYWQE LIETLVWAHE RTPLANLIRW RDKPVALSIV QARLVGLVHF SVGYILTY A AFVIASTSGK FA

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 8.807169 KDa
配列文字列:
MSHTVKIYDT CIGCTQCVRA CPTDVLEMVP WDGCKSGQIA SSPRVEDCVG CKRCETACPT DFLSVRVYLG AETTRSLGLA Y

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 15.535668 KDa
配列文字列:
MTLNLKTPFP TFGGSTGGWL RAAEVEEKYA ITWTSTKEQI FEMPTGGAAI MRNGENLLYL ARKEQCLALS TQLRTFKIND YKIYRIFPS GEVQYLHPKD GVFPEKVNPG RTSVNSRGFS IGKNPNPASI KFSGITTYES

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 7.520497 KDa
配列文字列:
MIDRNSKVRI LRKESYWFNQ IGTVATVDQS GIRYPAVVRF ESVNYAGTNT NNFALDELVE VKKEK

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IV

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 20.382461 KDa
配列文字列:
MKRVNLLTLL FAVLIALTPN QALAEIGGLT KCSESAAFTK RLNASVKKLE QRASQYEADS PPALALKQQV ERTQARFDKY SRSELLCGA DGLPHLVADG RWSHAAEFIL PGFGFIYISG WIGWVGRKYL RAVSTSANPS ESEIIINVPL ALKIMTTGYI W PISAWQEL ISNDLVAVSE EITVSPR

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 3.919688 KDa
配列文字列:
MAASFLPSIL VPLVGLIFPA FSMALFFLYV QTDDIA

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 4.854705 KDa
配列文字列:
MNDFQKYLST APVLLTLWMT FTAGFIIEVN RFFPDMLGLY F

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 15.715207 KDa
配列文字列:
MANFIKPYND DPFVGHLATP ITSSSLTRAL LKNLPAYRFG LTPLLRGLEI GLAHGYFLIG PFAQLGPLRN SDIGLLAGFL STIGLILIL TLGLTIYGAA AFGQEKSNGS ELQTKKSWDQ FKGGFFVGAC GSAGFAFICL SSIPTFALN

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XI

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 3.271954 KDa
配列文字列:
MITDFQVYIA LMAALLASVL AIRLGATLYQ

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XII

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit Psa29

分子名称: Photosystem I reaction center subunit Psa29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 20.048312 KDa
配列文字列:
MKIVLIALSA ASVSAFAPNA FGVRRTCYFE WLDLTIPSCG ETTSLNVDLD YGMKNSYVPA TGGDGGQGQF GAQSPNDWRV AGTSPVGET SYAGAADGGE EPWFAEAIST VSLDLQKADE TLKAFTKDAA AFKIEEFAAE KPYGFTSSDA AMEELVGKLG Y SKFLEMST KQLMKTWGTL HPDPAAAKEE

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #12: Unknown protein

分子名称: Unknown protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 7.166825 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #13: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein RedCAP

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein RedCAP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 23.695039 KDa
配列文字列: MKTAALVTLA LAGSAQAFAP STSRVSVSRT STSVASSVFD DAVKDWAEEY PQFAAWGWGP SVQAEIWNGR HAMFGWVVMC ACAYAKGHG LIPDADQTLD LKEWGTLATI SGKNTITNER AIILIANVHA LMVGLAATIS PNSFADTLLL DPNHPMYEWQ M ERNSKLGG ...文字列:
MKTAALVTLA LAGSAQAFAP STSRVSVSRT STSVASSVFD DAVKDWAEEY PQFAAWGWGP SVQAEIWNGR HAMFGWVVMC ACAYAKGHG LIPDADQTLD LKEWGTLATI SGKNTITNER AIILIANVHA LMVGLAATIS PNSFADTLLL DPNHPMYEWQ M ERNSKLGG VMPNLGKMGV TPEAELANGR MAMMGIITCI AYSGIQGQSM IDTINEWVGG AYF

+
分子 #14: Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein

分子名称: Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 21.438559 KDa
配列文字列: MLKAVLTTSL IAAASAFAPA SVGRSTVALN EMSKSIPFLT VPEKLDGSMA GDVGFDPMGL SDIQTDLNYA RWAELKHGRI CMLAVVGMV WQEYGPHLPG DAYATKDPWE AISSVGFASN FQTLLAIGVV ELANWNKYYG DGTPGDIGWT GGQLSKMNDA Q IKTRMESE ...文字列:
MLKAVLTTSL IAAASAFAPA SVGRSTVALN EMSKSIPFLT VPEKLDGSMA GDVGFDPMGL SDIQTDLNYA RWAELKHGRI CMLAVVGMV WQEYGPHLPG DAYATKDPWE AISSVGFASN FQTLLAIGVV ELANWNKYYG DGTPGDIGWT GGQLSKMNDA Q IKTRMESE IVHCRLAMIA FIGATHQTFL LHKGLLDFSY

UniProtKB: Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein

+
分子 #15: Pt17531-like protein

分子名称: Pt17531-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 21.210223 KDa
配列文字列: MKTAILATLA ASAAAFAPAS ISSPSTTQLS AWRDEVVVGI TAPVGFFDPL GLSKGKDDAT MAYYREAELK NGRVAMAACL GWYLNAGGV HPAFNSELSN DPLKAMVELP AVGWLQFVLG CGAIEWLGQQ IKERPGYVPG DLLGASYWVD NSDEGWVMYQ N KELNNGRL ...文字列:
MKTAILATLA ASAAAFAPAS ISSPSTTQLS AWRDEVVVGI TAPVGFFDPL GLSKGKDDAT MAYYREAELK NGRVAMAACL GWYLNAGGV HPAFNSELSN DPLKAMVELP AVGWLQFVLG CGAIEWLGQQ IKERPGYVPG DLLGASYWVD NSDEGWVMYQ N KELNNGRL AMLAIVGMVY QDVFVGDYGD MMYKQLVR

UniProtKB: Pt17531-like protein

+
分子 #16: Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein, major type

分子名称: Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein, major type
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 21.502492 KDa
配列文字列: MKTACLIASS LIASASAFAP APVAKSTTAL SADFSGEIGA ANAELGCWDP LNFCTDQASF DKMRYAELKH GRVAQLAAWG YATTWSGAR FPGCEDFPAG HEAVLKIGTE NLIPVLVVAG ALETLWKQKE GSFPGDFSAT SFPVGFGPFA KTEADMIDLR T KELNNGRA ...文字列:
MKTACLIASS LIASASAFAP APVAKSTTAL SADFSGEIGA ANAELGCWDP LNFCTDQASF DKMRYAELKH GRVAQLAAWG YATTWSGAR FPGCEDFPAG HEAVLKIGTE NLIPVLVVAG ALETLWKQKE GSFPGDFSAT SFPVGFGPFA KTEADMIDLR T KELNNGRA AMMGILGMIV HEQIDGKPFI FFDKFEIYAP FGN

UniProtKB: Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein, major type

+
分子 #17: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq8

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 21.11209 KDa
配列文字列: MKSVCIALLA SSVSAFAPSQ QGPVKSALSY ASELDSMTGT GIESPKVFDP LNLSDYVPVD WARRAELSNG RSAMLATVGW FFPKVFGTF DSTDVTTTDP IDAIMQADPQ WWAQWILICG VFETWKYKKE MEGKSFLGGA DPAVDYLKLW PADAAAQEEM K TKELKNAR ...文字列:
MKSVCIALLA SSVSAFAPSQ QGPVKSALSY ASELDSMTGT GIESPKVFDP LNLSDYVPVD WARRAELSNG RSAMLATVGW FFPKVFGTF DSTDVTTTDP IDAIMQADPQ WWAQWILICG VFETWKYKKE MEGKSFLGGA DPAVDYLKLW PADAAAQEEM K TKELKNAR LAMIGIAGFA ANHFIPGSCP VPDFIA

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #18: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #19: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 138 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #20: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #21: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #22: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 20 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン

+
分子 #23: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 7 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #24: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 4 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #25: UNKNOWN LIGAND

分子名称: UNKNOWN LIGAND / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 89 / 式: UNL
Chemical component information


化合物 画像なし

ChemComp-UNL:
Unknown ligand

+
分子 #26: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 1 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #27: Zeaxanthin

分子名称: Zeaxanthin / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 1 / 式: 5X6
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-K3I:
Zeaxanthin

+
分子 #28: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,be...

分子名称: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 7 / 式: DD6
分子量理論値: 582.855 Da
Chemical component information

ChemComp-DD6:
(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol

+
分子 #29: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 1 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #30: Chlorophyll c1

分子名称: Chlorophyll c1 / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 7 / 式: KC1
分子量理論値: 610.941 Da
Chemical component information

ChemComp-KC1:
Chlorophyll c1

+
分子 #31: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5...

分子名称: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 15 / 式: A86
分子量理論値: 658.906 Da

+
分子 #32: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 922 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3.0 mg/mL
緩衝液pH: 6.5 / 構成要素:
濃度式名称
20.0 mMMES-NaOHMES
0.03 %DDMDDM
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 60000

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 2733572
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: An initial model was generated de novo from 2D classification.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 75667
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: experimental model / 詳細: ModelAngelo
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8xls:
PSI-FCPI of the diatom Thalassiosira pseudonana CCMP1335

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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