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- EMDB-38449: Structure of the Vo sector of V-ATPase in the adult cortex and hi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38449
タイトルStructure of the Vo sector of V-ATPase in the adult cortex and hippocampus
マップデータ
試料
  • 複合体: Mammalian V0-ATPase from rat brain
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1
    • タンパク質・ペプチド: ATPase, H+ transporting, V0 subunit B (Predicted), isoform CRA_a
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit S1
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit e 2
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease K
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c
    • タンパク質・ペプチド: Renin receptor cytoplasmic fragment
キーワードVo sector of V-ATPase / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Ion channel transport / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / negative regulation of autophagic cell death / Insulin receptor recycling / RHOA GTPase cycle / eye pigmentation / central nervous system maturation / rostrocaudal neural tube patterning ...Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Ion channel transport / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / negative regulation of autophagic cell death / Insulin receptor recycling / RHOA GTPase cycle / eye pigmentation / central nervous system maturation / rostrocaudal neural tube patterning / cellular response to increased oxygen levels / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / transporter activator activity / proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / synaptic vesicle lumen acidification / clathrin-coated vesicle membrane / endosome to plasma membrane protein transport / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / lysosomal lumen acidification / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / osteoclast development / head morphogenesis / vacuolar acidification / dendritic spine membrane / regulation of cellular pH / ROS and RNS production in phagocytes / Neutrophil degranulation / ATPase activator activity / regulation of MAPK cascade / autophagosome membrane / positive regulation of Wnt signaling pathway / regulation of macroautophagy / angiotensin maturation / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / proton transmembrane transport / terminal bouton / small GTPase binding / transmembrane transport / synaptic vesicle membrane / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / synaptic vesicle / melanosome / signaling receptor activity / ATPase binding / cell body / postsynaptic membrane / intracellular iron ion homeostasis / lysosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endosome / endosome membrane / apical plasma membrane / axon / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / Renin receptor-like transmembrane spanning segment / V-type proton ATPase subunit S1/VOA1, transmembrane domain / V0 complex accessory subunit Ac45/VOA1 transmembrane domain / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 / ATP synthase subunit H ...ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / Renin receptor-like transmembrane spanning segment / V-type proton ATPase subunit S1/VOA1, transmembrane domain / V0 complex accessory subunit Ac45/VOA1 transmembrane domain / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 / ATP synthase subunit H / V-ATPase proteolipid subunit C, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit 116kDa, eukaryotic / V-ATPase proteolipid subunit / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C
類似検索 - ドメイン・相同性
ATPase, H+ transporting, V0 subunit B (Predicted), isoform CRA_a / V-type proton ATPase subunit S1 / V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1 / V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / V-type proton ATPase subunit e 2 / Renin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Zhang M / Feng J / Li Y / Zhu S
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the Vo sector of V-ATPase in the adult cortex and hippocampus
著者: Zhang M / Feng J
履歴
登録2023年12月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月2日-
マップ公開2025年7月2日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38449.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38449.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 303.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 430 pix.
= 460.53 Å		1.07 Å/pix.
x 430 pix.
= 460.53 Å		1.07 Å/pix.
x 430 pix.
= 460.53 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.071 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.14
最小 - 最大-0.25220707 - 0.4690498
平均 (標準偏差)0.00042637618 (±0.011495095)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ430430430
Spacing430430430
セルA=B=C: 460.53 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_38449_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38449_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38449_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mammalian V0-ATPase from rat brain

全体名称: Mammalian V0-ATPase from rat brain
要素
  • 複合体: Mammalian V0-ATPase from rat brain
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1
    • タンパク質・ペプチド: ATPase, H+ transporting, V0 subunit B (Predicted), isoform CRA_a
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit S1
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit e 2
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease K
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c
    • タンパク質・ペプチド: Renin receptor cytoplasmic fragment

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超分子 #1: Mammalian V0-ATPase from rat brain

超分子名称: Mammalian V0-ATPase from rat brain / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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分子 #1: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1

分子名称: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 95.248148 KDa
配列文字列: LFRSEEMTLA QLFLQSEAAY CCVSELEELG KVQFRDLNPD VNVFQRKFVN EVRRCEEMDR KLRFVEKEIR KANIPIMDTG ENPEVPFPR DMIDLEANFE KIENELKEIN TNQEALKRNF LELTELKFIL RKTQQFFDEM ADPDLLEESS SLLEPNEMGR G APLRLGFV ...文字列:
LFRSEEMTLA QLFLQSEAAY CCVSELEELG KVQFRDLNPD VNVFQRKFVN EVRRCEEMDR KLRFVEKEIR KANIPIMDTG ENPEVPFPR DMIDLEANFE KIENELKEIN TNQEALKRNF LELTELKFIL RKTQQFFDEM ADPDLLEESS SLLEPNEMGR G APLRLGFV AGVINRERIP TFERMLWRVC RGNVFLRQAE IENPLEDPVT GDYVHKSVFI IFFQGDQLKN RVKKICEGFR AS LYPCPET PQERKEMASG VNTRIDDLQM VLNQTEDHRQ RVLQAAAKNI RVWFIKVRKM KAIYHTLNLC NIDVTQKCLI AEV WCPVTD LDSIQFALRR GTEHSGSTVP SILNRMQTNQ TPPTYNKTNK FTHGFQNIVD AYGIGTYREI NPAPYTVITF PFLF AVMFG DFGHGILMTL FAVWMVLRES RILSQKNENE MFSMVFSGRY IILLMGLFSI YTGLIYNDCF SKSLNIFGSS WSVRP MFTI GNWTEETLLG SSVLQLNPAI PGVFGGPYPF GIDPIWNIAT NKLTFLNSFK MKMSVILGII HMLFGVSLSL FNHIYF KKP LNIYFGFIPE IIFMSSLFGY LVILIFYKWT AYDAHSSRNA PSLLIHFINM FLFSYPESGN AMLYSGQKGI QCFLIVV AM LCVPWMLLFK PLILRHQYLR KKHLGTLNFG GIRVGNGPTE EDAEIIQHDQ LSTHSEDAEE PTEDEVFDFG DTMVHQAI H TIEYCLGCIS NTASYLRLWA LSLAHAQLSE VLWTMVIHIG LHVRSLAGGL GLFFIFAAFA TLTVAILLIM EGLSAFLHA LRLHWVEFQN KFYTGTGFKF LPFSFEHI

UniProtKB: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1

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分子 #2: ATPase, H+ transporting, V0 subunit B (Predicted), isoform CRA_a

分子名称: ATPase, H+ transporting, V0 subunit B (Predicted), isoform CRA_a
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 21.37227 KDa
配列文字列: TGLELLYLGI FVAFWACMIV VGICYTIFDL GFRFDVAWFL TETSPFMWSN LGIGLAISLS VVGAAWGIYI TGSSIIGGGV KAPRIKTKN LVSIIFCEAV AIYGIIMAIV ISNMAEPFSA TDPKAIGHRN YHAGYSMFGA GLTVGLSNLF CGVCVGIVGS G AALADAQN ...文字列:
TGLELLYLGI FVAFWACMIV VGICYTIFDL GFRFDVAWFL TETSPFMWSN LGIGLAISLS VVGAAWGIYI TGSSIIGGGV KAPRIKTKN LVSIIFCEAV AIYGIIMAIV ISNMAEPFSA TDPKAIGHRN YHAGYSMFGA GLTVGLSNLF CGVCVGIVGS G AALADAQN PSLFVKILIV EIFGSAIGLF GVIVAILQTS RVKMG

UniProtKB: ATPase, H+ transporting, V0 subunit B (Predicted), isoform CRA_a

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分子 #3: V-type proton ATPase subunit S1

分子名称: V-type proton ATPase subunit S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 23.360582 KDa
配列文字列: IHPPVSYNDT APRILFWAQN FSVAYKDEWK DLTSLTFGVE NLNLTGSFWN DSFAMLSLTY EPLFGATVTF KFILASRFYP VSARYWFTM ERLEIHSNGS VAHFNVSQVT GPSIYSFHCE YVSSLSKKGS LLVTNVPSLW QMTLHNFQIQ AFNVTGEQFS Y ASDCAGFF ...文字列:
IHPPVSYNDT APRILFWAQN FSVAYKDEWK DLTSLTFGVE NLNLTGSFWN DSFAMLSLTY EPLFGATVTF KFILASRFYP VSARYWFTM ERLEIHSNGS VAHFNVSQVT GPSIYSFHCE YVSSLSKKGS LLVTNVPSLW QMTLHNFQIQ AFNVTGEQFS Y ASDCAGFF SPGIWMGLLT TLFMLFIFTY GLHMILSLKT MDRFDD

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit S1

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分子 #4: V-type proton ATPase subunit

分子名称: V-type proton ATPase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 39.28568 KDa
配列文字列: SFFPELYFNV DNGYLEGLVR GLKAGVLSQA DYLNLVQCET LEDLKLHLQS TDYGNFLANE ASPLTVSVID DKLKEKMVVE FRHMRNHAY EPLASFLDFI TYSYMIDNVI LLITGTLHQK CHPLGSFEQM EAVNIAQTPA ELYNAILVDT PLAAFFQDCI S EQDLDAMN ...文字列:
SFFPELYFNV DNGYLEGLVR GLKAGVLSQA DYLNLVQCET LEDLKLHLQS TDYGNFLANE ASPLTVSVID DKLKEKMVVE FRHMRNHAY EPLASFLDFI TYSYMIDNVI LLITGTLHQK CHPLGSFEQM EAVNIAQTPA ELYNAILVDT PLAAFFQDCI S EQDLDAMN IEIIRNTLYK AYLESFYKFC TLLGGTTADA MCPILEFEAD RRAFIITINS FGTELSKEDR AKLFPHCGRL YP EGLAQLA RADDYEQVKN VADYYPEYKL LFEGAGSNPG DKTLEDRFFE HEVKLNKLAF LNQFHFGVFY AFVKLKEQEC RNI VWIAEC IAQRHRAKID NYIPIF

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分子 #5: V-type proton ATPase subunit e 2

分子名称: V-type proton ATPase subunit e 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 8.655396 KDa
配列文字列:
AHSFALPVII FTTFWGLIGI AGPWFVPKGP NRGVIITMLV ATAVCCYLFW LIAILAQLNP LFGPQLKNET IWYVRFL

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit e 2

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分子 #6: Ribonuclease K

分子名称: Ribonuclease K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 9.933642 KDa
配列文字列:
CCGPKLAACG IVLSAWGVIM LIMLGIFFNV HSAVLIEDVP FTEKDFENGP QNIYNLYEQV SYNCFIAAGL YLLLGGFSFC QVRLNKRKE

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分子 #7: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c

分子名称: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 15.256132 KDa
配列文字列:
NNPEYSSFFG VMGASSAMVF SAMGAAYGTA KSGTGIAAMS VMRPELIMKS IIPVVMAGII AIYGLVVAVL IANSLTDGIT LYRSFLQLG AGLSVGLSGL AAGFAIGIVG DAGVRGTAQQ PRLFVGMILI LIFAEVLGLY GLIVALILST K

UniProtKB: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c

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分子 #8: Renin receptor cytoplasmic fragment

分子名称: Renin receptor cytoplasmic fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 5.740624 KDa
配列文字列:
PYNLAYKYNL EYSVVFNLVL WIMTGLALAV IITSYNIWNM DPGYDSIIY

UniProtKB: Renin receptor

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態tissue

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-10 (5k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 34147
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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