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万見
- EMDB-38373: protein-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38373
タイトルprotein-DNA complex
マップデータ
試料
  • 複合体: protein-DNA complex
    • タンパク質・ペプチド: Piwi domain-containing protein
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*A)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*T)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*AP*TP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードDNA / protein / DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性Ribonuclease H superfamily / nucleic acid binding / Ribonuclease H-like superfamily / Piwi domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Mucilaginibacter paludis DSM 18603 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zhuang L
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: protein-DNA complex
著者: Zhuang L
履歴
登録2023年12月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月25日-
マップ公開2024年12月25日-
更新2024年12月25日-
現状2024年12月25日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38373.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38373.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 220 pix.
= 187. Å		0.85 Å/pix.
x 220 pix.
= 187. Å		0.85 Å/pix.
x 220 pix.
= 187. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.012
最小 - 最大-0.045004312 - 0.09983504
平均 (標準偏差)0.000258176 (±0.002890168)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 187.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38373_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38373_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : protein-DNA complex

全体名称: protein-DNA complex
要素
  • 複合体: protein-DNA complex
    • タンパク質・ペプチド: Piwi domain-containing protein
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*A)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*T)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*AP*TP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: protein-DNA complex

超分子名称: protein-DNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Mucilaginibacter paludis DSM 18603 (バクテリア)

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分子 #1: Piwi domain-containing protein

分子名称: Piwi domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mucilaginibacter paludis DSM 18603 (バクテリア)
分子量理論値: 91.915383 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKDHILNLYR IDNLSELDFS YKLIDFDLSF IAGKEELLNK QLQKIAEEVS SVTKGPTAVL KRNQRFFVAV PADKQMEDRS IDGIPFSIP IKLLPEVYRI DSKDIQGHQL DVVYKFLDYE IRRQLGQHRD LWKLNTHQFF LREPMKGIQG SINVFEGFTY K LARLADGH ...文字列:
MKDHILNLYR IDNLSELDFS YKLIDFDLSF IAGKEELLNK QLQKIAEEVS SVTKGPTAVL KRNQRFFVAV PADKQMEDRS IDGIPFSIP IKLLPEVYRI DSKDIQGHQL DVVYKFLDYE IRRQLGQHRD LWKLNTHQFF LREPMKGIQG SINVFEGFTY K LARLADGH FYVTLDLSTK YIDKYCLSHY INEGNVRTFE NNYKGRRFLY LNGDNWYTIE LLGFGKSVKE QDFIREGTTY NV LNYITEK IEHSRTDLKR YVKPNDLSMS YTYPGRTMDP HSGATSLARM LYNTKDERVK SLHYLSIKGP SKRFEAINNY ISS YFKNLK FNAGKLLISN EPLVEKIKNF WIPELLFNNN RRLKITGFNS GMRDFAYQRK QLIKNNGVLN RTSFDVQYLL VPDE QYMDA NLVEGFKNNA EFLIKKLAPA FDKFIIIRYP VKSCTSASVQ IQEIEKVLHR RNALHGFALV VLPDLDAFSP AFLKT FHEL LKSKFYPDLK VQCASAHNIS SFFKPFSTAG NNGIVEYRVV EALKGRFSSY LFYLVLEHLI VNRKWPYALA KNLFYD IYI GIDVHDRHAG FTFFFKNGEQ IIFHPEEVPQ KTNSQRVEKV RAKTLNKVIY EKLKLYIPLF APNPNGIVIV RDGRSFG VE YKALQAAINT LAAEGIVNKD TVKYGVVDLH KQSSVPIRIA AKTNSYDQLE NPVAGSYKLV SPKEGFIFST GYPFDIKG T SRPLNLSMKE GDLDFMKVME DVFCQIMLAF SAPDKSNFLP VIIKLIDTLL EPLTATRETA DEAEEDEEEM MDIN

UniProtKB: Piwi domain-containing protein

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分子 #2: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*A)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*A)-3') / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Mucilaginibacter paludis DSM 18603 (バクテリア)
分子量理論値: 2.490666 KDa
配列文字列:
(DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA)

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分子 #3: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*T)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*T)-3')
タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Mucilaginibacter paludis DSM 18603 (バクテリア)
分子量理論値: 5.02426 KDa
配列文字列:
(DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA) (DG)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT)

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分子 #4: DNA (5'-D(P*AP*TP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*AP*TP*AP*AP*AP*AP*A)-3') / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Mucilaginibacter paludis DSM 18603 (バクテリア)
分子量理論値: 2.138476 KDa
配列文字列:
(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 274970
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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