EMDB-38339: Cryo-EM map of the E2 inner core component of pyruvate dehydrogen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-38339

タイトル

Cryo-EM map of the E2 inner core component of pyruvate dehydrogenase complex

マップデータ

i

試料

複合体: the E2 inner core pf pyruvate dehdrogeanse complex

キーワード

PDH / E2 / Dihydrolipoyl transacetylase / PROTEIN BINDING

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.26 Å

データ登録者

Kim H / Jeong MS / An MY / Jung HS

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM map of the E2 inner core component of pyruvate dehydrogenase complex
著者: Kim H / Jeong MS / An MY / Jung HS

履歴

登録	2023年12月16日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年12月18日	-
マップ公開	2024年12月18日	-
更新	2024年12月18日	-
現状	2024年12月18日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_38339.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_38339.map.gz	314.7 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-38339-v30.xml emd-38339.xml	11.4 KB 11.4 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_38339_fsc.xml	18.2 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_38339.png	94.8 KB
Filedesc metadata	emd-38339.cif.gz	3.8 KB
その他	emd_38339_half_map_1.map.gz emd_38339_half_map_2.map.gz	589.8 MB 589.8 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38339 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38339	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	38338C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_38339.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 634.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

i

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.1 Å/pix. x 550 pix. = 605. Å	1.1 Å/pix. x 550 pix. = 605. Å	1.1 Å/pix. x 550 pix. = 605. Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.1 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.15
最小 - 最大	-0.11694457 - 0.3780056
平均 (標準偏差)	0.0008372069 (±0.01677632)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: a

ファイル

emd_38339_half_map_1.map

注釈

a

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: b

ファイル

emd_38339_half_map_2.map

注釈

b

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : the E2 inner core pf pyruvate dehdrogeanse complex

全体	名称: the E2 inner core pf pyruvate dehdrogeanse complex
要素	複合体: the E2 inner core pf pyruvate dehdrogeanse complex

-
超分子 #1: the E2 inner core pf pyruvate dehdrogeanse complex

超分子	名称: the E2 inner core pf pyruvate dehdrogeanse complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Dihydrolipoyl transacetylase
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量	理論値: 700 KDa

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.2
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS GLACIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 26.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 18.0 µm

+
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終再構成	想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 29376
初期角度割当	タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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