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- EMDB-38330: ETB-eGt complex bound to endothelin-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38330
タイトルETB-eGt complex bound to endothelin-1
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of Endothelin-1, ETB, eGt trimer and Nb35*
    • タンパク質・ペプチド: Endothelin receptor type B
    • タンパク質・ペプチド: Endothelin-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Camelid antibody VHH fragment
  • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2,eGt-alpha
キーワードSIGNALING PROTEIN / PEPTIDE BINDING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / endothelin A receptor binding / rhythmic excitation / negative regulation of phospholipase C/protein kinase C signal transduction / peptide hormone secretion / endothelin B receptor binding / cellular response to human chorionic gonadotropin stimulus / meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / positive regulation of artery morphogenesis ...: / endothelin A receptor binding / rhythmic excitation / negative regulation of phospholipase C/protein kinase C signal transduction / peptide hormone secretion / endothelin B receptor binding / cellular response to human chorionic gonadotropin stimulus / meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / positive regulation of artery morphogenesis / histamine secretion / neural crest cell fate commitment / vein smooth muscle contraction / glomerular endothelium development / response to prostaglandin F / sympathetic neuron axon guidance / positive regulation of sarcomere organization / noradrenergic neuron differentiation / phospholipase D-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / maternal process involved in parturition / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / body fluid secretion / leukocyte activation / rough endoplasmic reticulum lumen / positive regulation of renal sodium excretion / pharyngeal arch artery morphogenesis / regulation of D-glucose transmembrane transport / endothelin receptor signaling pathway involved in heart process / positive regulation of odontogenesis / epithelial fluid transport / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / negative regulation of hormone secretion / response to ozone / Weibel-Palade body / endothelin receptor signaling pathway / podocyte differentiation / positive regulation of cation channel activity / positive regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / response to leptin / glomerular filtration / axonogenesis involved in innervation / renal sodium ion absorption / positive regulation of smooth muscle contraction / artery smooth muscle contraction / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / positive regulation of prostaglandin secretion / respiratory gaseous exchange by respiratory system / cellular response to luteinizing hormone stimulus / regulation of pH / cellular response to mineralocorticoid stimulus / vasoconstriction / basal part of cell / response to salt / positive regulation of urine volume / positive regulation of hormone secretion / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / cellular response to toxic substance / embryonic heart tube development / dorsal/ventral pattern formation / cellular response to fatty acid / axon extension / cartilage development / positive regulation of neutrophil chemotaxis / prostaglandin biosynthetic process / signal transduction involved in regulation of gene expression / superoxide anion generation / negative regulation of protein metabolic process / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G alpha (12/13) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through BTK / middle ear morphogenesis / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Ca2+ pathway / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / nitric oxide transport / cellular response to glucocorticoid stimulus / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / branching involved in blood vessel morphogenesis / G alpha (i) signalling events / response to dexamethasone / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / response to testosterone
類似検索 - 分子機能
Endothelin-like toxin / Endothelin-like toxin, conserved site / Endothelin / Endothelin family / Endothelin family signature. / Endothelin / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily ...Endothelin-like toxin / Endothelin-like toxin, conserved site / Endothelin / Endothelin family / Endothelin family signature. / Endothelin / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Endothelin-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Bos taurus (ウシ) / Rattus rattus (エジプトネズミ) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Oshima HS / Sano FK / Akasaka H / Iwama A / Shihoya W / Nureki O
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H05037 日本
引用ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2024
タイトル: Optimizing cryo-EM structural analysis of G-coupling receptors via engineered G and Nb35 application.
著者: Hidetaka S Oshima / Fumiya K Sano / Hiroaki Akasaka / Aika Iwama / Wataru Shihoya / Osamu Nureki /
要旨: Cryo-EM single particle analysis has recently facilitated the high-resolution structural determination of numerous GPCR-G complexes. Diverse methodologies have been devised with this trend, and in ...Cryo-EM single particle analysis has recently facilitated the high-resolution structural determination of numerous GPCR-G complexes. Diverse methodologies have been devised with this trend, and in the case of GPCR-G complexes, scFv16, an antibody that recognizes the intricate interface of the complex, has been mainly implemented to stabilize the complex. However, owing to their flexibility and heterogeneity, structural determinations of GPCR-G complexes remain both challenging and resource-intensive. By employing eGα, which exhibits binding affinity to modified nanobody Nb35, the cryo-EM structure of Rhodopsin-eGα complex was previously reported. Using this modified G protein, we determined the structure of the ET-eG complex bound to the modified Nb35. The determined structure of ET receptor was the same as the previously reported ET-G complex, and the resulting dataset demonstrated significantly improved anisotropy. This modified G protein will be utilized for the structural determination of other GPCR-G complexes.
履歴
登録2023年12月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月3日-
マップ公開2024年4月3日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38330.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38330.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.97 Å/pix.
x 240 pix.
= 232.4 Å		0.97 Å/pix.
x 240 pix.
= 232.4 Å		0.97 Å/pix.
x 240 pix.
= 232.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.96833 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 7.0
最小 - 最大-18.689352 - 35.821227999999998
平均 (標準偏差)0.0025409844 (±1.0766505)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 232.39992 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38330_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38330_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Endothelin-1, ETB, eGt trimer and Nb35*

全体名称: Complex of Endothelin-1, ETB, eGt trimer and Nb35*
要素
  • 複合体: Complex of Endothelin-1, ETB, eGt trimer and Nb35*
    • タンパク質・ペプチド: Endothelin receptor type B
    • タンパク質・ペプチド: Endothelin-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Camelid antibody VHH fragment
  • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2,eGt-alpha

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超分子 #1: Complex of Endothelin-1, ETB, eGt trimer and Nb35*

超分子名称: Complex of Endothelin-1, ETB, eGt trimer and Nb35* / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #4-#5, #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2...

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2,eGt-alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 48.998785 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI LGSAGSAGSA MGCTLSAED KAAVERSKMI DRNLREDGEK AARTVKLLLL GAGESGKSTI VKQMKIIHQD GYSLEECLEF IAIIYGNTLQ S ILAIVRAM ...文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI LGSAGSAGSA MGCTLSAED KAAVERSKMI DRNLREDGEK AARTVKLLLL GAGESGKSTI VKQMKIIHQD GYSLEECLEF IAIIYGNTLQ S ILAIVRAM TTLNIQYGDS ARQDDARKLM HMADTIEEGT MPKEMSDIIQ RLWKDSGIQA CFDRASEYQL NDSAGYYLSD LE RLVTPGY VPTEQDVLRS RVKTTGIIET QFSFKDLNFR MFDVGGQRDE RRKWIHCFEG VTAIIFCVAL SDYDMVLVED NQT NRMQES MNLFKSICNN KWFTDTSIIL FLNKKDLFEE KIKKSPLTDY YPEYAGSNTY EEAGNYIKVQ FLELNMASDV KEIY SHMTC ATDTQNVKFV FDAVTDIIIK ENLKDCGLF

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus rattus (エジプトネズミ)
分子量理論値: 40.470105 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GSQLQSELDQ LRQEAEQLKN QIRDARKACA DATLSQITNN IDPVGRIQMR TRRTLRGHLA KIYAMHWGTD SRLLVSASQD GKLIIWDSY TTNKVHAIPL RSSWVMTCAY APSGNYVACG GLDNICSIYN LKTREGNVRV SRELAGHTGY LSCCRFLDDN Q IVTSSGDT ...文字列:
GSQLQSELDQ LRQEAEQLKN QIRDARKACA DATLSQITNN IDPVGRIQMR TRRTLRGHLA KIYAMHWGTD SRLLVSASQD GKLIIWDSY TTNKVHAIPL RSSWVMTCAY APSGNYVACG GLDNICSIYN LKTREGNVRV SRELAGHTGY LSCCRFLDDN Q IVTSSGDT TCALWDIETG QQTTTFTGHT GDVMSLSLAP DTRLFVSGAC DASAKLWDVR EGMCRQTFTG HESDINAICF FP NGNAFAT GSDDATCRLF DLRADQELMT YSHDNIICGI TSVSFSKSGR LLLAGYDDFN CNVWDALKAD RAGVLAGHDN RVS CLGVTD DGMAVATGSW DSFLKIWNGA SGGGSGGNSG SSGGSSGVSG WRLFKKIS

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分子 #3: Camelid antibody VHH fragment

分子名称: Camelid antibody VHH fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 17.395631 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MKYLLPTAAA GLLLLAAQPA MAMQVQLQES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF TFSNYKMNWV RQAPGKGLQW VSDISQSGAS ISYTGSVKG RFTISRDDAK NTLYLQMNSL KPADTAVYYC ARCPAPFTRD CFDVTSTAYA YRGQGTQVTV SSHHHHHHEP E A

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分子 #4: Endothelin receptor type B

分子名称: Endothelin receptor type B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 67.492219 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: EERGFPPDRA TPLLQTAEIM TPPTKTLWPK GDYKDDDDKL APAEVPKGDR TAGSPPRTIS PPPCQGPIEI KETFKYINTV VSCLVFVLG IIGNSTLLRI IYKNKCMRNG PNILIASLAL GDLLHIVIDI PINVYKLLAE DWPFGAEMCK LVPFIQKASV G ITVLSLCA ...文字列:
EERGFPPDRA TPLLQTAEIM TPPTKTLWPK GDYKDDDDKL APAEVPKGDR TAGSPPRTIS PPPCQGPIEI KETFKYINTV VSCLVFVLG IIGNSTLLRI IYKNKCMRNG PNILIASLAL GDLLHIVIDI PINVYKLLAE DWPFGAEMCK LVPFIQKASV G ITVLSLCA LSIDRYRAVA SWSRIKGIGV PKWTAVEIVL IWVVSVVLAV PEAIGFDIIT MDYKGSYLRI CLLHPVQKTA FM QFYKTAK DWWLFSFYFC LPLAITAFFY TLMTCEMLRK KSGMQIALND HLKQRREVAK TVFCLVLVFA LCWLPLHLSR ILK LTLYNQ NDPNRCELLS FLLVLDYIGI NMASLNSCIN PIALYLVSKR FKNCFKSCLC CWCQSFEEKQ SLEEKQSCLK FKAN DHGYD NFRSSNKYSS SGSGGGGSGG SSSGGVFTLE DFVGDWEQTA AYNLDQVLEQ GGVSSLLQNL AVSVTPIQRI VRSGE NALK IDIHVIIPYE GLSADQMAQI EEVFKVVYPV DDHHFKVILP YGTLVIDGVT PNMLNYFGRP YEGIAVFDGK KITVTG TLW NGNKIIDERL ITPDGSMLFR VTINSGGSGG GGSGGSSSGG LEVLFQ

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分子 #5: Endothelin-1

分子名称: Endothelin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 2.497951 KDa
配列文字列:
CSCSSLMDKE CVYFCHLDII W

UniProtKB: Endothelin-1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 52285
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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