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万見
- EMDB-38329: a peptide receptor complex structure -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38329
タイトルa peptide receptor complex structure
マップデータ
試料
  • 複合体: KISSAR-Gq-scfv16
    • 複合体: KISS1R
      • タンパク質・ペプチド: KiSS-1 receptor
      • タンパク質・ペプチド: TAK448
    • 複合体: KISS1R,Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1,Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2,Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
    • 複合体: scfv16
      • タンパク質・ペプチド: scfv16
キーワードa peptide related GPCR-Gq complex / STRUCTURAL PROTEIN / STRUCTURAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / Acetylcholine regulates insulin secretion / neuropeptide receptor activity / sensory perception of itch / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / PLC beta mediated events / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / regulation of platelet activation / entrainment of circadian clock / positive regulation of hormone secretion ...Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / Acetylcholine regulates insulin secretion / neuropeptide receptor activity / sensory perception of itch / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / PLC beta mediated events / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / regulation of platelet activation / entrainment of circadian clock / positive regulation of hormone secretion / regulation of canonical Wnt signaling pathway / glutamate receptor signaling pathway / mast cell degranulation / phototransduction, visible light / photoreceptor outer segment / postsynaptic cytosol / cellular response to acidic pH / hormone-mediated signaling pathway / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / Peptide ligand-binding receptors / GTPase activator activity / neuropeptide signaling pathway / response to prostaglandin E / G protein-coupled receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / blood coagulation / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / photoreceptor disc membrane / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G-protein beta-subunit binding / extracellular vesicle / sensory perception of taste / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / signaling receptor complex adaptor activity / retina development in camera-type eye / GTPase binding / G protein activity / fibroblast proliferation / Ca2+ pathway / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / nuclear membrane / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / protein stabilization / cilium / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / GTP binding / protein-containing complex binding / cell surface / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
KiSS-1 peptide receptor / G-protein alpha subunit, group Q / G protein alpha subunit, helical insertion / G protein alpha subunit / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain ...KiSS-1 peptide receptor / G-protein alpha subunit, group Q / G protein alpha subunit, helical insertion / G protein alpha subunit / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / KiSS-1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Wu Z / Du Y / Chen G
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Structural basis for the ligand recognition and G protein subtype selectivity of kisspeptin receptor.
著者: Zhangsong Wu / Geng Chen / Chen Qiu / Xiaoyi Yan / Lezhi Xu / Shirui Jiang / Jun Xu / Runyuan Han / Tingyi Shi / Yiming Liu / Wei Gao / Qian Wang / Jiancheng Li / Fang Ye / Xin Pan / Zhiyi ...著者: Zhangsong Wu / Geng Chen / Chen Qiu / Xiaoyi Yan / Lezhi Xu / Shirui Jiang / Jun Xu / Runyuan Han / Tingyi Shi / Yiming Liu / Wei Gao / Qian Wang / Jiancheng Li / Fang Ye / Xin Pan / Zhiyi Zhang / Peiruo Ning / Binghao Zhang / Jing Chen / Yang Du /
要旨: Kisspeptin receptor (KISS1R), belonging to the class A peptide-GPCR family, plays a key role in the regulation of reproductive physiology after stimulation by kisspeptin and is regarded as an ...Kisspeptin receptor (KISS1R), belonging to the class A peptide-GPCR family, plays a key role in the regulation of reproductive physiology after stimulation by kisspeptin and is regarded as an attractive drug target for reproductive diseases. Here, we demonstrated that KISS1R can couple to the G pathway besides the well-known G pathway. We further resolved the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of KISS1R-G and KISS1R-G complexes bound to the synthetic agonist TAK448 and structure of KISS1R-G complex bound to the endogenous agonist KP54. The high-resolution structures provided clear insights into mechanism of KISS1R recognition by its ligand and can facilitate the design of targeted drugs with high affinity to improve treatment effects. Moreover, the structural and functional analyses indicated that conformational differences in the extracellular loops (ECLs), intracellular loops (ICLs) of the receptor, and the "wavy hook" of the Gα subunit may account for the specificity of G protein coupling for KISS1R signaling.
履歴
登録2023年12月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月30日-
マップ公開2024年10月30日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38329.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38329.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 265.6 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 265.6 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 265.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0806
最小 - 最大-0.25172466 - 0.51927644
平均 (標準偏差)-0.00069859327 (±0.012413045)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 265.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38329_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_38329_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : KISSAR-Gq-scfv16

全体名称: KISSAR-Gq-scfv16
要素
  • 複合体: KISSAR-Gq-scfv16
    • 複合体: KISS1R
      • タンパク質・ペプチド: KiSS-1 receptor
      • タンパク質・ペプチド: TAK448
    • 複合体: KISS1R,Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1,Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2,Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
    • 複合体: scfv16
      • タンパク質・ペプチド: scfv16

+
超分子 #1: KISSAR-Gq-scfv16

超分子名称: KISSAR-Gq-scfv16 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 130 KDa

+
超分子 #2: KISS1R

超分子名称: KISS1R / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #6

+
超分子 #3: KISS1R,Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit ...

超分子名称: KISS1R,Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1,Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2,Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3, #5

+
超分子 #4: scfv16

超分子名称: scfv16 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4

+
分子 #1: KiSS-1 receptor

分子名称: KiSS-1 receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.631965 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列: MHTVATSGPN ASWGAPANAS GCPGCGANAS DGPVPSPRAV DAWLVPLFFA ALMLLGLVGN SLVIYVICRH KPMRTVTNFY IANLAATDV TFLLCCVPFT ALLYPLPGWV LGDFMCKFVN YIQQVSVQAT CATLTAMSVD RWYVTVFPLR ALHRRTPRLA L AVSLSIWV ...文字列:
MHTVATSGPN ASWGAPANAS GCPGCGANAS DGPVPSPRAV DAWLVPLFFA ALMLLGLVGN SLVIYVICRH KPMRTVTNFY IANLAATDV TFLLCCVPFT ALLYPLPGWV LGDFMCKFVN YIQQVSVQAT CATLTAMSVD RWYVTVFPLR ALHRRTPRLA L AVSLSIWV GSAAVSAPVL ALHRLSPGPR AYCSEAFPSR ALERAFALYN LLALYLLPLL ATCACYAAML RHLGRVAVRP AP ADSALQG QVLAERAGAV RAKVSRLVAA VVLLFAACWG PIQLFLVLQA LGPAGSWHPR SYAAYALKTW AHCMSYSNSA LNP LLYAFL GSHFRQAFRR VCPCAPRRPR RPRRPGPSDP AAPHAELLRL GSHPAPARAQ KPGSSGLAAR GLCVLGEDNA PL

UniProtKB: KiSS-1 receptor

+
分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.286891 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列: HHHHHHLEVL FQGPGSSGSE LDQLRQEAEQ LKNQIRDARK ACADATLSQI TNNIDPVGRI QMRTRRTLRG HLAKIYAMHW GTDSRLLVS ASQDGKLIIW DSYTTNKVHA IPLRSSWVMT CAYAPSGNYV ACGGLDNICS IYNLKTREGN VRVSRELAGH T GYLSCCRF ...文字列:
HHHHHHLEVL FQGPGSSGSE LDQLRQEAEQ LKNQIRDARK ACADATLSQI TNNIDPVGRI QMRTRRTLRG HLAKIYAMHW GTDSRLLVS ASQDGKLIIW DSYTTNKVHA IPLRSSWVMT CAYAPSGNYV ACGGLDNICS IYNLKTREGN VRVSRELAGH T GYLSCCRF LDDNQIVTSS GDTTCALWDI ETGQQTTTFT GHTGDVMSLS LAPDTRLFVS GACDASAKLW DVREGMCRQT FT GHESDIN AICFFPNGNA FATGSDDATC RLFDLRADQE LMTYSHDNII CGITSVSFSK SGRLLLAGYD DFNCNVWDAL KAD RAGVLA GHDNRVSCLG VTDDGMAVAT GSWDSFLKIW N

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.851123 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FFEKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

+
分子 #4: scfv16

分子名称: scfv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.707885 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列:
DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL KGSLEVLFQG PAAA

+
分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.381129 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMIE RQLRRDKRDA RRELKLLLLG TGESGKSTFI KQMRIIHGSG YSDEDKRGFT KLVYQNIFTA MQAMIRAMD TLKIPYKYEH NKAHAQLVRE VDVEKVSAFE NPYVDAIKSL WNDPGIQECY DRRREYQLSD STKYYLNDLD R VADPAYLP ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMIE RQLRRDKRDA RRELKLLLLG TGESGKSTFI KQMRIIHGSG YSDEDKRGFT KLVYQNIFTA MQAMIRAMD TLKIPYKYEH NKAHAQLVRE VDVEKVSAFE NPYVDAIKSL WNDPGIQECY DRRREYQLSD STKYYLNDLD R VADPAYLP TQQDVLRVRV PTTGIIEYPF DLQSVIFRMV DVGGQRSERR KWIHCFENVT SIMFLVALSE YDQVLVESDN EN RMEESKA LFRTIITYPW FQNSSVILFL NKKDLLEEKI MYSHLVDYFP EYDGPQRDAQ AAREFILKMF VDLNPDSDKI IYS HFTCAT DTENIRFVFA AVKDTILQLN LKEYNLV

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha

+
分子 #6: TAK448

分子名称: TAK448 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 1.20835 KDa
配列文字列:
(ACE)Y(UYA)N(DTH)F(XZA)L(NMM)W (NH2)

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.13 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1295570
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: alphafold
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1295570
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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