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- EMDB-38308: LGR4-RSPO2-ZNRF3 RING domain (1:2:2) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38308
タイトルLGR4-RSPO2-ZNRF3 RING domain (1:2:2)
マップデータ
試料
  • 複合体: the pentamer B complex of LGR4-RSPO2-ZNRF3(RING)
    • タンパク質・ペプチド: Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase ZNRF3
    • タンパク質・ペプチド: nanobody Nb52
    • タンパク質・ペプチド: R-spondin-2
キーワードlgr4 / znrf3 RING domain / 1:2:2 / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


trachea cartilage morphogenesis / negative regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / lung growth / regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / Wnt receptor catabolic process / metanephric glomerulus development / metanephric nephron tubule morphogenesis / negative regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / epithelial cell proliferation involved in renal tubule morphogenesis / protein-hormone receptor activity ...trachea cartilage morphogenesis / negative regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / lung growth / regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / Wnt receptor catabolic process / metanephric glomerulus development / metanephric nephron tubule morphogenesis / negative regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / epithelial cell proliferation involved in renal tubule morphogenesis / protein-hormone receptor activity / Regulation of FZD by ubiquitination / intestinal stem cell homeostasis / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / male genitalia development / bone remodeling / dopaminergic neuron differentiation / frizzled binding / embryonic forelimb morphogenesis / embryonic hindlimb morphogenesis / digestive tract development / limb development / negative regulation of cold-induced thermogenesis / negative regulation of cytokine production / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / bone mineralization / hair follicle development / canonical Wnt signaling pathway / Regulation of FZD by ubiquitination / stem cell proliferation / circadian regulation of gene expression / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / G protein-coupled receptor activity / RING-type E3 ubiquitin transferase / Wnt signaling pathway / ubiquitin-protein transferase activity / osteoblast differentiation / ubiquitin protein ligase activity / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / heparin binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / spermatogenesis / protein ubiquitination / signaling receptor binding / innate immune response / cell surface / extracellular region / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spondin-like TSP1 domain / Spondin-like TSP1 domain / E3 ubiquitin-protein ligase ZNRF3, Zinc finger, RING-type / ZNRF-3, ectodomain / ZNRF-3 Ectodomain / R-spondin, Fu-CRD domain / : / Furin-like repeat, cysteine-rich / : / Glycoprotein hormone receptor family ...Spondin-like TSP1 domain / Spondin-like TSP1 domain / E3 ubiquitin-protein ligase ZNRF3, Zinc finger, RING-type / ZNRF-3, ectodomain / ZNRF-3 Ectodomain / R-spondin, Fu-CRD domain / : / Furin-like repeat, cysteine-rich / : / Glycoprotein hormone receptor family / Ring finger domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Ring finger / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
R-spondin-2 / Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4 / E3 ubiquitin-protein ligase ZNRF3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Camelus bactrianus (フタコブラクダ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Lu W / Yong G
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Not funded 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural insights into the LGR4-RSPO2-ZNRF3 complexes regulating WNT/β-catenin signaling.
著者: Lu Wang / Fangzheng Hu / Qianqian Cui / Huarui Qiao / Lingyun Li / Tengjie Geng / Yuying Li / Zengchao Sun / Siyu Zhou / Zhongyun Lan / Shaojue Guo / Ying Hu / Jiqiu Wang / Qilun Yang / Zenan ...著者: Lu Wang / Fangzheng Hu / Qianqian Cui / Huarui Qiao / Lingyun Li / Tengjie Geng / Yuying Li / Zengchao Sun / Siyu Zhou / Zhongyun Lan / Shaojue Guo / Ying Hu / Jiqiu Wang / Qilun Yang / Zenan Wang / Yuanyuan Dai / Yong Geng /
要旨: WNT/β-catenin signaling plays key roles in development and cancer. ZNRF3/RNF43 modulates Frizzleds through ubiquitination, dampening WNT/β-catenin signaling. Conversely, RSPO1-4 binding to LGR4-6 ...WNT/β-catenin signaling plays key roles in development and cancer. ZNRF3/RNF43 modulates Frizzleds through ubiquitination, dampening WNT/β-catenin signaling. Conversely, RSPO1-4 binding to LGR4-6 and ZNRF3/RNF43 enhances WNT/β-catenin signaling. Here, we elucidate the overall landscape of architectures in multiple LGR4, RSPO2, and ZNRF3 assemblies, showcasing varying stoichiometries and arrangements. These structures reveal that LGR4 and RSPO2 capture distinct states of ZNRF3. The intrinsic heterogeneity of the LGR4-RSPO2-ZNRF3 assembly is influenced by LGR4 content. Particularly, in the assembly complex with a 2:2:2 ratio, two LGR4 protomers induce and stabilize the inactive state of ZNRF3, characterized by a wide inward-open conformation of two transmembrane helices (TM helices). This specific assembly promotes a stable complex, facilitating LGR4-induced endocytosis of ZNRF3. In contrast, the active dimeric ZNRF3, bound by a single LGR4, adopts a coiled-coil TM helices conformation and dimerization of RING domains. Our findings unveil how LGR4 content mediates diverse assemblies, leading to conformational rearrangements in ZNRF3 to regulate WNT/β-catenin signaling, and provide a structural foundation for drug development targeting Wnt-driven cancers.
履歴
登録2023年12月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月4日-
マップ公開2024年12月4日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38308.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38308.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 548.352 Å		1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 548.352 Å		1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 548.352 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.071 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.16
最小 - 最大-0.73962843 - 1.2511574
平均 (標準偏差)-0.00028746462 (±0.01856504)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 548.352 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38308_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38308_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : the pentamer B complex of LGR4-RSPO2-ZNRF3(RING)

全体名称: the pentamer B complex of LGR4-RSPO2-ZNRF3(RING)
要素
  • 複合体: the pentamer B complex of LGR4-RSPO2-ZNRF3(RING)
    • タンパク質・ペプチド: Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase ZNRF3
    • タンパク質・ペプチド: nanobody Nb52
    • タンパク質・ペプチド: R-spondin-2

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超分子 #1: the pentamer B complex of LGR4-RSPO2-ZNRF3(RING)

超分子名称: the pentamer B complex of LGR4-RSPO2-ZNRF3(RING) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4

分子名称: Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 87.483367 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: APCSCDGDRR VDCSGKGLTA VPEGLSAFTQ ALDISMNNIT QLPEDAFANF PFLEELQLAG NDLSFIHPKA LSGLKELKVL TLQNNQLKT VPSEAIRGLS ALQSLRLDAN HITSVPEDSF EGLVQLRHLW LDDNSLTEVP VHPLSNLPTL QALTLALNKI S SIPDFAFT ...文字列:
APCSCDGDRR VDCSGKGLTA VPEGLSAFTQ ALDISMNNIT QLPEDAFANF PFLEELQLAG NDLSFIHPKA LSGLKELKVL TLQNNQLKT VPSEAIRGLS ALQSLRLDAN HITSVPEDSF EGLVQLRHLW LDDNSLTEVP VHPLSNLPTL QALTLALNKI S SIPDFAFT NLSSLVVLHL HNNKIRSLSQ HCFDGLDNLE TLDLNYNNLG EFPQAIKALP SLKELGFHSN SISVIPDGAF DG NPLLRTI HLYDNPLSFV GNSAFHNLSD LHSLVIRGAS MVQQFPNLTG TVHLESLTLT GTKISSIPNN LCQEQKMLRT LDL SYNNIR DLPSFNGCHA LEEISLQRNQ IYQIKEGTFQ GLISLRILDL SRNLIHEIHS RAFATLGPIT NLDVSFNELT SFPT EGLNG LNQLKLVGNF KLKEALAAKD FVNLRSLSVP YAYQCCAFWG CDSYANLNTE DNSLQDHSVA QEKGTADAAN VTSTL ENEE HSQIIIHCTP STGAFKPCEY LLGSWMIRLT VWFIFLVALF FNLLVILTTF ASCTSLPSSK LFIGLISVSN LFMGIY TGI LTFLDAVSWG RFAEFGIWWE TGSGCKVAGF LAVFSSESAI FLLMLATVER SLSAKDIMKN GKSNHLKQFR VAALLAF LG ATVAGCFPLF HRGEYSASPL CLPFPTGETP SLGFTVTLVL LNSLAFLLMA VIYTKLYCNL EKEDLSENSQ SSMIKHVA W LIFTNCIFFC PVAFFSFAPL ITAISISPEI MKSVTLIFFP LPACLNPVLY VFFNPKFKED WKLLKRRVTK

UniProtKB: Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4

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分子 #2: E3 ubiquitin-protein ligase ZNRF3

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase ZNRF3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.149381 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: KETAFVEVVL FESSPSGDYT TYTTGLTGRF SRAGATLSAE GEIVQMHPLG LCNNNDEEDL YEYGWVGVVK LEQPELDPKP CLTVLGKAK RAVQRGATAV IFDVSENPEA IDQLNQGSED PLKRPVVYVK GADAIKLMNI VNKQKVARAR IQHRPPRQPT E YFDMGIFL ...文字列:
KETAFVEVVL FESSPSGDYT TYTTGLTGRF SRAGATLSAE GEIVQMHPLG LCNNNDEEDL YEYGWVGVVK LEQPELDPKP CLTVLGKAK RAVQRGATAV IFDVSENPEA IDQLNQGSED PLKRPVVYVK GADAIKLMNI VNKQKVARAR IQHRPPRQPT E YFDMGIFL AFFVVVSLVC LILLVKIKLK QR

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase ZNRF3

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分子 #3: nanobody Nb52

分子名称: nanobody Nb52 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Camelus bactrianus (フタコブラクダ)
分子量理論値: 11.673085 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SLRLSCAASG YTYSPYCMGW FRQAPGKARE GVATVDLDGS TIYADSVKGR FTISQDNAKN TLYLQMNSLK PEDTAMYYCA SRTRAGVTC GLNWAIFSYW GQGTQVT

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分子 #4: R-spondin-2

分子名称: R-spondin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.67543 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
KGCLSCSKDN GCSRCQQKLF FFLRREGMRQ YGECLHSCPS GYYGHRAPDM NRCARCRIEN CDSCFSKDFC TKCKVGFYLH RGRCFDECP DGFAPLDETM EC

UniProtKB: R-spondin-2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.944 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 61066
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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