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万見
- EMDB-3813: Tomogram of the salmonella enterica wild-type bacterial flagellar... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3813
タイトルTomogram of the salmonella enterica wild-type bacterial flagellar motor
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Salmonella enterica Flagellar motor
生物種Salmonella (サルモネラ菌)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Beeby M / Ribardo DA / Brennan CA / Ruby EG / Jensen GJ / Hendrixson DR
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2016
タイトル: Diverse high-torque bacterial flagellar motors assemble wider stator rings using a conserved protein scaffold.
著者: Morgan Beeby / Deborah A Ribardo / Caitlin A Brennan / Edward G Ruby / Grant J Jensen / David R Hendrixson /
要旨: Although it is known that diverse bacterial flagellar motors produce different torques, the mechanism underlying torque variation is unknown. To understand this difference better, we combined genetic ...Although it is known that diverse bacterial flagellar motors produce different torques, the mechanism underlying torque variation is unknown. To understand this difference better, we combined genetic analyses with electron cryo-tomography subtomogram averaging to determine in situ structures of flagellar motors that produce different torques, from Campylobacter and Vibrio species. For the first time, to our knowledge, our results unambiguously locate the torque-generating stator complexes and show that diverse high-torque motors use variants of an ancestrally related family of structures to scaffold incorporation of additional stator complexes at wider radii from the axial driveshaft than in the model enteric motor. We identify the protein components of these additional scaffold structures and elucidate their sequential assembly, demonstrating that they are required for stator-complex incorporation. These proteins are widespread, suggesting that different bacteria have tailored torques to specific environments by scaffolding alternative stator placement and number. Our results quantitatively account for different motor torques, complete the assignment of the locations of the major flagellar components, and provide crucial constraints for understanding mechanisms of torque generation and the evolution of multiprotein complexes.
履歴
登録2017年7月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年7月26日-
マップ公開2017年7月26日-
更新2017年8月2日-
現状2017年8月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3813.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3813.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 400 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.122 Å
密度
最小 - 最大-128. - 127.
平均 (標準偏差)56.306488000000002 (±8.228934000000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-400
サイズ10241024400
Spacing10241024400
セルA: 8316.928 Å / B: 8316.928 Å / C: 3248.7998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z8.1228.1228.122
M x/y/z10241024400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z8316.9288316.9283248.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS00-400
NC/NR/NS10241024400
D min/max/mean-128.000127.00056.306

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Salmonella enterica Flagellar motor

全体名称: Salmonella enterica Flagellar motor
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Salmonella enterica Flagellar motor

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超分子 #1: Salmonella enterica Flagellar motor

超分子名称: Salmonella enterica Flagellar motor / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Salmonella (サルモネラ菌) / 株: TH16943 / 細胞中の位置: Cell wall

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
詳細: PH is not know. PH of 7 was added because PH is a mandatory item.
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
詳細: Quantifoil R2/2 grids (200-mesh) (Quantifoil Micro Tools GmbH) were glow-discharged for 60 s at 10 mA.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細Salmonella strain TH16943 (ParaftsZ) was grown aerobically overnight in LB broth from freezer stocks at 37C. After overnight culture, 50 uL of 5% (wt/vol) L-arabinose were added to 5 mL fresh LB broth for each culture, and cultures were incubated for an additional 5 h. To enrich for minicells, 3 mL this culture were spun at 6,000 x g for 5 min, and the supernatant was recovered. The supernatant was spin-concentrated by centrifugation at 18,000 x g for 5 min, and the resultant pellet was resuspended in 50 uL LB broth and was immediately plunge-frozen.
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Sigma-Aldrich / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 1024 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 1024 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 0.6 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最小 デフォーカス（補正後）: 4.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 10.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 914 HIGH TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER TOMOGRAPHY HOLDER

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画像解析

最終 再構成解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア: (名称: IMOD, RAPTOR, Leginon) / 使用した粒子像数: 201
CTF補正ソフトウェア - 名称: TOMOCTF
ソフトウェア - 詳細: High-defocus datasets were contrast transfer function (CTF)-corrected

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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