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万見
- EMDB-38091: PRMT5:MEP50 WITH SCR-6920 AND SAM -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38091
タイトルPRMT5:MEP50 WITH SCR-6920 AND SAM
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary Complex of PRMT5:MEP50 WITH SCR-6920 AND SAM binding
    • タンパク質・ペプチド: Protein arginine N-methyltransferase 5
    • タンパク質・ペプチド: Methylosome protein WDR77
  • リガンド: S-ADENOSYLMETHIONINE
  • リガンド: GLYCEROL
  • リガンド: 1-ethyl-8-[(2-methoxy-7-azaspiro[3.5]nonan-7-yl)carbonyl]-4-[2-oxidanylidene-2-[(3~{S})-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-3-yl]ethyl]-2,3-dihydro-1,4-benzodiazepin-5-one
キーワードCELL CYCLE / Cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / histone arginine N-methyltransferase activity ...positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / histone arginine N-methyltransferase activity / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / histone H3R26 methyltransferase activity / histone H3R8 methyltransferase activity / histone H3K37 methyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / histone H4K12 methyltransferase activity / histone H3K56 methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity / methylosome / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / methyl-CpG binding / histone H2AQ104 methyltransferase activity / endothelial cell activation / histone H3 methyltransferase activity / regulation of mitotic nuclear division / histone methyltransferase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / histone methyltransferase activity / E-box binding / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / negative regulation of cell differentiation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / spliceosomal snRNP assembly / ribonucleoprotein complex binding / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / liver regeneration / regulation of signal transduction by p53 class mediator / methyltransferase activity / circadian regulation of gene expression / DNA-templated transcription termination / Regulation of TP53 Activity through Methylation / RMTs methylate histone arginines / protein polyubiquitination / transcription corepressor activity / p53 binding / snRNP Assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / Golgi apparatus / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Protein arginine N-methyltransferase PRMT5 / PRMT5, TIM barrel domain / PRMT5, oligomerisation domain / PRMT5 TIM barrel domain / PRMT5 oligomerisation domain / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. ...: / Protein arginine N-methyltransferase PRMT5 / PRMT5, TIM barrel domain / PRMT5, oligomerisation domain / PRMT5 TIM barrel domain / PRMT5 oligomerisation domain / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein arginine N-methyltransferase 5 / Methylosome protein WDR77
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Zhou F
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PRMT5:MEP50 WITH SCR-6920 AND SAM
著者: Zhou F / Zhou F
履歴
登録2023年11月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月26日-
マップ公開2025年2月26日-
更新2025年2月26日-
現状2025年2月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38091.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38091.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 280 pix.
= 295.4 Å		1.06 Å/pix.
x 280 pix.
= 295.4 Å		1.06 Å/pix.
x 280 pix.
= 295.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.055 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.144
最小 - 最大-0.712129 - 1.2095698
平均 (標準偏差)-0.0002279757 (±0.041263726)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 295.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38091_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38091_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary Complex of PRMT5:MEP50 WITH SCR-6920 AND SAM binding

全体名称: Ternary Complex of PRMT5:MEP50 WITH SCR-6920 AND SAM binding
要素
  • 複合体: Ternary Complex of PRMT5:MEP50 WITH SCR-6920 AND SAM binding
    • タンパク質・ペプチド: Protein arginine N-methyltransferase 5
    • タンパク質・ペプチド: Methylosome protein WDR77
  • リガンド: S-ADENOSYLMETHIONINE
  • リガンド: GLYCEROL
  • リガンド: 1-ethyl-8-[(2-methoxy-7-azaspiro[3.5]nonan-7-yl)carbonyl]-4-[2-oxidanylidene-2-[(3~{S})-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-3-yl]ethyl]-2,3-dihydro-1,4-benzodiazepin-5-one

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超分子 #1: Ternary Complex of PRMT5:MEP50 WITH SCR-6920 AND SAM binding

超分子名称: Ternary Complex of PRMT5:MEP50 WITH SCR-6920 AND SAM binding
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Protein arginine N-methyltransferase 5

分子名称: Protein arginine N-methyltransferase 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 72.766664 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAMAVGGAG GSRVSSGRDL NCVPEIADTL GAVAKQGFDF LCMPVFHPRF KREFIQEPAK NRPGPQTRSD LLLSGRDWNT LIVGKLSPW IRPDSKVEKI RRNSEAAMLQ ELNFGAYLGL PAFLLPLNQE DNTNLARVLT NHIHTGHHSS MFWMRVPLVA P EDLRDDII ...文字列:
MAAMAVGGAG GSRVSSGRDL NCVPEIADTL GAVAKQGFDF LCMPVFHPRF KREFIQEPAK NRPGPQTRSD LLLSGRDWNT LIVGKLSPW IRPDSKVEKI RRNSEAAMLQ ELNFGAYLGL PAFLLPLNQE DNTNLARVLT NHIHTGHHSS MFWMRVPLVA P EDLRDDII ENAPTTHTEE YSGEEKTWMW WHNFRTLCDY SKRIAVALEI GADLPSNHVI DRWLGEPIKA AILPTSIFLT NK KGFPVLS KMHQRLIFRL LKLEVQFIIT GTNHHSEKEF CSYLQYLEYL SQNRPPPNAY ELFAKGYEDY LQSPLQPLMD NLE SQTYEV FEKDPIKYSQ YQQAIYKCLL DRVPEEEKDT NVQVLMVLGA GRGPLVNASL RAAKQADRRI KLYAVEKNPN AVVT LENWQ FEEWGSQVTV VSSDMREWVA PEKADIIVSE LLGSFADNEL SPECLDGAQH FLKDDGVSIP GEYTSFLAPI SSSKL YNEV RACREKDRDP EAQFEMPYVV RLHNFHQLSA PQPCFTFSHP NRDPMIDNNR YCTLEFPVEV NTVLHGFAGY FETVLY QDI TLSIRPETHS PGMFSWFPIL FPIKQPITVR EGQTICVRFW RCSNSKKVWY EWAVTAPVCS AIHNPTGRSY TIGL

UniProtKB: Protein arginine N-methyltransferase 5

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分子 #2: Methylosome protein WDR77

分子名称: Methylosome protein WDR77 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.757246 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRKETPPPLV PPAAREWNLP PNAPACMERQ LEAARYRSDG ALLLGASSLS GRCWAGSLWL FKDPCAAPNE GFCSAGVQTE AGVADLTWV GERGILVASD SGAVELWELD ENETLIVSKF CKYEHDDIVS TVSVLSSGTQ AVSGSKDICI KVWDLAQQVV L SSYRAHAA ...文字列:
MRKETPPPLV PPAAREWNLP PNAPACMERQ LEAARYRSDG ALLLGASSLS GRCWAGSLWL FKDPCAAPNE GFCSAGVQTE AGVADLTWV GERGILVASD SGAVELWELD ENETLIVSKF CKYEHDDIVS TVSVLSSGTQ AVSGSKDICI KVWDLAQQVV L SSYRAHAA QVTCVAASPH KDSVFLSCSE DNRILLWDTR CPKPASQIGC SAPGYLPTSL AWHPQQSEVF VFGDENGTVS LV DTKSTSC VLSSAVHSQC VTGLVFSPHS VPFLASLSED CSLAVLDSSL SELFRSQAHR DFVRDATWSP LNHSLLTTVG WDH QVVHHV VPTEPLPAPG PASVTE

UniProtKB: Methylosome protein WDR77

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分子 #3: S-ADENOSYLMETHIONINE

分子名称: S-ADENOSYLMETHIONINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: SAM
分子量理論値: 398.437 Da
Chemical component information

ChemComp-SAM:
S-ADENOSYLMETHIONINE

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分子 #4: GLYCEROL

分子名称: GLYCEROL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: GOL
分子量理論値: 92.094 Da
Chemical component information

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

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分子 #5: 1-ethyl-8-[(2-methoxy-7-azaspiro[3.5]nonan-7-yl)carbonyl]-4-[2-ox...

分子名称: 1-ethyl-8-[(2-methoxy-7-azaspiro[3.5]nonan-7-yl)carbonyl]-4-[2-oxidanylidene-2-[(3~{S})-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-3-yl]ethyl]-2,3-dihydro-1,4-benzodiazepin-5-one
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: YFU
分子量理論値: 544.684 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Alphafold2
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 804558
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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