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- EMDB-37969: Structure of mitochondrial soluble protein -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37969
タイトルStructure of mitochondrial soluble protein
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of mitochondrial soluble protein
    • タンパク質・ペプチド: Acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
キーワードStructure of mitochondrial enzyme complex / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase activity / pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / pyruvate dehydrogenase complex / mitochondrial matrix
類似検索 - 分子機能
Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex / Dihydrolipoamide acetyltransferase/Pyruvate dehydrogenase protein X component / Peripheral subunit-binding domain / e3 binding domain / Peripheral subunit-binding (PSBD) domain profile. / E3-binding domain superfamily / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / 2-oxoacid dehydrogenase acyltransferase, catalytic domain / 2-oxoacid dehydrogenases acyltransferase (catalytic domain) ...Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex / Dihydrolipoamide acetyltransferase/Pyruvate dehydrogenase protein X component / Peripheral subunit-binding domain / e3 binding domain / Peripheral subunit-binding (PSBD) domain profile. / E3-binding domain superfamily / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / 2-oxoacid dehydrogenase acyltransferase, catalytic domain / 2-oxoacid dehydrogenases acyltransferase (catalytic domain) / Biotin-requiring enzyme / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.66 Å
データ登録者Zhang SS / Chen MF
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21532004, 31570733 中国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2025
タイトル: Molecular architecture of mammalian pyruvate dehydrogenase complex.
著者: Maofei Chen / Yutong Song / Sensen Zhang / Yitang Zhang / Xudong Chen / Minghui Zhang / Meng Han / Xin Gao / Sai Li / Maojun Yang /
履歴
登録2023年11月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月6日-
マップ公開2024年11月6日-
更新2025年1月15日-
現状2025年1月15日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37969.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37969.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 360 pix.
= 395.1 Å		1.1 Å/pix.
x 360 pix.
= 395.1 Å		1.1 Å/pix.
x 360 pix.
= 395.1 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0975 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.019
最小 - 最大-0.06881734 - 0.12851226
平均 (標準偏差)0.00061518885 (±0.005583935)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 395.09998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37969_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37969_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of mitochondrial soluble protein

全体名称: Structure of mitochondrial soluble protein
要素
  • 複合体: Structure of mitochondrial soluble protein
    • タンパク質・ペプチド: Acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex

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超分子 #1: Structure of mitochondrial soluble protein

超分子名称: Structure of mitochondrial soluble protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

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分子 #1: Acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex

分子名称: Acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 69.262477 KDa
配列文字列: MWRVCARRAQ NAAPRAGFGA RWTALREEPG APCAAPRAGS VPARCSSTTR GYGRSRALCG WSASSWATPQ NRILLQLWGS PNRRWYSLP PHQKVPLPSL SPTMQAGTIA RWEKKEGDKI NEGELIAEVE TDKATVGFES LEECYMAKIL VAEGTRDVPV G AIICITVE ...文字列:
MWRVCARRAQ NAAPRAGFGA RWTALREEPG APCAAPRAGS VPARCSSTTR GYGRSRALCG WSASSWATPQ NRILLQLWGS PNRRWYSLP PHQKVPLPSL SPTMQAGTIA RWEKKEGDKI NEGELIAEVE TDKATVGFES LEECYMAKIL VAEGTRDVPV G AIICITVE KPEDIEAFKN YTLDSSAAPA PQAAPAPTPA AAAPAPTPSA QAPGSSYPTH MQVVLPALSP TMTMGTVQRW EK KVGEKLS EGDLLAEIET DKATIGFEVQ EEGYLAKILI PEGTRDVPLG TPLCIIVEKE ADIPAFADYR PTEVTDLKPP APP PTPSPV TPVPPAPQPV APTPAATRPA TPAGPKGRLF VSPLAKKLAS EKGIDLTQIK GTGPDGRIIK KDIDSFVPTK AAPT PAAAV PPPSPGVAPV PTGVFTDIPI SNIRRVIAQR LMQSKQTIPH YYLSVDVNMG EVLLVRKELN KMLEGRSKIS VNDFI IKAS ALACLKVPEA NSSWLDTVIR QNHVVDISVA VSTPAGLITP IVFNAHIKGL ETIANDVVSL ATKAREGKLQ PHEFQG GTF TISNLGMFGI KNFSAIINPP QACILAVGAS EDRLFPADNE KGFDVASMMS VTLSCDHRVV DGAVGAQWLA EFRKYLE KP ITMLL

UniProtKB: Acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 35220
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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