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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37963 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the hamster prion 23-144 fibril at pH 3.7 | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | prion / 23-144 / hamster / PrP / PROTEIN FIBRIL | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of glutamate receptor signaling pathway / regulation of calcium ion import across plasma membrane / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / glycosaminoglycan binding / regulation of potassium ion transmembrane transport / negative regulation of interleukin-17 production / negative regulation of dendritic spine maintenance / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / cupric ion binding / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade ...regulation of glutamate receptor signaling pathway / regulation of calcium ion import across plasma membrane / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / glycosaminoglycan binding / regulation of potassium ion transmembrane transport / negative regulation of interleukin-17 production / negative regulation of dendritic spine maintenance / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / cupric ion binding / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / cuprous ion binding / negative regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of activated T cell proliferation / : / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of protein targeting to membrane / side of membrane / inclusion body / cellular response to copper ion / neuron projection maintenance / negative regulation of protein phosphorylation / molecular condensate scaffold activity / molecular function activator activity / positive regulation of protein localization to plasma membrane / protein destabilization / protein homooligomerization / terminal bouton / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to xenobiotic stimulus / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / microtubule binding / nuclear membrane / protease binding / response to oxidative stress / amyloid fibril formation / learning or memory / regulation of cell cycle / membrane raft / cell cycle / copper ion binding / dendrite / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / identical protein binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mesocricetus auratus (ネズミ) | ||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Lee C-H / Saw J-E / Chen E / Wang C-H / Chen R | ||||||||||||
資金援助 | 台湾, 3件
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引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2024 タイトル: The Positively Charged Cluster in the N-terminal Disordered Region may Affect Prion Protein Misfolding: Cryo-EM Structure of Hamster PrP(23-144) Fibrils. 著者: Chih-Hsuan Lee / Jing-Ee Saw / Eric H-L Chen / Chun-Hsiung Wang / Takayuki Uchihashi / Rita P-Y Chen / 要旨: Prions, the misfolding form of prion proteins, are contagious proteinaceous macromolecules. Recent studies have shown that infectious prion fibrils formed in the brain and non-infectious fibrils ...Prions, the misfolding form of prion proteins, are contagious proteinaceous macromolecules. Recent studies have shown that infectious prion fibrils formed in the brain and non-infectious fibrils formed from recombinant prion protein in a partially denaturing condition have distinct structures. The amyloid core of the in vitro-prepared non-infectious fibrils starts at about residue 160, while that of infectious prion fibrils formed in the brain involves a longer sequence (residues ∼90-230) of structural conversion. The C-terminal truncated prion protein PrP(23-144) can form infectious fibrils under certain conditions and cause disease in animals. In this study, we used cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to resolve the structure of hamster sHaPrP(23-144) fibrils prepared at pH 3.7. This 2.88 Å cryo-EM structure has an amyloid core covering residues 94-144. It comprises two protofilaments, each containing five β-strands arranged as a long hairpin plus an N-terminal β-strand. This N-terminal β-strand resides in a positively charged cluster region (named PCC2; sequence 96-111), which interacts with the turn region of the opposite protofilaments' hairpin to stabilize the fibril structure. Interestingly, this sHaPrP(23-144) fibril structure differs from a recently reported structure formed by the human or mouse counterpart at pH 6.5. Moreover, sHaPrP(23-144) fibrils have many structural features in common with infectious prions. Whether this structure is infectious remains to be determined. More importantly, the sHaPrP(23-144) structure is different from the sHaPrP(108-144) fibrils prepared in the same fibrillization buffer, indicating that the N-terminal disordered region, possibly the positively charged cluster, influences the misfolding pathway of the prion protein. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37963.map.gz | 9.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37963-v30.xml emd-37963.xml | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_37963_fsc.xml | 10.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_37963.png | 59.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37963.cif.gz | 5.1 KB | ||
その他 | emd_37963_half_map_1.map.gz emd_37963_half_map_2.map.gz | 71.4 MB 71.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37963 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37963 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37963_validation.pdf.gz | 683.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_37963_full_validation.pdf.gz | 683.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37963_validation.xml.gz | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37963_validation.cif.gz | 23.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37963 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37963 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8wzxMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37963.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37963_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37963_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : hamster prion 23-144 fibril
全体 | 名称: hamster prion 23-144 fibril |
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要素 |
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-超分子 #1: hamster prion 23-144 fibril
超分子 | 名称: hamster prion 23-144 fibril / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ) |
-分子 #1: Major prion protein
分子 | 名称: Major prion protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 20 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ) |
分子量 | 理論値: 12.376642 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: GKKRPKPGGW NTGGSRYPGQ GSPGGNRYPP QGGGTWGQPH GGGWGQPHGG GWGQPHGGGW GQPHGGGWGQ GGGTHNQWNK PSKPKTNMK HMAGAAAAGA VVGGLGGYML GSAMSRPMMH FGND UniProtKB: Major prion protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 3.7 / 詳細: 20 mM NaOAc, 140 mM NaCl |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 101.7 |
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得られたモデル | PDB-8wzx: |