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- EMDB-3792: Electron cryotomogram of Vibrio cholerae O395 N1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3792
タイトルElectron cryotomogram of Vibrio cholerae O395 N1
マップデータ
試料
  • 細胞: Vibrio Cholerae
    • 細胞: Vibrio Cholerae
    • 細胞器官・細胞要素: Toxin-coregulated pilus machine
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Chang YW / Kjaer A / Ortega DR / Kovacikova G / Sutherland JA / Rettberg LA / Taylor RK / Jensen GJ
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017
タイトル: Architecture of the Vibrio cholerae toxin-coregulated pilus machine revealed by electron cryotomography.
著者: Yi-Wei Chang / Andreas Kjær / Davi R Ortega / Gabriela Kovacikova / John A Sutherland / Lee A Rettberg / Ronald K Taylor / Grant J Jensen /
要旨: Type IV pili (T4P) are filamentous appendages found on many Bacteria and Archaea. They are helical fibres of pilin proteins assembled by a multi-component macromolecular machine we call the basal ...Type IV pili (T4P) are filamentous appendages found on many Bacteria and Archaea. They are helical fibres of pilin proteins assembled by a multi-component macromolecular machine we call the basal body. Based on pilin features, T4P are classified into type IVa pili (T4aP) and type IVb pili (T4bP). T4aP are more widespread and are involved in cell motility, DNA transfer, host predation and electron transfer. T4bP are less prevalent and are mainly found in enteropathogenic bacteria, where they play key roles in host colonization. Following similar work on T4aP machines, here we use electron cryotomography to reveal the three-dimensional in situ structure of a T4bP machine in its piliated and non-piliated states. The specific machine we analyse is the Vibrio cholerae toxin-coregulated pilus machine (TCPM). Although only about half of the components of the TCPM show sequence homology to components of the previously analysed Myxococcus xanthus T4aP machine (T4aPM), we find that their structures are nevertheless remarkably similar. Based on homologies with components of the M. xanthus T4aPM and additional reconstructions of TCPM mutants in which the non-homologous proteins are individually deleted, we propose locations for all eight TCPM components within the complex. Non-homologous proteins in the T4aPM and TCPM are found to form similar structures, suggesting new hypotheses for their functions and evolutionary histories.
履歴
登録2017年7月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年8月16日-
マップ公開2017年8月16日-
更新2017年8月16日-
現状2017年8月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3792.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3792.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.8 Å/pix.
x 800 pix.
= 6240. Å		7.8 Å/pix.
x 1918 pix.
= 14960.4 Å		7.8 Å/pix.
x 1856 pix.
= 14476.801 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大0. - 32767.
平均 (標準偏差)22828.34400000000096 (±596.131960000000049)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00800
サイズ19181856800
Spacing18561918800
セルA: 14476.801 Å / B: 14960.4 Å / C: 6240.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z7.80000053879317.87.8
M x/y/z18561918800
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z14476.80114960.4006240.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS00800
NC/NR/NS18561918800
D min/max/mean0.00032767.00022828.344

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_3792_additional.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Vibrio Cholerae

全体名称: Vibrio Cholerae (コレラ菌)
要素
  • 細胞: Vibrio Cholerae
    • 細胞: Vibrio Cholerae
    • 細胞器官・細胞要素: Toxin-coregulated pilus machine

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超分子 #1: Vibrio Cholerae

超分子名称: Vibrio Cholerae / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Bacteria which is the causative agent of the diarrhoeal disease cholera.

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超分子 #3: Vibrio Cholerae

超分子名称: Vibrio Cholerae / タイプ: cell / ID: 3 / 親要素: 1
詳細: Bacteria which is the causative agent of the diarrhoeal disease cholera.
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: Wild-type

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超分子 #2: Toxin-coregulated pilus machine

超分子名称: Toxin-coregulated pilus machine / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1
詳細: Pilus - Bacteria which is the causative agent of the diarrhoeal disease cholera.
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: Wild-type
組換発現生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) / 組換株: Wild-type / 組換プラスミド: pMT5-ToxT

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
100.0 ug/ml^-lC16H19N3O4SAmpcillin
1.0 mMC9H18O5Sisopropyl-B-D-thiogalactoside

詳細: V. cholerae O395 N1 strains (wild-type or TCPM component knockout mutants) harbouring the pMT5-ToxT plasmid were grown in 5 ml lysogeny broth (LB) medium.
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
詳細After 24 h of growth, the tube of V. cholerae culture was placed on a bench at room temperature for 1 min to sediment visible microcolonies. After the pellet was formed, the supernatant was gently removed by pipetting and the pellet was resuspended in fresh LB. The cells were incubated for 15 min prior to mixing with 10 nm colloidal gold.
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Sigma-Aldrich / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 1856 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 1918 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 倍率（公称値）: 27500
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: TOMO3D
ソフトウェア - 詳細: SIRT reconstructions were then produced
使用した粒子像数: 121
CTF補正ソフトウェア - 名称: IMOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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