[日本語] English
万見
- EMDB-37869: Cryo-EM structure of LGR4 in complex with Rspo1 and RNF43 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37869
タイトルCryo-EM structure of LGR4 in complex with Rspo1 and RNF43
マップデータ
試料
  • 複合体: LGR4 in complex with Rspo1 and RNF43
    • タンパク質・ペプチド: Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4
    • タンパク質・ペプチド: R-spondin-1
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase RNF43
キーワードcomplex / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Wnt receptor catabolic process / metanephric glomerulus development / metanephric nephron tubule morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in renal tubule morphogenesis / protein-hormone receptor activity / Signaling by RNF43 mutants / intestinal stem cell homeostasis / regulation of receptor internalization / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis ...Wnt receptor catabolic process / metanephric glomerulus development / metanephric nephron tubule morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in renal tubule morphogenesis / protein-hormone receptor activity / Signaling by RNF43 mutants / intestinal stem cell homeostasis / regulation of receptor internalization / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / male genitalia development / bone remodeling / frizzled binding / digestive tract development / negative regulation of cold-induced thermogenesis / negative regulation of cytokine production / bone mineralization / negative regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of Wnt signaling pathway / hair follicle development / Regulation of FZD by ubiquitination / stem cell proliferation / circadian regulation of gene expression / G protein-coupled receptor activity / G protein-coupled receptor binding / RING-type E3 ubiquitin transferase / Wnt signaling pathway / positive regulation of protein phosphorylation / ubiquitin-protein transferase activity / osteoblast differentiation / ubiquitin protein ligase activity / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / nuclear envelope / heparin binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / spermatogenesis / protein ubiquitination / signaling receptor binding / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / extracellular space / extracellular region / zinc ion binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase RNF43, Zinc finger, RING-type / ZNRF-3, ectodomain / ZNRF-3 Ectodomain / R-spondin, Fu-CRD domain / : / Furin-like repeat, cysteine-rich / : / Glycoprotein hormone receptor family / Ring finger domain / Leucine rich repeat N-terminal domain ...E3 ubiquitin-protein ligase RNF43, Zinc finger, RING-type / ZNRF-3, ectodomain / ZNRF-3 Ectodomain / R-spondin, Fu-CRD domain / : / Furin-like repeat, cysteine-rich / : / Glycoprotein hormone receptor family / Ring finger domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Ring finger / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
R-spondin-1 / E3 ubiquitin-protein ligase RNF43 / Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.61 Å
データ登録者Chang Z / Lin C
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of LGR4 in complex with Rspo1 and RNF43
著者: Lin C / Chang Z
履歴
登録2023年10月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月30日-
マップ公開2024年10月30日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_37869.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37869.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 255. Å		0.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 255. Å		0.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 255. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.148
最小 - 最大-0.001709838 - 2.1238165
平均 (標準偏差)0.0011171817 (±0.023507)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 255.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : LGR4 in complex with Rspo1 and RNF43

全体名称: LGR4 in complex with Rspo1 and RNF43
要素
  • 複合体: LGR4 in complex with Rspo1 and RNF43
    • タンパク質・ペプチド: Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4
    • タンパク質・ペプチド: R-spondin-1
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase RNF43

-
超分子 #1: LGR4 in complex with Rspo1 and RNF43

超分子名称: LGR4 in complex with Rspo1 and RNF43 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4

分子名称: Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 91.869461 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAAPPLCA APCSCDGDRR VDCSGKGLTA VPEGLSAFTQ ALDISMNNIT QLPEDAFKNF PFLEELQLA GNDLSFIHPK ALSGLKELKV LTLQNNQLKT VPSEAIRGLS ALQSLRLDAN HITSVPEDSF EGLVQLRHLW L DDNSLTEV ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAAPPLCA APCSCDGDRR VDCSGKGLTA VPEGLSAFTQ ALDISMNNIT QLPEDAFKNF PFLEELQLA GNDLSFIHPK ALSGLKELKV LTLQNNQLKT VPSEAIRGLS ALQSLRLDAN HITSVPEDSF EGLVQLRHLW L DDNSLTEV PVHPLSNLPT LQALTLALNK ISSIPDFAFT NLSSLVVLHL HNNKIRSLSQ HCFDGLDNLE TLDLNYNNLG EF PQAIKAL PSLKELGFHS NSISVIPDGA FDGNPLLRTI HLYDNPLSFV GNSAFHNLSD LHSLVIRGAS MVQQFPNLTG TVH LESLTL TGTKISSIPN NLCQEQKMLR TLDLSYNNIR DLPSFNGCHA LEEISLQRNQ IYQIKEGTFQ GLISLRILDL SRNL IHEIH SRAFATLGPI TNLDVSFNEL TSFPTEGLNG LNQLKLVGNF KLKEALAAKD FVNLRSLSVP YAYQCCAFWG CDSYA NLNT EDNSLQDHSV AQEKGTADAA NVTSTLENEE HSQIIIHCTP STGAFKPCEY LLGSWMIRLT VWFIFLVALF FNLLVI LTT FASCTSLPSS KLFIGLISVS NLFMGIYTGI LTFLDAVSWG RFAEFGIWWE TGSGCKVAGF LAVFSSESAI FLLMLAT VE RSLSAKDIMK NGKSNHLKQF RVAALLAFLG ATVAGCFPLF HRGEYSASPL CLPFPTGETP SLGFTVTLVL LNSLAFLL M AVIYTKLYCN LEKEDLSENS QSSMIKHVAW LIFTNCIFFC PVAFFSFAPL ITAISISPEI MKSVTLIFFP LPACLNPVL YVFFNPKFKE DWKLLKRRVT KKSGSVSVSI SS

UniProtKB: Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4

-
分子 #2: R-spondin-1

分子名称: R-spondin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.313323 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
EGSQACAKGC ELCSEVNGCL KCSPKLFILL ERNDIRQVGV CLPSCPPGYF DARNPDMNKC IKCKIEHCEA CFSHNFCTKC KEGLYLHKG RCYPACPEGS SAANGTMECS SAAAHHHHHH HH

UniProtKB: R-spondin-1

-
分子 #3: E3 ubiquitin-protein ligase RNF43

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase RNF43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.501211 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
QKAIIRVIPL KMDPTGKLNL TLEGVFAGVA EITPAEGKLM QSHPLYLCNA SDDDNLEPGF ISIVKLESPR RAPRPCLSLA SKARMAGER GASAVLFDIT EDRAAAEQLQ QPLGLTWPVV LIWGNDAEKL MEFVYKNQKA HVRIELKEPP AWPDYDAAAH H HHHHHH

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase RNF43

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: PROPANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 63.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 124586
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る