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- EMDB-37852: cryo-EM structure of human TMEM63A -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37852
タイトルcryo-EM structure of human TMEM63A
マップデータsharpen map
試料
  • 複合体: human TMEM63A
    • タンパク質・ペプチド: CSC1-like protein 1
キーワードmechanically activated (MA) ion channel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


surfactant secretion / osmolarity-sensing monoatomic cation channel activity / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / calcium-activated cation channel activity / tertiary granule membrane / centriolar satellite / specific granule membrane / early endosome membrane / nucleic acid binding / lysosomal membrane ...surfactant secretion / osmolarity-sensing monoatomic cation channel activity / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / calcium-activated cation channel activity / tertiary granule membrane / centriolar satellite / specific granule membrane / early endosome membrane / nucleic acid binding / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Calcium permeable stress-gated cation channel 1-like / CSC1/OSCA1-like, 7TM region / CSC1/OSCA1-like, cytosolic domain / CSC1/OSCA1-like, N-terminal transmembrane domain / Calcium-dependent channel, 7TM region, putative phosphate / Late exocytosis, associated with Golgi transport / Cytosolic domain of 10TM putative phosphate transporter / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CSC1-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Yang D
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 中国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2024
タイトル: A monomeric structure of human TMEM63A protein.
著者: Xuening Wu / Tiantian Shang / Xinyi Lü / Deyi Luo / Dongxue Yang /
要旨: OSCA/TMEM63 is a newly identified family of mechanically activated (MA) ion channels in plants and animals, respectively, which convert physical forces into electrical signals or trigger ...OSCA/TMEM63 is a newly identified family of mechanically activated (MA) ion channels in plants and animals, respectively, which convert physical forces into electrical signals or trigger intracellular cascades and are essential for eukaryotic physiology. OSCAs and related TMEM16s and transmembrane channel-like (TMC) proteins form homodimers with two pores. However, the molecular architecture of the mammalian TMEM63 proteins remains unclear. Here we elucidate the structure of human TMEM63A in the presence of calcium by single particle cryo-EM, revealing a distinct monomeric architecture containing eleven transmembrane helices. It has structural similarity to the single subunit of the Arabidopsis thaliana OSCA proteins. We locate the ion permeation pathway within the monomeric configuration and observe a nonprotein density resembling lipid. These results lay a foundation for understanding the structural organization of OSCA/TMEM63A family proteins.
履歴
登録2023年10月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月24日-
マップ公開2024年1月24日-
更新2024年5月8日-
現状2024年5月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37852.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37852.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpen map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0979 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.41
最小 - 最大-1.3805346 - 2.1642938
平均 (標準偏差)0.0027935093 (±0.05586403)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 281.0624 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: unsharpen map

ファイルemd_37852_additional_1.map
注釈unsharpen map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_37852_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_37852_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human TMEM63A

全体名称: human TMEM63A
要素
  • 複合体: human TMEM63A
    • タンパク質・ペプチド: CSC1-like protein 1

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超分子 #1: human TMEM63A

超分子名称: human TMEM63A / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: CSC1-like protein 1

分子名称: CSC1-like protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 82.331828 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: FLELWQSKAV SIREQLGLGD RPNDSYCYNS AKNSTVLQGV TFGGIPTVLL IDVSCFLFLI LVFSIIRRRF WDYGRIALVS EADSESRFQ RLSSTSSSGQ QDFENELGCC PWLTAIFRLH DDQILEWCGE DAIHYLSFQR HIIFLLVVVS FLSLCVILPV N LSGDLLDK ...文字列:
FLELWQSKAV SIREQLGLGD RPNDSYCYNS AKNSTVLQGV TFGGIPTVLL IDVSCFLFLI LVFSIIRRRF WDYGRIALVS EADSESRFQ RLSSTSSSGQ QDFENELGCC PWLTAIFRLH DDQILEWCGE DAIHYLSFQR HIIFLLVVVS FLSLCVILPV N LSGDLLDK DPYSFGRTTI ANLQTDNDLL WLHTIFAVIY LFLTVGFMRH HTQSIKYKEE NLVRRTLFIT GLPRDARKET VE SHFRDAY PTCEVVDVQL CYNVAKLIYL CKEKKKTEKS LTYYTNLQVK TGQRTLINPK PCGQFCCCEV LGCEWEDAIS YYT RMKDRL LERITEEERH VQDQPLGMAF VTFQEKSMAT YILKDFNACK CQSLQCKGEP QPSSHSRELY TSKWTVTFAA DPED ICWKN LSIQGLRWWL QWLGINFTLF LGLFFLTTPS IILSTMDKFN VTKPIHALNN PIISQFFPTL LLWSFSALLP SIVYY STLL ESHWTKSGEN QIMMTKVYIF LIFMVLILPS LGLTSLDFFF RWLFDKTSSE ASIRLECVFL PDQGAFFVNY VIASAF IGN GMELLRLPGL ILYTFRMIMA KTAADRRNVK QNQAFQYEFG AMYAWMLCVF TVIVAYSITC PIIAPFGLIY ILLKHMV DR HNLYFVYLPA KLEKGIHFAA VNQALAAPIL CLFWLYFFSF LRLGMKAPAT LFTFLVLLLT ILVCLAHTCF GC

UniProtKB: CSC1-like protein 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.56 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 163395
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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