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万見
- EMDB-37774: Transporter apo state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37774
タイトルTransporter apo state
マップデータ
試料
  • 複合体: VMAT2-Fab0801 complex apo state
    • タンパク質・ペプチド: Synaptic vesicular amine transporter
    • タンパク質・ペプチド: FabL
    • タンパク質・ペプチド: FabH
キーワードtransporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


serotonin secretion by mast cell / sequestering of neurotransmitter / somato-dendritic dopamine secretion / histamine uptake / neurotransmitter loading into synaptic vesicle / monoamine:proton antiporter activity / aminergic neurotransmitter loading into synaptic vesicle / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / serotonin:sodium:chloride symporter activity ...serotonin secretion by mast cell / sequestering of neurotransmitter / somato-dendritic dopamine secretion / histamine uptake / neurotransmitter loading into synaptic vesicle / monoamine:proton antiporter activity / aminergic neurotransmitter loading into synaptic vesicle / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / serotonin:sodium:chloride symporter activity / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / serotonin uptake / dopamine transport / dopaminergic synapse / monoamine transmembrane transporter activity / histamine secretion by mast cell / monoamine transport / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / neurotransmitter transport / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / response to amphetamine / post-embryonic development / secretory granule membrane / locomotory behavior / terminal bouton / response to toxic substance / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / chemical synaptic transmission / axon / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / dendrite / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Synaptic vesicular amine transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Im D / Iwata S
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Neurotransmitter recognition by human vesicular monoamine transporter 2.
著者: Dohyun Im / Mika Jormakka / Narinobu Juge / Jun-Ichi Kishikawa / Takayuki Kato / Yukihiko Sugita / Takeshi Noda / Tomoko Uemura / Yuki Shiimura / Takaaki Miyaji / Hidetsugu Asada / So Iwata /
要旨: Human vesicular monoamine transporter 2 (VMAT2), a member of the SLC18 family, plays a crucial role in regulating neurotransmitters in the brain by facilitating their uptake and storage within ...Human vesicular monoamine transporter 2 (VMAT2), a member of the SLC18 family, plays a crucial role in regulating neurotransmitters in the brain by facilitating their uptake and storage within vesicles, preparing them for exocytotic release. Because of its central role in neurotransmitter signalling and neuroprotection, VMAT2 is a target for neurodegenerative diseases and movement disorders, with its inhibitor being used as therapeutics. Despite the importance of VMAT2 in pharmacophysiology, the molecular basis of VMAT2-mediated neurotransmitter transport and its inhibition remains unclear. Here we show the cryo-electron microscopy structure of VMAT2 in the substrate-free state, in complex with the neurotransmitter dopamine, and in complex with the inhibitor tetrabenazine. In addition to these structural determinations, monoamine uptake assays, mutational studies, and pKa value predictions were performed to characterize the dynamic changes in VMAT2 structure. These results provide a structural basis for understanding VMAT2-mediated vesicular transport of neurotransmitters and a platform for modulation of current inhibitor design.
履歴
登録2023年10月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月25日-
マップ公開2024年9月25日-
更新2024年10月2日-
現状2024年10月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37774.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37774.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.88 Å/pix.
x 320 pix.
= 281.6 Å		0.88 Å/pix.
x 320 pix.
= 281.6 Å		0.88 Å/pix.
x 320 pix.
= 281.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.88 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 11.0
最小 - 最大-35.913429999999998 - 60.742435
平均 (標準偏差)0.000000000001495 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 281.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : VMAT2-Fab0801 complex apo state

全体名称: VMAT2-Fab0801 complex apo state
要素
  • 複合体: VMAT2-Fab0801 complex apo state
    • タンパク質・ペプチド: Synaptic vesicular amine transporter
    • タンパク質・ペプチド: FabL
    • タンパク質・ペプチド: FabH

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超分子 #1: VMAT2-Fab0801 complex apo state

超分子名称: VMAT2-Fab0801 complex apo state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 90 KDa

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分子 #1: Synaptic vesicular amine transporter

分子名称: Synaptic vesicular amine transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.749352 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MALSELALVR WLQESRRSRK LILFIVFLAL LLDNMLLTVV VPIIPSYLYS IKHEKNATEI QTARPVHTAS ISDSFQSIFS YYDNSTMVT GNATRDLTLH QTATQHMVTN ASAVPSDCPS EDKDLLNENV QVGLLFASKA TVQLITNPFI GLLTNRIGYP I PIFAGFCI ...文字列:
MALSELALVR WLQESRRSRK LILFIVFLAL LLDNMLLTVV VPIIPSYLYS IKHEKNATEI QTARPVHTAS ISDSFQSIFS YYDNSTMVT GNATRDLTLH QTATQHMVTN ASAVPSDCPS EDKDLLNENV QVGLLFASKA TVQLITNPFI GLLTNRIGYP I PIFAGFCI MFVSTIMFAF SSSYAFLLIA RSLQGIGSSC SSVAGMGMLA SVYTDDEERG NVMGIALGGL AMGVLVGPPF GS VLYEFVG KTAPFLVLAA LVLLDGAIQL FVLQPSRVQP ESQKGTPLTT LLKDPYILIA AGSICFANMG IAMLEPALPI WMM ETMCSR KWQLGVAFLP ASISYLIGTN IFGILAHKMG RWLCALLGMI IVGVSILCIP FAKNIYGLIA PNFGVGFAIG MVDS SMMPI MGYLVDLRHV SVYGSVYAIA DVAFCMGYAI GPSAGGAIAK AIGFPWLMTI IGIIDILFAP LCFFLRSPPA KEEKM AILM DHNCPIKTKM YTQNNIQSYP IGEDEESESD

UniProtKB: Synaptic vesicular amine transporter

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分子 #2: FabL

分子名称: FabL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.418936 KDa
配列文字列: AQAAELDIVM TQSQKFMSTS VGDRVSITCK ASQNVGTDVS WYQQKPGKSP KPLIYWASNR FTGVPDRFTG SRSGTDFTLT ISNVQSEDL ADYFCEQYSS YPLTFGAGTK LELKRADAAP TVSIFPPSSE QLTSGGASVV CFLNNFYPKD INVKWKIDGS E RQNGVLNS ...文字列:
AQAAELDIVM TQSQKFMSTS VGDRVSITCK ASQNVGTDVS WYQQKPGKSP KPLIYWASNR FTGVPDRFTG SRSGTDFTLT ISNVQSEDL ADYFCEQYSS YPLTFGAGTK LELKRADAAP TVSIFPPSSE QLTSGGASVV CFLNNFYPKD INVKWKIDGS E RQNGVLNS WTDQDSKDST YSMSSTLTLT KDEYERHNSY TCEATHKTST SPIVKSFNRN EC

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分子 #3: FabH

分子名称: FabH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 36.424773 KDa
配列文字列: GGSSRSSLEV KLQESGAELV KPGASVKLSC KASGYTFTSY WIDWVKQRPG QGLEWIGNIY PGNSSTNYNE KFKNKATLTV DTSSSTAYM QLSSLTSDDS AVYYCAREDY YDGTYVYYAM DFWGQGTSVT VSSAKTTAPS VYPLAPVCGD TSGSSVTLGC L VKGYFPEP ...文字列:
GGSSRSSLEV KLQESGAELV KPGASVKLSC KASGYTFTSY WIDWVKQRPG QGLEWIGNIY PGNSSTNYNE KFKNKATLTV DTSSSTAYM QLSSLTSDDS AVYYCAREDY YDGTYVYYAM DFWGQGTSVT VSSAKTTAPS VYPLAPVCGD TSGSSVTLGC L VKGYFPEP VTLTWNSGSL SSGVHTFPAV LQSDLYTLSS SVTVTSSTWP SQSITCNVAH PASSTKVDKK IEPRGPTIKP CP PCKCPAP NLLGGPSVFI FPPKIKDVLM ISLSPIVTCV VVDVSEDDPD VQISWFVNNV EVHTAQTQTH REDYNSTLRV VSA LPIQHQ DWMSGKEFKC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 気圧: 0.007 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: AF2 model
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1286931
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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