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万見
- EMDB-37758: Fe-O nanocluster of form-XI in the 4-fold channel of Ureaplasma d... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37758
タイトルFe-O nanocluster of form-XI in the 4-fold channel of Ureaplasma diversum ferritin
マップデータ
試料
  • 複合体: ferritin
    • タンパク質・ペプチド: ferritin
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: water
キーワードferritin / METAL BINDING PROTEIN
生物種Ureaplasma diversum (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Wang WM / Ma DY / Gong WJ / Wu LJ / Wang HF
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)62075118, 21601112 中国
引用ジャーナル: J Am Chem Soc / 年: 2024
タイトル: Growth Process of Fe-O Nanoclusters with Different Sizes Biosynthesized by Protein Nanocages.
著者: Wenming Wang / Hongfang Xi / Dan Fu / Danyang Ma / Wenjun Gong / Yaqin Zhao / Xiaomei Li / Lijie Wu / Yu Guo / Guanghua Zhao / Hongfei Wang /
要旨: All protein-directed syntheses of metal nanoclusters (NCs) and nanoparticles (NPs) have attracted considerable attention because protein scaffolds provide a unique metal coordination environment and ...All protein-directed syntheses of metal nanoclusters (NCs) and nanoparticles (NPs) have attracted considerable attention because protein scaffolds provide a unique metal coordination environment and can adjust the shape and morphology of NCs and NPs. However, the detailed formation mechanisms of NCs or NPs directed by protein templates remain unclear. In this study, by taking advantage of the ferritin nanocage as a biotemplate to monitor the growth of Fe-O NCs as a function of time, we synthesized a series of iron NCs with different sizes and shapes and subsequently solved their corresponding three-dimensional atomic-scale structures by X-ray protein crystallography and cryo-electron microscopy. The time-dependent structure analyses revealed the growth process of these Fe-O NCs with the 4-fold channel of ferritin as nucleation sites. To our knowledge, the newly biosynthesized FeOGlu represents the largest Fe-O NCs with a definite atomic structure. This study contributes to our understanding of the formation mechanism of iron NCs and provides an effective method for metal NC synthesis.
履歴
登録2023年10月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月12日-
マップ公開2024年6月12日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37758.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37758.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 268.006 Å		1.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 268.006 Å		1.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 268.006 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0469 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.437
最小 - 最大-1.0476086 - 2.028192
平均 (標準偏差)0.0029387004 (±0.116931856)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 268.0064 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37758_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37758_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ferritin

全体名称: ferritin
要素
  • 複合体: ferritin
    • タンパク質・ペプチド: ferritin
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: ferritin

超分子名称: ferritin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Ureaplasma diversum (バクテリア)

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分子 #1: ferritin

分子名称: ferritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: WP_081847832.1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ureaplasma diversum (バクテリア)
分子量理論値: 21.254996 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MLYRERNNIM QKSNKINDAL NQHYKLNVEL GLVYAHYAHV ADDEFDMPYL GKFIQHLSED KLGVHKEYIS DYFKRNGMKL KTDVSVAVK SIPSDAKALI QEVYARENEV RDHVKAIAKL ALAEDDYESF YFIQWYVRDG LKDLTEVDDV VKLFNSSNDK L IIEETIKE MVEKEESEHE IWG

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分子 #2: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 24 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 10 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8w6m

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 11289
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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